Первый штурм Грозного был непродуманным и привёл к большим жертвам: погибло и пропало без вести свыше 1500 человек, в плен попало 100 российских военнослужащих. Уничтожено 20 танков, 102 БМП. В августе 1996 года чеченские боевики выбили федеральные войска из Грозного. После этого были подписаны Хасавюртовские соглашения, которые многими рассматриваются как предательские. Так, представитель партии «Яблоко» Т. В. Злотникова в 1999 году обвинила Ельцина в том, что в Чеченской республике имеются многочисленные случаи похищения людей: «Он, президент Ельцин, виновен в том, что в год, когда все мировое сообщество отмечало 50-летие Декларации прав человека и он, Президент Ельцин, объявил в России год защиты прав человека, в России на рубеже третьего тысячелетия возрождена работорговля, возрождено крепостное право. Я имею в виду тех 500 наших ребят, которые пленены и каждый день это количество пленённых, к сожалению, не уменьшается, а возрастает… Это он, президент Ельцин, виноват в том, что одной из моих избирательниц в День праздника международной солидарности трудящихся позвонили из Чечни, из Грозного, и предложили выкупить ее сына за 30 тысяч долларов, либо обменять на одного из плененных чеченцев в российских тюрьмах, осужденных чеченцев».
Критики Ельцина расценивают события октября 1993 года как государственный переворот. До этих событий между президентом и Верховным Советом возникли серьёзные разногласия. Ещё в марте 1993 года Ельцин планировал ввести так называемый ОПУС (особый порядок управления страной) в том случае, если депутаты выскажут недоверие президенту. Однако этого не понадобилось.
21 сентября был издан указ 1400, который обозначил начало захвата высших законодательных органов президентом. В тот же день Конституционный суд признал указ неконституционным. С 22 сентября по распоряжению Ельцина здание Верховного Совета было блокировано милицией и отключено от воды и электроэнергии. Таким образом, депутаты оказались на осадном положении. Указ 1400, направленный на присвоение полномочий законодательной и судебной власти, нарушал статью 278 Уголовного кодекса РФ. Выступления граждан на улицах 3–4 октября жестоко подавлялись. Тогда погибло 46 человек. Встретив сопротивление Верховного Совета и поддержавшего его граждан, Ельцин ввёл в Москву войска и начал штурм Белого Дома.
С 1992 года началось резкое ухудшение демографической ситуации. Ещё в 1991 году естественный прирост был положительным, а в 1992 году он стал отрицательным. Если в 1992 году естественная убыль населения составляла 1,5 процента, то в 1993 году – уже 5,1 процент. В 1994 году депопуляция достигла дна – 6,1 процент. Число людей до 15 лет упало с 24,5% в 1989 году до 23% в 1995 году, людей старше 65 лет выросло с 18,5 до 20,2% соответственно.
Одним из факторов сокращения населения явилось сокращение социальной поддержки населения государством. Упала продолжительность жизни: c 63 до 56 лет у мужчин, с 76 до 70 – у женщин. Демографические потери (включая нерождённых) составили свыше 10 миллионов человек. Заболеваемость сифилисом выросла в 25 раз (причём заболеваемость на Дальнем Востоке выросла в 200 раз, среди детей – в 77 раз), СПИДом – в 60 раз.
В 2 раза выросла младенческая смертность. Наибольший показатель детской смертности достигнут в 1992 году – 19,9 на 1000 детей. Сильнее всего сократилось население Чукотского автономного округа и Магаданской области, где убыль населения составила за 1991–1994 годы 35,1% и 26,5% соответственно.
Наконец, 31 декабря 1999 в 12 часов дня (что было повторено по основным телеканалам за несколько минут до полуночи, перед новогодним телеобращением) Б. Н. Ельцин объявил об отставке с поста Президента Российской Федерации:
– Дорогие друзья! Дорогие мои! Сегодня я в последний раз обращаюсь к вам с новогодним приветствием. Но это не все. Сегодня я в последний раз обращаюсь к вам как Президент России. Я принял решение. Долго и мучительно над ним размышлял. Сегодня, в последний день уходящего века, я ухожу в отставку.
Ельцин пояснил, что уходит «не по состоянию здоровья, а по совокупности всех проблем», и попросил прощения у граждан России. Дочитав последнюю фразу, он еще несколько минут сидел неподвижно, и по лицу его лились слезы, вспоминает телеоператор А. Макаров.
Исполняющим обязанности Президента был назначен Председатель Правительства В. В. Путин, который сразу же после заявления Б. Н. Ельцина о собственной отставке обратился с новогодним обращением к гражданам России. В. В. Путин в тот же день подписал указ, гарантирующий Ельцину защиту от судебного преследования, а также значительные материальные льготы ему и его семье.
Борис Николаевич Ельцин скончался 23 апреля 2007 года в 15:45 по московскому времени. Его похороны состоялись 25 апреля.