Зимой 1934 года Сталин резко потерял доверие к Авелю Енукидзе, до сих пор нет ответа почему он усомнился в нем, но логично предположить, что Сталин получил компрометирущую информацию об секретаре ЦИК. 29 декабря 1934 года В "Правде" появилась статья, изобличавшая Енукидзе в искажении своей революционной биографии. 108 Потом эта тема затихла, но в январе 1935 г. началась проверка в Кремле, которую провело НКВД, это также известно, как дело "Клубок". После убийства Кирова было решено проверить охрану Кремля и выяснилось, что в Кремле обслуживающий персонал мог ругать Сталина. Казалось бы, "пустяки", но на деле это Ягода все повернул так, чтобы выгородить Енукидзе и других заговорщиков в Кремле. Ягода хотел все провалы переложить на гражданских служащих и уборщиц. 109 В чем был их прокол так и остается загадкой. Ягода рассуждал так:
«С самого начала мне было понятно, что тут где-то прорвалась нить заговора Енукидзе в Кремле, что, если основательно потянуть за оборванный конец, вытянешь Енукидзе, а за ним и всех нас – участников заговора. Так или иначе, но Енукидзе я считал в связи с этим проваленным, если не совсем, то частично.
Поэтому было бы неосторожным с моей стороны продолжать свои встречи с Енукидзе именно в этот период, когда шло следствие по делу "Клубок". Поэтому я прекратил бывать у Енукидзе, как и он (по тем же соображениям) перестал звонить и приглашать меня. Но Енукидзе, должно быть, не очень в меня верил и опасался, что я могу его окончательно провалить. »110
В это время Ягода решил, что он может просто воспользоваться сложившейся ситуацией, решив две проблемы разом – сделать вид, что очищает Кремль от ненадежных и взять гарнизон под свой контроль. Он давно хотел ввести свои порядки в Кремле. Сначала он прекратил выгораживать Енукидзе и тот 3 марта был сослан на работу в Закавказье и обвинен в потере бдительности. В Кремле прошла чистка.
Давно имея свой компромат на коменданта Кремля, попросил Петерсона присылать ему свои сводки о неблагонадежных элементах в Кремле и эти материалы он представил Сталину, как собранные его агентурой. Ягода далее сообщил Сталину другую достоверную информацию, что Петерсон прослушивает телефонные разговоры в Кремле, у него были для этого возможности, кабинет коменданта был рядом с телефонной станцией Кремля. 111 Сталин принял меры и в апреле 1935 года Петерсон был снят с поста коменданта Кремля. Чуть позже начался переход Кремля под контроль НКВД.
Сталин все же не верил, что это конец оппозиции и все больше видел причастность к делу Кирова троцкистов. 3 апреля 1935 г. в постановлении Политбюро «Об аппарате ЦИК СССР и тов. Енукидзе» прямо указывалось, что в заговоре против руководства страны принимали участие зиновьевцы с троцкистами, а также агентами иностранных государств. В документе говорится об наличии четырех заговорщических групп: в кремлевской библиотеке, комендатуре, у военных, и троцкистской молодежи. В деле прямо всплыла фамилия Розенфельд, как подстрекателей заговора. Розенфельд, настоящая фамилия Каменева и в данном случае речь шла о брате Николае и его жене Нине. У них даже был план убийства Сталина путем проникновения на его квартиру под видом библиотекарей. Но Сталин дома их не принимал.
Одна из четырех групп были троцкистами в РККА: сотрудники разведупра Чернявский и Беннет, инжнер ЦАГИ Новожилов, два слушателя военной академии и еще несколько других фигур. Было установлено, что Чернявский прямо контактировал с троцкистами и получал от них деньги. Все эти факты были изложены Н. Ежовым на пленуме ЦК 6 июня 1937 г. На пленуме присутствовал Енукидзе, еще числившийся в составе руководящего органа партии.
В ходе чистки оказалось, что Кремль кишел троцкистами, зиновьевцами, из 107 сотрудников секретариата ЦК 98 оказались троцкистами и зиновьевцами.
Ежов уже отказался защищать провалившегося Енукидзе, он прямо заявил на его счет:
«Знал ли о таком состоянии аппарата ЦИК СССР тов. Енукидзе? Несомненно, знал. Его не однажды сотрудники Кремля, коммунисты, об этом предупреждали. Однако он неизменно игнорировал все сигналы и заявления о засоренности, подозрительном поведении и даже об антисоветских настроениях и выступлениях отдельных сотрудников аппарата, расценивая все это как склоку. »112
Далее на пленуме остальные выступавшие делегаты также осудили Енукидзе. Когда ему дали слово, Ягода перебил его, заявив, что он говорил ему о неблагонадежных людях. Оправдываясь Енукидзе говорил, что он проверял людей, не верил всем доносам, не всегда объективно подходил к делу. Он признавал ошибки, но не злой умысел, старался смазать все. Затем снова выступали делегаты, критиковали его в мягкой форме, но затем слово взял Ягода, который произнес жесткую речь, заявив сразу, что Енукидзе вне партии. Ягода сказал: