В 1889 году среди революционеров распространился слух о предательстве Зубатова, и ему пришлось прекратить сношения с членами преступных кружков. Вслед за сим Зубатов, оставив должность на городском телеграфе, официально перешел на службу в Московское охранное отделение. Во время службы в охранном отделении Зубатов проявил исключительные способности по склонению революционеров к даче откровенных показаний и оказанию ими секретных услуг политическому розыску, а равно организовал на новых началах правильное филерское наблюдение…
В бытность на службе в Московском охранном отделении Зубатов приобрел доверие Московского обер-полицмейстера покойного свиты его величества генерал-майора Трепова и при посредстве последнего – московского генерал-губернатора, его императорского высочества [великого] князя Сергея Александровича, которых ему удалось убедить в необходимости “легализации” рабочего движения.
Так в мае 1901 года в гор. Москве при ближайшем участии Зубатова и под покровительством великого князя Сергея Александровича образовалось “Общество взаимного вспомоществования рабочих в механическом производстве”, и в том же году в гор. Минске организовалась “Еврейская независимая рабочая партия”, преследовавшая те же цели “легализации”, как и вышеупомянутое общество в гор. Москве. Партия эта вскоре образовала свои группы в гг. Вильне, Одессе и Киеве…
С назначением Зубатова в октябре 1902 года заведующим Особым отделом Департамента полиции в С.-Петербурге, при его содействии, образовался кружок из 10—12 рабочих, который стал проводить на фабриках и заводах мысль о возможности серьезных улучшений в жизненных условиях рабочей среды путем развития в ней сословной самодеятельности и взаимной помощи. Делом этим Зубатову удалось заинтересовать бывшего министра внутренних дел Плеве, который представлявшимся ему рабочим высказал свое намерение поощрить их деятельность в усвоенном ими направлении; кроме того, статс-секретарем Плеве разрешено было отпустить денежные средства на дело легализации рабочего движения…
Развитие деятельности организованных по идее Зубатова обществ с возникшими потом в провинции отделами привело в конце 1904 года и в начале 1905 года к забастовкам на многих фабриках и заводах и к массовым беспорядкам в С.-Петербурге 9 января того же года, когда во главе движения явился Гапон…
В августе 1903 года бывший товарищ министра внутренних дел генерал от кавалерии фон Валь явился в Департамент полиции в сопровождении начальника С.-Петербургского охранного отделения и передал заведовавшему в то время особым отделом Зубатову приказание министра внутренних дел немедленно сдать все дела и в тот же день покинуть С.-Петербург. Вслед за сим начальником С.-Петербургского охранного отделения был произведен обыск имевшихся у Зубатова документов, как в письменном столе в служебном кабинете, так и на квартире. В тот же вечер Зубатов покинул С.-Петербург. Прямых указаний на причины, вызвавшие столь поспешные распоряжения об удалении Зубатова, в делах Департамента полиции не имеется, но в то время ходили толки, что Зубатов тайно от министра внутренних дел имел неоднократные свидания с графом Витте, с которым велись собеседования по вопросам государственного устройства…»
Из воспоминаний Алексея Александровича Лопухина, директора департамента полиции, 1902—1905 гг.
«С первых же дней назначения Плеве министром внутренних дел началась его борьба с Витте. С этим назначением князь Мещерский, состоявший с Витте в хороших отношениях, несколько поохладел к нему, сблизившись с Плеве. Но после первого года министерства Плеве, с весны 1903 года, отношения эти стали меняться. Появилось охлаждение между Плеве и Мещерским, а прежняя близость между последним и Витте восстановилась.
Мещерский вскоре стал открыто осуждать политику Плеве. Информировал же его по части этой политики Зубатов, часто его посещавший и своими информациями дававший ему сильное оружие против Плеве, против которого у Зубатова накопилось много обид и за двойственность Плеве в отношении к его рабочим организациям, и за личное к нему, Зубатову, высокомерное отношение. Мало-помалу дом Мещерского обратился как бы в конспиративную квартиру заговора против министерства Плеве. Посещая ее, Зубатов и Витте в ней, однако, первоначально не встречались. Знакомство между ними произошло вовсе не неожиданно для Витте, как он уверяет, а при посредничестве того же Мещерского. Мещерский посоветовал Витте познакомиться с Зубатовым, и прием последнему у Витте был назначен через Мещерского. Я был все время в курсе всех этих закулисных маневров. Об них знал и Плеве. На этом в августе 1903 г. я уехал в отпуск за границу.