Смерть Ельцина наступила в Центральной клинической больнице в результате остановки сердца, вызванной прогрессирующей сердечно-сосудистой полиорганной недостаточностью, то есть нарушением функций всех внутренних органов, вызванным заболеванием сердечно-сосудистой системы. Ельцин был госпитализирован за 12 дней до смерти. «Он перенес довольно выраженную катарально-вирусную инфекцию, которая очень сильно ударила по всем органам и системам», сообщил в новостной телепрограмме «Вести
Незадолго до смерти Ельцин ездил в Палестину (Иордания, Израиль, Палестинские территории), что могло, по мнению медиков, способствовать ухудшению его здоровья.
Владимир Путин позвонил Наине Иосифовне Ельциной 23 апреля 2007, также выразили свои соболезнования Ангела Меркель, Жак Ширак, Джордж Буш-младший, Гельмут Коль, Тони Блэр, Билл Клинтон.
Минутой молчания и траурным митингом почтили память первого Президента студенты и сотрудники его родного Уральского Государственного технического университета. Одну из улиц Екатеринбурга, где Ельцин долгое время жил и работал, назвали именем первого Президента.
Церемония прощания с телом Ельцина началась в 16:30 по московскому времени 24 апреля 2007 г. в Храме Христа Спасителя. Гроб с открытой крышкой, покрытый в ногах флагом России, был установлен в центре Храма, рядом с гробом был выставлен стенд с наградами Президента и его портрет. Рядом несли почётный караул солдаты Кремлёвского полка. В храм на вечер и всю ночь был открыт доступ для прощания с телом всем желающим. По сообщениям информационных агентств, проститься с Борисом Ельциным в храм Христа Спасителя пришли за это время более 25 тысяч человек. На панихиде в Храме Христа Спасителя постоянно присутствовали и принимали соболезнования члены семьи Ельцина: вдова Наина Иосифовна, дочери Елена Окулова и Татьяна Дьяченко, зятья Валерий Окулов и Валентин Юмашев, внуки Ельцина. Заупокойную литургию совершил викарий Московской епархии архиепископ Арсений (Епифанов). После церемонии гражданского прощания, которое закончилось в 12:30 25 апреля, состоялось прощание официальных лиц и представителей иностранных государств.
Чин отпевания возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков) в сослужении митрополитов Кирилла (Гундяева) и Климента (Капалина). Митрополит Ювеналий прочёл послание отсутствовавшего патриарха Московского Алексия II к Путину, родственникам Ельцина и всем верующим. Во время чтения Псалтири, отпевания и заупокойной литии Ельцина поминали как «первого президента России Бориса Николаевича», а не «раба Божия Бориса», как в обычном случае. Употребление титула и отчества соответствует формуле возношения имени монарха и членов царствующего дома до отречения Николая II. (Заупокойные службы, совершавшиеся по смерти Л. И. Брежнева, Ю. В. Андропова и К. У. Черненко, имели формулу «о упокоении
23 апреля, то есть в день смерти Б. Н. Ельцина, Президент РФ Владимир Путин подписал указ «Об объявлении траура в связи с кончиной первого Президента Российской Федерации Б. Н. Ельцина и организации его похорон». День похорон Ельцина был днём национального траура. Похороны Бориса Ельцина были назначены на 25 апреля, а местом захоронения определено Новодевичье кладбище. Путин перенес ежегодное послание Федеральному собранию с 25 апреля на 26 апреля.
Гроб с телом Ельцина был закрыт, вынесен из Храма Христа Спасителя и на автомобиле-катафалке в сопровождении эскорта мотоциклистов довезён до Новодевичьей улицы. По пути следования катафалка от Храма Христа Спасителя до Новодевичьего кладбища были перекрыты Соймоновский проезд, Большая Пироговская и Новодевичья улицы. Затем гроб был вынесен офицерами Московского военного округа из автомобиля и поставлен на украшенный государственным флагом пушечный лафет, тягачом которого служил бронетранспортер. До ворот Новодевичьего кладбища похоронная процессия двигалась за лафетом пешком. Гроб Ельцина сняли с лафета, и 8 офицеров внесли его в ворота кладбища на руках, при этом ударил колокол Новодевичьего монастыря. Процессия проследовала к месту захоронения на центральной аллее Новодевичьего кладбища, где уже была вырыта могила, перед которой стоял небольшой катафалк. На него установили гроб, с которого был снят Государственный флаг, переданный одним из военных Сергею Собянину. Тот в свою очередь передал флаг Наине Иосифовне Ельциной.