6 июля Дрейк вернулся в Англию. Ущерб, нанесенный англичанами, был велик. Прежде всего — испанцы потеряли большое количество кораблей, которые могли бы войти в состав Армады. Дрейк также сжег в Сагреше около 1600 тонн дубовых досок, приготовленных для выделки бочек (эти бочки были необходимы для комплектования флота Базана провизией). Также была полностью нарушена система морских перевозок у португальских берегов. Атака Дрейка отложила экспедицию к берегам Англии более чем на год.
На пути к Каналу
В июле 1587 года из Лиссабона к Азорским островам вышла эскадра де Базана, чтобы сопроводить в Испанию под охраной «серебряный флот», поскольку после налета Дрейка английских корсаров сильно опасались. Все же (как мы уже упоминали) Дрейк смог захватить «Сан-Фелипе» и удачно вернулся домой.
Филипп II торопил де Базана с окончанием подготовки Армады. Он считал, что надо форсировать приготовления и выходить в море. В январе 1588 года дон Альваро отвечал, что из запланированных 50 галеонов он имеет в строю только 13! Вместо 100 судов обеспечения и поддержки — всего 70! Вместо 15 гребных судов — всего 4 галеры! Но и из этих судов большая часть не кренгована и не загружена пушками и припасами. 23 января король потребовал выхода флота в море, но опять получил ответ, что флот еще совершенно не готов. Филипп, не доверяя до конца Базану, послал в Лиссабон с ревизией графа де Фуэнтеса. Проверка эта не выявила хищений и нарушений со стороны маркиза Санта-Крус, но дон Альваро воспринял ревизию как королевскую немилость, заболел, впал в горячку и скончался 19 февраля 1588 года.
После недолгих раздумий король назначил новым командующим Наисчастливейшей армадой уже известного нам по обороне Кадиса дона Алонсо Переса де Гусмана эль-Буэно, герцога Медина-Сидония. Большую роль в выборе именно этого назначения сыграли администраторские способности герцога.
По признанию Медины-Сидонии, по прибытии в Лиссабон он застал там полный хаос — припасы, провизия, пушки, порох, ядра — все это в беспорядке свалено у пристаней; часть галеонов были хоть сейчас готовы к выходу в море, но на другой части не были поставлены даже мачты; какие-то корабли благодаря расторопности своих капитанов были перегружены провизией, а на других ее не было совсем; кто-то загрузил на свои корабли все пушки, но не имел ядер; кто-то, наоборот, имел полный комплект ядер и пороха, но еще не установил пушки. В общем, царило состояние хаоса и неразберихи.
Благодаря титаническим усилиям Медины-Сидонии к лету Армада была оснащена Полный список судов Армады сведен в таблицу: