Несмотря на это, Шишковъ былъ неутомимъ въ преслѣдованіи Библейскаго Общества и въ 1824 году представилъ государю не мало записокъ, изложенныхъ въ такомъ направленіи. Въ нихъ всѣ нападки преимущественно сводились къ неумѣстному и губительному для Россіи переводу св. писанія на русскій языкъ. Не желая раздражать болѣе почтеннаго старца, Александръ Павловичъ надѣялся сдержать ретиваго славянолюбца заявленіемъ, что переводъ этотъ былъ сдѣланъ по собственному его, государя, повелѣнію. Но старикъ не унимался и вскорѣ нашелъ удобный случай повторить свои наставленія.
Опираясь на свой разговоръ съ митрополитомъ Серафимомъ, Шишковъ докладываетъ императору, что Библейское Общество — франкмасонство, что нужно опечатать его бумаги и передать ихъ на разсмотрѣніе синода; воспретить дальнѣйшее распространеніе св. писанія на русскомъ языкѣ; такъ какъ большая часть членовъ синода принадлежала къ лицамъ, отличавшимся вѣротерпимостію, то двоихъ надо удалить, замѣнивъ ихъ вновь назначенными. Императоръ отклонилъ эти предложенія замѣчаніемъ, что онъ долженъ быть послѣдователенъ въ своихъ дѣйствіяхъ. Въ видѣ возраженія на это замѣчаніе, Шишковъ представилъ Александру Павловичу обширную записку. Въ ней онъ доказывалъ, что твердость правительства не заключается въ поддержаніи его погрѣшностей, и что, напротивъ, оно обязано исправлять ихъ; нто государю не слѣдуетъ жертвовать общимъ благомъ для своего личнаго самолюбія, и ссылался на примѣры Петра Великаго и Генриха IV. Онъ указывалъ на то, что Россія позаимствовала учрежденіе Библейскаго Общества отъ англійскихъ методистовъ, что совмѣстное засѣданіе православныхъ святителей съ разными иновѣрцами представляетъ крайнюю несообразность. На эту записку никакого отвѣта отъ государя не послѣдовало.
На сторонѣ Шишкова стоялъ упоминаемый уже нами нѣсколько разъ Магницкій, пользовавшійся благосклонностью
Аракчеева. Изъ прежняго яраго приверженца Библейскаго Общества онъ, съ перемѣною вѣтра, обратился въ непримиримаго его гонителя. Чрезъ митрополита Серафима онъ представилъ государю записку о вредѣ, причиняемомъ Обществомъ церкви и государству, но послѣдствія вышли вовсе не тѣ, какихъ ожидалъ этотъ двоедушный доносчикъ. Императоръ Александръ Павловичъ приказалъ Серафиму призвать къ себѣ Магницкаго и сдѣлать ему строгій выговоръ за тѣ порицанія, какія онъ позволилъ себѣ противъ членовъ этого Общества, и объявить ему, что если онъ не хочетъ принимать участія въ ихъ дѣятельности, то долженъ былъ заявить объ этомъ просто, въ приличныхъ выраженіяхъ.
12-го апрѣля 1826 года, состоялся, по настоянію Шишкова и Серафима, высочайшій указъ отъ имени вновь воцарившагося государя о закрытіи Русскаго Библейскаго Общества, которое втеченіе своего существованія напечатало 876,106 экземпляровъ библіи, частію вполнѣ, частію въ извлеченіи, Бывшій же у Общества капиталъ 2.000,000 рублей ассигнаціями былъ переданъ въ распоряженіе синода. Спустя, однако, нѣсколько времени, по стараніямъ князя Карла Ливена, дозволено было учредить новое исключительно «Евангелическое Библейское Общество», только изъ членовъ протестантскаго исповѣданія.
Какъ въ прежнюю пору Магницкій былъ ревностный поборникъ ланкастерскихъ школъ и желалъ распространить ихъ до самой Камчатки, такъ теперь, напротивъ, онъ являлся непримиримымъ ихъ гонителемъ, объявляя, что онѣ, какъ зловредныя учрежденія, должны быть закрыты. Онъ думалъ угодить Шишкову даже тѣмъ, что приказалъ изъ конференцъ-залы казанскаго университета вынести повѣшенный имъ тамъ прежде портретъ Голицына. Но когда позднѣе Шишковъ узналъ объ этомъ, то выразилъ свое крайнее неудовольствіе по поводу такой гнусной продѣлки. Вмѣстѣ съ тѣмъ онъ пустился во всевозможные доносы, вмѣшиваясь не въ свои дѣла. Такъ, онъ подалъ на Шишкова доносъ, въ которомъ сообщалъ о разстройствѣ и безпорядкахъ въ Дерптскомъ университетѣ, разсчитывая на то, что ему будетъ поручена ревизія этого университета, какъ нѣкогда была поручена ревизія казанскаго. Но онъ обманулся. По докладу объ этомъ государю Александру Павловичу, онъ нашелъ, что такъ какъ Дерптъ находится въ близкомъ разстояніи отъ Петербурга, то лучше было съѣздить туда самому министру и лично удостовѣриться въ состояніи тамошняго университета. Шишковъ исполнилъ волю государя и, по возвращеніи изъ Дерпта, представилъ ему, что тамошній университетъ находится въ положеніи гораздо лучшемъ, нежели всѣ прочіе университеты.