В музее представлены редкие образцы прикладного искусства XVI века. Иван Грозный вложил в монастырь оригинальной формы кандило (подвесной подсвечник). Основой его служит серебряный шар, от которого отходят четыре золотые змейки, поддерживающие шандалы для свечей. Из пасти каждой из них свешиваются фигурные золотые плащики с царскими эмблемами и надписями вязью. К шару подвешена массивная кисть из нитей пряденого золота. Подобные осветительные приборы использовались не только в церквах, но и в царских хоромах.
Бурная эпоха Ивана Грозного нашла своеобразное отражение в интереснейшем историческом документе - Синодике 1575 года. Ради сохранения древнего текста в 1680 году по инициативе боярина Богдана Матвеевича Хитрово он был переписан «на новые тетради». Обычно в Синодик записывали имена умерших для поминовения их. Но в этой книге не простой перечень имен. Она открывается рассказом о том, как в Троицкий монастырь приезжал Иван Грозный и «плакал и рыдал в середней церкви» после убийства своего сына Ивана. Над некоторыми именами и группами имен есть надстрочные пояснения, сделанные киноварью, какому роду принадлежат те или иные лица. Из этих надстрочных надписей явствует, например, что в Синодик были внесены имена многих лиц, казненных в эпоху опричнины, имена представителей знатных боярских и княжеских фамилий, погребенных на территории монастыря за богатые вклады, имена воинов, убитых во время Ливонской войны. Записи в Синодике вносились до начала XIX века.
После смерти Ивана Грозного вклады в монастырь продолжались. В 1597 году «конюший боярин и дворовый воевода» при царе Федоре Ивановиче Борис Годунов дал вкладом в Троицкий монастырь золотые церковные сосуды - потир и две тарели, украшенные гравировкой с чернью по золоту и драгоценными камнями в высоких золотых оправах, напоминающих коробочки распускающихся цветов. Вклады Годунова являются лучшими образцами искусства черни по золоту. Чернь на годуновских сосудах имеет глубокий бархатистый цвет и искусно наложена на гравированном рисунке по металлу.
Борис Годунов старался заручиться поддержкой влиятельного Троицкого монастыря в своих политических целях. Продолжая политику Ивана Грозного по ограничению и ревизии монастырского землевладения, он в то же время одаривал монастырь драгоценными вещами. По старой традиции московских государей, Годунов прежде всего украсил драгоценностями наиболее чтимую в монастыре «Троицу» Андрея Рублева. Старый золотой оклад с иконы «Троицы» вклада Ивана Грозного он приказал переложить на копию, а на подлинник надели новый оклад, украшенный великолепной чеканкой и чернью по золоту. Золотые венцы на ликах ангелов «Троицы» были усыпаны рубинами, изумрудами и сапфирами в высоких золотых оправах. К венцам были подвешены панагии с изображениями патрональных «святых» семьи Бориса Годунова. Впоследствии к окладу Годунова были добавлены золотые цаты (нагрудные украшения) 1626 года царя Михаила Федоровича и серебряная золоченая чеканная риза, сделанная в 1754 году.
К иконе «Троица» в те же годы подвесили пелену, украшенную золотыми дробницами разных форм и размеров, крупным жемчугом и драгоценными камнями - сапфирами, изумрудами, рубинами и топазами. Киот иконы закрывался живописными створками работы московских мастеров. На створках были изображены многочисленные сцены «деяний» «Троицы». К иконе же приставлялся серебряный подсвечник вклада Годунова, напоминающий по форме цветущее дерево.
Тогда же Борис Годунов вложил в монастырь драгоценную митру (головной убор архимандрита для богослужения) с золотыми дробницами, жемчугом и драгоценными камнями.
Вклады Бориса Годунова поражают не только обилием драгоценностей, но прежде всего большим художественным вкусом, виртуозным мастерством исполнения.
Большую коллекцию в музее составляют произведения бытового серебра - чарки, ковши, чаши и братины. Они имеют традиционные национальные формы, украшены чеканкой, гравировкой, а иногда и разноцветными эмалями. Для изготовления дорогой бытовой посуды использовались не только драгоценные металлы, но и разных пород камни - яшма, оникс, сердолик. Некоторые чарки (вклад старца Прокопия Дер-нова) сделаны из перламутра, а братины - из кокосового ореха. На многих вещах есть надписи о их принадлежности.