На еще более низком уровне – на территории, равной по площади одной или двум советским областям, – действовали так называемые экономические команды (Wirtschafts-Kom-mando), в эти подразделения входили как немцы, так и местные работники.
Способы управления и юрисдикции всех этих экономических подразделений (равно как их отношения с гражданскими, военными и полицейскими органами) постоянно менялись на протяжении войны. Конфликты между экономическими штабами и административными органами случались довольно часто. Так, работники экономического штаба имели разногласия с представителями СС в вопросе набора рабочей силы. Приказы сверху поступали не только из экономического штаба, но и управления по четырехлетнему плану, министерства оккупированных восточных территорий, от генерал-квартирмейстера, а после сентября 1942 г. из каждой армии; часто они противоречили друг другу.
Наконец, существовали серьезные трения в верхах, в частности между Томасом, Кейтелем, Герингом и Альбертом Шпеером, рейхсминистром вооружений и боеприпасов, который приобретал влияние и власть по мере того, как шла война. Генерал вермахта Томас был не согласен с генералом Шубертом, который возглавлял экономический штаб «Ост», потому что тот «был излишне занят теоретическими идеями в отношении будущего», а не насущными повседневными вопросами. В результате Шуберт в июле 1942 г. был освобожден с занимаемой им должности. Краткое время штаб возглавлял Томас, а затем начальником стал генерал Штапф. К тому времени борьба между армейскими экономическими управлениями и гражданским министерством Шпеера достигла апогея. Служба экономики обороны и вооружения прекратила свое существование, и часть ее вошла в министерство Шпеера. В итоге в феврале 1943 г. генерал Томас подал в отставку. С одной стороны Шпеер, с другой – различные подразделения управления по четырехлетнему плану вышли победителями из ожесточенной межведомственной войны. Постепенно к экономическим организациям переходили полномочия министерства Розенберга и военной администрации. Требования, предъявляемые к специалистам по экономике в результате затягивания войны, вознесли их к вершинам власти, поставив их выше администраторов и солдат.
Для управления сельским хозяйством на Востоке требовалось создание специальной сети немецких учреждений. Большая протяженность сельских ореалов (регионов) и приоритет в вопросах обеспечения сельскохозяйственной продукцией объясняли рост их административного аппарата. У каждого инспектирующего органа был свой сельскохозяйственный отдел, выполнявший те же функции, что и сельскохозяйственный отдел в каждой местной администрации. Точно так же экономические команды, как и окружные комиссариаты и полевые комендатуры, имели свои отделы по вопросам сельского хозяйства. В основании этой сложно устроенной пирамиды стоял фюрер (начальник) по сельскому хозяйству (Landwirtschaftsfuhrer), который представлял немецкие интересы на местном уровне и наблюдал за работой крестьян. Зачастую это был единственный в деревне немецкий чиновник, и его роль была исключительно важна в повседневных контактах между завоевателями и завоеванными.
Было признано, что «ввиду большой площади земель и ограниченного числа имеющихся в наличии немецких экспертов, для управления сельским хозяйством необходимо прибегать, до некоторой степени, к помощи местного административного аппарата». В то же самое время военные экономисты придерживались с самого начала того мнения, что повышения продуктивности обрабатываемых земель невозможно добиться без значительного немецкого административного аппарата. В то время как гражданская администрация стремилась ограничить роль чиновничества в экономике, Геринг в ответ на это заявил следующее: «…Крайне важно, чтобы в сельском хозяйстве на оккупированных территориях, и особенно в наиболее продуктивных районах, было задействовано как можно большее количество немецких начальников. Это дало бы возможность получить наибольшее количество продуктов и обеспечить их поставку туда, где в них есть настоятельная потребность в интересах немецкой военной экономики».
Территория, которую предстояло контролировать, была настолько обширной, что вопреки низвергавшемуся потоку директив ла-фюреры (так в обиходе называли начальников по сельскому хозяйству) на деле оставались предоставленными сами себе. Условия сильно менялись от области к области, а часто и от деревни к деревне, и для того, чтобы найти способ решения проблемы, от ла-фюрера требовалась небывалая изобретательность. Они имели относительную свободу в принятии решений, что было оговорено законодательно. Их насчитывалось около 14 тысяч человек. Среди них встречались разные люди, в том числе некомпетентные, коррумпированные и невежественные. Будучи единственными представителями германского народа господ на многие километры в окрестности, они часто рассматривали подвластную им территорию как личное поместье. Хотя при этом они иногда и проявляли интерес к своему делу, чаще это вело к открытым злоупотреблениям.