Все перечисленное делало Баварию опасным противником, но лишь в том случае, если бы она действовала не самостоятельно, а в составе коалиции с лангобардами. Однако удачные удары Карла по королевству Дезидерия в 773–774 гг. позволили королю франков овладеть стратегической инициативой, и в дальнейшем герцог Тассилон неизменно опаздывал со своевременной реакцией на события в Италии. В момент, когда нужно было решительно выступить на севере в поддержку Дезидерия, или Атальгиза, либо Арихиза, баварский правитель выжидал, на чьей стороне будет перевес. И поскольку военная удача неизменно сопутствовала Карлу, то на открытый бунт Тассилон так и не решился. Напротив, при посредничестве Папы Римского он попытался в 787 г. формально возобновить вассальную присягу по отношению к франкскому королю. Однако коварные планы и интриги оставлены им не были, причем особую лепту вносила его мстительная супруга, дочь Дезидерия Лиутберга, желавшая отомстить за отца. И это при всем том, что реальное положение баварского правителя после поражения Дезидерия и продолжателей его дела в Италии было крайне шатким, по-настоящему сильных или хотя бы преданных союзников у него не оставалось.
Сложившейся ситуацией сполна воспользовался Карл Великий, практически без военных действий заставивший Тассилона капитулировать. Вначале в июле 787 г. он потребовал от герцога Баварии незамедлительно явиться на генеральный сейм в Вормсе, видимо, заранее зная о том, что мятежный правитель попытается уклониться от выполнения повеления. Действительно, Баварский герцог не откликнулся на призыв короля, и Карл получил формальный повод для объявления его изменником и организации военного похода против бунтовщика. С началом полноценных боевых действий франкский король не спешил, ограничившись организацией военной блокады Баварии, со всех сторон окружив страну неверного подданного франкскими войсками. Понимая безвыходность сложившегося положения, Тассилон сдался на милость короля и явился к нему с повинной головой и богатыми дарами. Однако задобрить Карла так просто было уже невозможно, поскольку король франков наглядно убедился в неверности своего строптивого вассала.
В июне 788 г. Тассилон был вызван на специально созванный королевский сейм в Ингельхайме, специально посвященный суду над непокорным герцогом. В ходе непростых разбирательств, длительного выяснения всех обстоятельств, свидетельских показаний вассалов Баварского герцога и допросов лично Тассилона было установлено, что герцог действительно вынашивал планы против Карла, вел переговоры с его врагами, не собирался придерживаться вассальных клятв и даже замышлял перебить всех сторонников франкского короля в своем герцогстве. Карой за столь тяжкие преступления могла быть лишь смерть. Однако Карл Великий проявил милосердие и заменил казнь пострижением в монахи и пожизненным заточением в монастыре. Та же доля постигла жену Тассилона Лиутбергу и его детей.
Отныне Бавария становилась обычной провинцией Франкского королевства, где насаждалось стандартное административное управление во главе с верными Карлу графами. Вместе с ней были присоединены также южнославянские области Каринтия (Хорутания) и Крайна, которые ранее покорил Тассилон. Отсюда были высланы все выявленные сторонники Тассилона. Но насаждение типичного франкского управления проходило в Баварии не без сложностей. Видимо, именно ими была обусловлена проведенная в июне 794 г. акция публичного покаяния Тассилона и повторного отказа от любых претензий на власть с его стороны. Для этого бывшего герцога доставили на генеральный сейм во Франкфурте, где и было устроено показательное представление с отречением. Судя по всему, необходимость проведенного символического акта была обусловлена недовольством части баварцев новыми франкскими порядками и ностальгией по старым временам, поэтому им следовало еще раз убедительно продемонстрировать, что наказание Тассилона было заслуженным, он сам признает свою вину и не претендует на реванш.