Магницкій продолжалъ, однако, дѣйствовать какъ доносчикъ. Узнавъ, что удаленные изъ петербургскаго университета Руничемъ профессоры: статистики — Германъ, и географіи — Арсеньевъ, опредѣлены были: первый — императрицею Маріею Ѳеодоровною — инспекторомъ классовъ въ Смольный монастырь, а второй — великимъ княземъ Николаемъ Павловичемъ — въ инженерное училище, Магницкій представилъ Шишкову, чтобы онъ довелъ до свѣдѣнія ея величества и его высочества о томъ, какъ опасны эти преподаватели. Шишковъ оставилъ доносъ Магницкаго и безъ послѣдствія, и безъ отвѣта. Магницкій разсвирѣпѣлъ и написалъ своему начальнику, что если онъ, министръ, не дастъ дальнѣйшаго хода присланному ему вѣрноподданническому заявленію, то онъ, Магницкій, напишетъ прямо государю. Такое нахальство вывело, наконецъ, добродушнаго Шишкова изъ терпѣнія и онъ написалъ Магницкому, что онъ, Шишковъ, будучи министромъ народнаго просвѣщенія, не имѣетъ никакого права вмѣшиваться въ распоряженія высочайшихъ особъ, и обязанъ заниматься дѣлами только подчиненнаго ему учебнаго вѣдомства. Къ этому онъ добавилъ, что если Магницкій позволитъ себѣ въ третій разъ обратиться къ нему, Шишкову, съ подобной бумагой, то объ этомъ будетъ доведено до свѣдѣнія Государя.
Желая удалить Магницкаго изъ Петербурга, гдѣ онъ занимался интригами и доносами, Шишковъ издалъ циркуляръ, чтобы попечители учебныхъ округовъ жили въ мѣстностяхъ подвѣдомственныхъ имъ округовъ. Циркуляръ этотъ былъ прямо направленъ противъ Магницкаго, который, втеченіе шести лѣтъ со времени своего назначенія попечителемъ округа, не былъ тамъ ни разу. Получивъ такое непріятное для себя предписаніе, онъ поспѣшилъ въ Грузино, къ своему покровителю Аракчееву, чтобы посовѣтоваться съ нимъ, что теперь дѣлать? Аракчеевъ, строгій блюститель дисциплины, внушилъ Магницкому, чтобы онъ повиновался распоряженію своего начальника, и добавилъ, что онъ, Аракчеевъ, по возвращеніи своемъ въ Петербургъ, поговоритъ объ этомъ съ министромъ. Гостя у Аракчеева въ Грузинѣ дней пять, Магницкій разсыпался передъ нимъ въ лести и угодничествѣ, на что — надобно сказать къ чести Аракчеева — послѣдній былъ вовсе не податливъ.
Магницкій поневолѣ отправился въ Казань и тамъ навелъ ужасъ. Онъ не только грубо обошелся со всѣми тамошними чинами, но и далъ имъ понять о своихъ близкихъ отношеніяхъ ко всемогущему Аракчееву. Онъ принималъ профессоровъ не иначе, какъ въ торжественныхъ аудіенціяхъ, выходя къ нимъ въ мундирѣ, въ чулкахъ и башмакахъ, съ анненскою лентою черезъ плечо. Экзамены онъ заключилъ торжественнымъ собраніемъ. Здѣсь произнесъ онъ рѣчь, гдѣ въ каждомъ словѣ высказывалось его самолюбіе въ видѣ похвалъ той организаціи, какую онъ придалъ казанскому университету. Въ честь его данъ былъ балъ. На этомъ балу студенты, которыхъ Магницкій держалъ прежде какъ отшельниковъ, танцовали до утра. О запрещеніи пить вино теперь не было уже помину, такъ какъ онъ зналъ, что его начальникъ, Шишковъ, не былъ противникомъ крѣпкихъ напитковъ.
Чтобы соблюсти необходимую формальность, онъ послалъ министру коротенькое донесеніе о состояніи университета, но вмѣстѣ съ тѣмъ препроводилъ и свою рѣчь въ редакціи главнѣйшихъ газетъ той поры. Когда Пезаровіусъ, редакторъ «Русскаго Инвалида», обратился относительно этого за разрѣшеніемъ къ Шишкову, то министръ нашелъ неудобнымъ напечатать рѣчь Магницкаго; тѣмъ не менѣе, она появилась въ «Московскихъ Вѣдомостяхъ» и въ «Вѣстникѣ Достопримѣчательностей».
Вскорѣ Шишковъ узналъ, что Магницкій оскорбительно и дерзко отзывается о немъ, и угрожаетъ, что онъ уничтожитъ всѣхъ непріязненныхъ ему чиновниковъ министерства народнаго просвѣщенія.