По прибытию в Кадис объединенный флот начал свою реорганизацию. Пехота высадилась и разбила лагерь в дальнем углу бухты милях в шести от города «
14 сентября Наполеон пишет Вильнёву: «
24 сентября Вильнёв, еще не получивший эти указания, рапортует Декрэ о готовности выйти в море и взять курс на Ла-Манш при первой удобной возможности. 27-го он получает указания императора об изменении конечной цели похода — теперь корабли должны направиться в Тулон. Выход был назначен на 1 октября, но подвела погода — ветер был восточным, порывистым, с дождевыми шквалами. К концу дня он сменился на западный, а потом и просто стих. Ост-зюйд-ост задул 6 октября, Вильнёв приказал командам прибыть на корабли и быть в часовой готовности к выходу, однако и в этот раз попытка не состоялась. 8 октября на флагманском «Бюсанторе» состоялся военный совет, на котором присутствовали по 7 высших офицеров от испанцев и французов. Французский адмирал предложил выйти в море, воспользовавшись плохой погодой, но испанцы начали возражать. В последовавшей перепалке контр-адмирал Магон потерял голову и обвинил своих союзников в трусости. Лучший испанский капитан Алькало Гальяно схватился за шпагу. Гравина пытался успокоить спорщиков, но встал на точку зрения своих земляков: «
Вообще большим желанием Вильнёва в Кадисе было отвязаться наконец от испанцев и уйти в Тулон с французами в непогоду, как он это сделал с кораблями Флота Леванта, отрываясь год назад от Нельсона. Шторма его не страшили, а вот ужасная подготовка испанских моряков, устаревшие методы командования их адмиралов очень даже внушали опасения. Однако император и Декрэ были категоричны — испанцы должны следовать вместе с французами. Скорее всего, Наполеона завораживала «магия цифр» — французы имели всего 18 кораблей, испанцы — 15, то есть, уйди Вильнёв без иберийцев, в абсолютных цифрах Франция лишалась половины эскадры.