Послѣ такой страшной болѣзни, и при томъ нагнанной сатаною, Фотій не могъ уже никогда поправиться и оставался всегда хилъ и слабъ, а продолжительныя молитвенныя бдѣнія и строгій постъ, доходившій до воздержанія отъ всякой пищи въ теченіе цѣлыхъ недѣль, окончательно изнурили его. Онъ до такой степени боялся вліянія внѣшняго воздуха, что даже жаркою лѣтнюю порою ходилъ, какъ разсказываетъ Елагинъ, въ пяти теплыхъ одеждахъ. Болѣзненное состояніе Фотія, какъ мы видѣли, было, по отзыву его, причиною его отказа отъ архіерейской каѳедры, хотя, впрочемъ, сомнительно, чтобы онъ рѣшился, будучи даже совершенно здоровъ, покинуть добровольно Юрьевъ монастырь, на благоустройство котораго было, по желанію его, затрачено столько капиталовъ.
Такъ описывалъ свою болѣзнь самъ Фотій, но, между тѣмъ, встрѣчается о ней другое противорѣчащее этому извѣстіе. Такъ, г. Ф. Горбуновъ («Рус. Арх.» 1870 г., стр. 901) передаетъ, что вся болѣзнь Фотія… состояла только въ нарывѣ на груди, что Фотій не позволилъ доктору Соколовскому разрѣзать этотъ нарывъ, который вскорѣ прорвался самъ собою и что послѣ этого Фотій выздоровѣлъ.
Особенно неблагопріятно подѣйствовалъ на Фотія сдѣланный на него синоду доносъ о томъ, что онъ будто бы самовольно учредилъ крестный ходъ для перенесенія старыхъ иконъ изъ Юрьева монастыря въ другой, подвѣдомственный его благочинію, Клопскій монастырь. Старыя иконы, по распоряженію Фотія, несли туда торжественно нa рукахъ, народъ валилъ толпами на встрѣчу этой процессіи, а по селамъ священники выходили изъ церквей съ хоругвями и крестами, полагая, что идетъ настоящій крестный ходъ. За это Фотію было сдѣлано отъ синода внушеніе и это сильна потрясло его, отвыкшаго отъ всякихъ замѣчаній.
7-го января 1838 года Фотій слегъ въ постель и не вставалъ болѣе, такъ какъ 26-го февраля, во 2-мъ часу утра, онъ умеръ на рукахъ графини Орловой.
Фотій былъ погребенъ съ печальною торжественностью въ Юрьевомъ монастырѣ, въ пещерѣ или усыпальницѣ, подлѣ самой церкви Похвалы Богородицы. Здѣсь, у подножія креста, находятся два мраморныхъ гроба съ мраморными запаянными крышами. На одномъ, бѣломъ гробѣ сдѣлана по сребро-кованному покрову надпись: «Здѣсь покоится прахъ въ Бозѣ почившаго 1838 года февраля 26-го дня, въ часъ по полунощи и погребеннаго въ девятый день, 6-го марта, настоятеля, благодѣтеля и возобновителя святыя обители сея, преподобнаго отца священно-архимандрита Фотія». На другомъ, темноватомъ гробѣ, находящемся подлѣ перваго съ южной стороны, сдѣлана слѣдующая надпись на бронзовой досчечкѣ: «Здѣсь покоится прахъ графини Анны Алексѣевны Орловой-Чесменской, камеръ-фрейлины двора ея императорскаго величества и кавалерственной дамы ордена св. Екатерины меньшаго креста. Родилась 2-го мая 1785 года, скончалась 5-го-октября 1848 года».
Первый, если только мы не ошибаемся, упомянулъ въ печати о Фотіи покойный А. Н. Муравьевъ въ «Путешествіи ко святымъ мѣстамъ русскимъ». Авторъ этой книги, восхищаясь благолѣпіемъ Юрьева монастыря, вспоминая заслуги Фотія, какъ монаха и какъ настоятеля этой обители, упоминаетъ о томъ, что Фотій усовершенствовалъ пѣніе столповое или знаменное. «Величайшею же изъ заслугъ Фотія — пишетъ Муравьевъ — было возстановленіе древняго чина иноческой жизни въ своей обители и возбужденіе чрезъ то духа молитвы, ибо сердце его стремилось къ пустынному житію скитскихъ отцовъ и, посреди окружавшаго его великолѣпія святыни, самъ онъ велъ жизнь затворника, умножая строгость ея по мѣрѣ умноженія дней своихъ».
Елагинъ въ «Описаніи жизни графини Анны Алексѣевны Орловой-Чесменской», приводя этотъ отзывъ Муравьева о Фотіи, уснащаетъ его съ своей стороны еще разными похвалами въ честь иноческихъ добродѣтелей Фотія. Оба они — и Муравьевъ, и Елагинъ — не касаются, впрочемъ, тѣхъ обстоятельствъ, бывшихъ внѣ монастырскихъ стѣнъ, которыя доставили Фотію особую извѣстность, и, по всей вѣроятности, оба они умалчиваютъ объ этомъ только вслѣдствіе прежнихъ цензурныхъ условій, такъ какъ ничто не мѣшало бы имъ, при неизвѣстности еще въ ту пору матеріаловъ, представляющихъ Фотія въ настоящемъ невыгодномъ свѣтѣ, умилительно воспѣть его религіозно-гражданскіе подвиги въ защиту вѣры и отечества.