Рэформы Цвінглі прынялі найбольш перадавыя кантоны Бэрн, Базэль, Цюрых. Але спроба распаўсюдзіць Рэфармацыю на ўсю краіну сустрэла ўпарты супраціў так званых «старых» кантонаў, якія мелі немалы даход з наёмнай службы швайцарцаў. Спрэчка пра веру сталася спрэчкаю пра далейшыя шляхі разьвіцьця краіны. Гэта прывяло да вайны. 12 сьнежня 1531 году ў бітве пры Капэлі цюрыхскі аддзел у 1 800 ваяроў быў разьбіты 8-тысячнай арміяй, сабранай старымі кантонамі. Паранены Цвінглі трапіў у рукі ворагаў, якія прапанавалі яму захаваць жыцьцё, калі ён вырачацца сваёй веры, але Цвінглі адмовіўся і быў забіты.
Аднак сьмерць Цвінглі не спыніла Рэфармацыю ў Швайцарыі. Яе працягнуў іншы рэфарматар - Жан Кальвін. Пакаяўшыся ў 1534 годзе, ужо ў 1536 годзе ён скончыў трактат «Хрысьціянскае выхаваньне», названы гісторыкамі «кнігаю, якая мела найбольшы ўплыў на тэалёгію ў гісторыі Царквы» і «клясычным тэкстам францускай мовы». Жан Кальвін вярнуў хрысьціянству праўду, што кожны чалавек створаны Богам для нейкай канкрэтнай мэты, і сэнсам яго жыцьця зьяўляецца знайсьці і рэалізаваць Божы плян. Грэх зрабіў чалавека няздольным ажыцявіць сваё прызначэньне, але Хрыстос вызваліў яго з гэтай няволі і даў яму шанец рэалізавацца. Толькі дзякуючы веры ў Хрыста чалавек можа стаць самім сабою і дасягнуць сваёй мэты. У тым жа 1536 годзе Кальвін быў запрошаны ў Жэневу, вялікі горад, поўны распусты і п'янства. Два гады змагаючыся з немаральнасьцю і духоўнай абыякавасьцю жэнеўцаў, рэфарматар адмовіўся рабіць ламаньне хлеба, калі жыхары гораду не пакаюцца ў сваіх грахах. Рада Жэневы ў адказ пастанавіла выгнаць занадта радыкальнага прапаведніка. Аднак праз тры гады жэнеўскія месьцічы зноў запрасілі Кальвіна да сябе, і ў хуткім часе сьвет убачыў прыклад зрэфармаванага гораду. Вуліцы Жэневы сталі бясьпечныя нават уначы, і ідучы па ім, ня трэба было баяцца, што нехта вылье памыі на галаву або пачне чапляцца нейкі п'яніца. Апошні шынок, дзе прадавалі віно гарадзкім алькаголікам, зачыніўся тры гады таму, а ягоны гаспадар зьехаў у Францыю, дзе людзям яшчэ патрэбна віно, каб уцячы ад праблемаў у сям'і ці ад безнадзейнасьці жыцьця. Каля кожнага дому чыста прыбрана, бо кожная вуліца мае адказнага, які глядзіць за парадкам і мае права штрафаваць таго, хто ператварае сваё жытло ў сьметнік. Квартал гарадзкой басоты цяпер не пазнаць: адзін стаў майстрам, другі працуе ў друкарні, а Жан Дзівак стаў банкірам. Банк яго пакуль што невялікі, але хто ведае, што будзе праз пару дзесяткаў гадоў. Кожны грош палічаны і не ідзе абы-куды, але пускаецца на разьвіцьцё справы. У нядзелю горад пусьцее, бо кожны сьпяшаецца ў царкву, трымаючы пад пахаю Біблію.
Сваім вучэньнем Жан Кальвін імкнуўся выхаваць моцных людзей, якія не хістаюцца, але супрацоўнічаюць з Богам і выконваюць Яго волю. Дзеля гэтага на пропаведзях ён вучыў карыстацца біблійнымі прынцыпамі ў штодзённым жыцьці, дзеля гэтага заклаў у Жэневе мноства пачатковых школаў і адкрыў Акадэмію, дзеля гэтага арганізаваў жыцьцё царквы так, каб кожны вернік нёс адказнасьць за яе служэньне. Чэрпаючы зь Бібліі ідэалы самакіраваньня, Кальвін вучыў, што каралі пастаўленыя Богам над народам як кара за чалавечыя грахі, і сьцьвярджаў, што Бог можа навучыць народных прадстаўнікоў абыйсьціся без манарха і, узяўшы ўладу ў свае рукі, рабіць Божыя справы.
Ня дзіўна, што ўдзельнікі вайны за незалежнасьць Галяндыі, змагары Слаўнай рэвалюцыі 1648 году ў Англіі, перасяленцы ў ангельскіх калёніях у Паўночнай Амэрыцы называлі жэнеўскага рэфарматара сваім духоўным бацькам. Ягоныя ідэі сталіся асновай сёньняшняга грамадзтва, таму гісторыкі ў адзін голас называюць Кальвіна «заснавальнікам новай цывілізацыі».