Как позже выяснилось, лейтенант Берест не очень разбирался в расположении помещений Рейхстага. Он вывел Егорова и Кантарию на крышу Рейхстага, но не на ее западную сторону, видимую начальству со стороны Королевской площади, где уже развевался флаг, водруженный маковцами. Знамя Победы № 5 было установлено на совершенно противоположной, восточной стороне здания, где тоже над подъездом возвышался фронтон, над которым находилась конная скульптура рыцаря кайзера Вильгельма. С восточной стороны на Рейхстаг наступали части 5-й ударной армии генерала Берзарина, а огонь противника там был намного слабее. Поэтому к исходу 31 апреля, когда огонь вражеских снарядов смел с западной стороны многие доставленные сюда флаги, в том числе и тот, что водрузили маковцы, знамя Военного совета 3-й ударной армии осталось невредимым. Зинченко и его сопровождающие, в том числе Егоров и Кантария, ушли на КП полка в «дом Гиммлера». А за старшего в Рейхстаге оставался капитан Неустроев.
Сопротивление противника в самом Рейхстаге продолжалось. В четыре часа утра 1 мая Береста разбудил командир роты сержант Сьянов и сообщил, что немцы выбросили белый флаг и согласились на переговоры, но с офицером не ниже полковника. Но в Рейхстаге самым высшим чином был комбат – капитан Степан Неустроев – сухощавый и невысокий. Как вспоминает сам комбат, он побоялся, что при такой комплекции и росте немцы просто не поверят, что перед ними высокий чин Советской армии. Поэтому решили, что роль полковника сыграет лейтенант Алексей Берест – парень крепкий, живое воплощение «русского Ивана».
Наспех собрали группу парламентеров. На всех надели телогрейки без знаков различия. Сам Неустроев пошел с Берестом в качестве «адъютанта».
Разговор был короткий: Берест предложил немцам сложить оружие, гарантируя им жизнь. На это немецкий полковник заявил, что его подразделение значительно превосходит советских бойцов по численности и сдаться должны русские. «Тогда я в ультимативной форме обратил внимание на то, что данная беседа происходит не в Москве, а в Берлине, и я не за тем пришел в Берлин, чтобы сдаваться, – вспоминал позже Берест. – Когда мы уже выбрались в вестибюль, эсэсовский офицер, сопровождавший нас, выстрелил мне в спину, но промазал. Я, резко развернувшись, разрядил свой пистолет, и тотчас же вспыхнула стрельба».
Берест разрядил обоймы из двух пистолетов и стоял за статуей кайзера Вильгельма фактически безоружный, когда на него бросились двое немцев. Подняв обломок металлической руки кайзера лейтенант наотмашь ударил по голове одного из нападавших, и тот без сознания свалился на пол. Второй сзади схватил Береста за горло. В это время на помощь Бересту подскочил солдат с гранатой, но, промахнувшись, вместо гитлеровца стукнул по спине лейтенанта. Граната выскочила и волчком завертелась по полу. «Я мгновенно оторвал от себя цепкие руки врага, чуть приподнял его и бросил на гранату. Она взорвалась и разнесла его, и осколком ранила меня в ноги. Бойцы перенесли меня в комнату, наскоро перевязали и ушли. Я зарядил пистолет и снова вступил в бой».
В это время с внешней стороны Рейхстага, где находились южный вход и Королевская площадь, противник обрушил на советских бойцов ураганный артиллерийский огонь. Батальоны Давыдова и Самсонова приняли на себя удар врага. Ожесточенное сражение развернулось у здания «Кроль-оперы». Но прорваться к Рейхстагу и соединиться с его гарнизоном противнику не удалось. Все вражеские атаки были отбиты с большими потерями с обеих сторон. После этого боя основная часть подразделений батальонов Давыдова и Самсонова также переместилась в Рейхстаг. Туда же начали прибывать и другие подразделения. И все прибывавшие прикрепляли в наиболее заметных местах свои флаги, делали памятные надписи на стенах.
Происходившее в Рейхстаге уже выходило за рамки строго военного порядка. Неустроев пытался покончить с анархией. Он позвонил Зинченко и сказал, что для обороны здания изнутри достаточно оставить один полк или усиленный батальон. В конце концов командир 79-го стрелкового корпуса приказал вывести из Рейхстага все подразделения, кроме батальона Неустроева.
На исходе ночи 1 мая солдаты Неустроева, которые из-за любопытства постоянно осматривали здание Рейхстага, обнаружили на первом этаже дверь, за которой скрывалась лестница. Тут же из наиболее отчаянных была сформирована добровольческая группа, которая решила продолжить обследование. Но, едва спустившись по лестнице в подвальное помещение и оказавшись в большом бетонном зале, бойцы тут же попали под пулеметный огонь. Пятеро солдат были убиты сразу, трем чудом удалось спастись.