Услышав это обвинение, Даву ответил: «Я предлагаю отступать по плодородной почве, по нетронутой дороге, где мы сможем найти пропитание в деревнях, уцелевших от разрушения, по кратчайшему пути, которым неприятель не успеет воспользоваться, чтобы отрезать нам указываемую Мюратом дорогу из Можайска в Смоленск; а что это за дорога? Песчаная и испепеленная пустыня, где обозы раненых, присоединившись к нам, прибавят нам новые затруднения, где мы найдем лишь одни обломки, следы крови, кости людские и голод! Впрочем, я высказываю свое мнение, потому что меня спрашивают, но я с не меньшим рвением буду повиноваться приказаниям, хотя бы и противоречащим моему мнению; но только один император может заставить меня замолчать, а уж никак не Мюрат, который никогда не был моим государем и никогда им не будет!»
Завязавшийся спор Наполеон прервал словами: «Хорошо, господа, я решу сам!» Его решением было отступить.
Необходимо указать, что далеко не весь офицерский состав французской армии знал о том, что решение отступать было принято императором. Так, в своих мемуарах лейтенант Ложье писал: «В 5 часов, осмотрев все и отправив разведочные отряды вдоль Калужской дороги, он возвратился в Городню. Недовольный вид, какой у него был при отъезде, заставил нас думать, что у него возникли несогласия со своими старшими генералами и что если бы дело зависело только от него, то битва возобновилась бы».
С непониманием к решению отступить отнесся и генерал Дедем: «Если бы генерал Дельзон исполнил пунктуально полученный им приказ, то, конечно, он пришел бы в Малоярославец еще задолго до русских и занял бы город, не потратив на это ни одного выстрела. На следующий день император бы дал последнее генеральное сражение, что, по всей вероятности, дало бы ему возможность вернуться в Москву и побудило бы русских подписать мир. Если бы мы победили, то торжество наше было бы полным, а, с другой стороны, если бы мы и были побиты, то наше положение было бы не хуже того, в котором мы уже были тогда! Счастье покидало Бонапарта, но, по-видимому, он был готов с покорностью подчиниться своей судьбе и был настолько тверд, что спокойно смотрел на грядущие несчастья; однако его обычная смелость сменилась роковой нерешительностью… Но верно и то, что, если бы Наполеон сам решился тогда начать атаку, мы бы заняли тогда же и Тулу, и Калугу. Кутузов считал себя побежденным и готовился к отступлению. Он сам сказал: «Калугу ждет судьба Москвы». Он был очень приятно поражен, узнав, что французская армия начала отступление».
Вместе с тем опасность ситуации была ясна многим в штабе французской армии. Так, Лабом, например, в своих мемуарах писал: «Сражение при Малоярославце открыло нам две истины, обе очень печальные: первая – что силы русских не только не были истощены, но, напротив, они даже получили в подкрепление несколько свежих отрядов и сражались с таким ожесточением, что мы должны были отказаться от надежды на какой-либо успех. «Еще одна такая победа, – говорили солдаты, – и у Наполеона не будет больше армии». Вторая истина была та, что мы должны были отказаться от похода на Калугу и Тулу, и этим мы теряли последнюю надежду на более спокойное отступление, так как неприятель, опередив нас после этого сражения, не только мешал нашим колоннам отступать по дороге через Серпейск и Ельню, но также и не давал нам достичь Вязьмы через Медынь и Юхнов, предоставляя нам, таким образом, печальную необходимость вернуться к Можайску. После этого памятного сражения все, кто привык судить по виду и народной молве, думали, что войска отправятся на Калугу и Тулу, и были очень удивлены, увидев сильный авангард неприятеля, который, вместо того чтобы идти по тому же направлению, опередил наш правый фланг, направляясь к Медыни. Все опытные военные поняли, что русские разгадали план Наполеона, и нам необходимо было, для того чтобы опередить неприятеля, идти ускоренным маршем на Вязьму. С этих пор всякий разговор о Калуге и Украине прекратился, и говорили только о быстром отступлении по Большой Смоленской дороге, опустошенной нами самими».
14 (26) октября Наполеон приказал армии отступить на Боровск – Верею – Можайск. В результате бой за Малоярославец оказался для французов напрасным и лишь задержал их отступление. Из Можайска французская армия возобновила движение к Смоленску той самой дорогой, по которой наступала на Москву.
Кутузов, не зная о решении Наполеона отступать, также отступил к Полотняному Заводу с целью прикрыть дорогу на Калугу через Медынь (здесь, как известно, произошло небольшое сражение).
В целом, бой под Малоярославцем показал техническую и моральную готовность российской армии к генеральному сражению, стало понятно, что «без нового Бородина императору в Калугу не пройти». Так, по состоянию на 22 октября войска Кутузова в Тарутино насчитывали около 97 тысяч регулярных войск и 20 тысяч казаков с 622 орудиями. К этому необходимо добавить еще и 10 тысяч ратников ополчения. Непосредственно под Малоярославцем Кутузов располагал более 90 тысяч солдат и 600 орудий.