Гораздо логичнее выглядит версия, что Баррас и Тальен — два лидера Директории — решили таким образом отвязаться от Бонапарта, услав его в
19 мая 1798 года из Тулона, Генуи, Аяччо и Чивита-веккьи отплыла французская эскадра в составе 13 линейных кораблей, 6 фрегатов, 10 корветов, 26 вспомогательных судов, а также 309 транспортов, загруженных 23 400 пехотинцами, 4000 кавалеристами с лошадьми, 3000 артиллеристами с пушками и 1000 человек нестроевого состава. 8 июня армада появилась у Мальты, которую захватила через 4 дня. 1 июля 30-тысячный французский экспедиционный корпус высадился в Египте, в Александрии. 15 июля турецкий султан обратился за помощью к правительствам России и Англии. Эскадра адмирала Горацио Нельсона в составе 14 линейных кораблей срочно направилась от берегов Сицилии к Александрии.
1 августа 1798 года корабли французского адмирала Брюэса были обнаружены стоящими на открытом рейде залива Абукир в 13 милях к востоку от Александрии. 13 линейных кораблей, 4 фрегата и 4 брига, вытянувшись в линию, расположились в западном углу Абукирской бухты. Нельсон атаковал французов двумя колоннами — со стороны берега и со стороны моря. В результате последовавшего боя англичане захватили 9 линейных кораблей, флагман адмирала Брюэса 120-пушечный «Орьян» был взорван, еще один линкор французы затопили. Это означало не только конец французского сопротивления на море — теперь армия в Египте оставалась отрезанной от Франции. Именно 1 августа 1798 года, через месяц после высадки, стало понятно, что войска Бонапарта обречены.
Тем временем против Франции была составлена новая коалиция, включавшая в себя Англию, Сардинию, Неаполь, Австрию, Россию, Турцию. К осени 1799 года союзниками была очищена вся Италия, часть Швейцарии, отбиты Ионические острова, заблокирована Мальта. Хотя в сентябре Массена нанес поражение русскому корпусу генерала Римского-Корсакова и спас Швейцарию, угроза вторжения во Францию союзных войск была суровой реальностью. Режим Директории становился все более непопулярным. Бонапарт, бойкий марш которого по Палестине прервали развалины крепости Сен-Жан-д'Акр (где Ибрагим-паша и коммодор Сидней Смит смогли разгромить французов), увидел в сложившейся во Франции ситуации отличный повод вернуться и вступить в борьбу за власть.
24 августа 1799 года Бонапарт на фрегате «Мюирон» покинул Египет и свою армию, конец которой был уже близок, и, проскочив через все английские заслоны, через 47 дней высадился во Фрежюсе. Встреченный как спаситель нации, генерал спешил в Париж, к славе и власти. К тому времени Директория уже полностью себя дискредитировала, французы были выкинуты из Италии и Швейцарии, совместные силы австрияков, русских, пруссаков и англичан всерьез рассматривали возможность вторжения во Францию и реставрацию Бурбонов.
9 ноября 1799 года в Париже произошел государственный переворот, установивший режим Консулата. Страной теперь управляли три консула — Сийес, Роже-Дюко и Бонапарт. 25 декабря того же года Наполеон становится первым консулом (то есть главой исполнительной власти) сроком на 10 лет. Вторым и третьим назначаются Камбасерес и Леруан. Однако, как метко отметила мадам де Сталь,
Что касается войны со Второй коалицией, первому консулу несказанно повезло. Союзники, считая, что дело в шляпе, начали делить «французское наследство» и разругались в пух и прах. Россия — самый боеспособный противник — вышла из войны с Францией и вскоре в пику Англии даже заключила союз с Французской республикой. Генерал Виктор Моро 3 декабря у Гогенлиндена и сам Бонапарт 14 июня 1800 года у Маренго разгромили две австрийские армии. В результате французы смогли вернуть себе левобережье Рейна и Италию. Австрия, Неаполь и Сардиния вышли из войны.
Англия, оставшись без союзников, 27 марта 1802 года подписала в Амьене мирное соглашение с Францией. Но обе стороны рассматривали этот мир только как передышку перед следующей схваткой.
«Принуждение к миру»