Обвиненіе Шишкова въ обскурантизмѣ и въ религіозномъ фанатизмѣ Гётде, съ своей стороны, признаётъ неосновательнымъ, въ подтвержденіе него и ссылается на слѣдующія обстоятельства:
Оба его брака, первый — съ лютеранкой, а второй — съ католичкой, доказываютъ, что Шишковъ былъ чуждъ религіозной ненависти. При немъ должность министра народнаго просвѣщенія была соединена съ званіемъ главноуправляющаго дѣлами иностранныхъ исповѣданій и не было ни одного случая, въ которомъ бы выразилось его притѣсненіе какого либо иновѣрческаго исповѣданія. Голицынъ, вѣротерпимость котораго была всѣмъ очень хорошо извѣстна, гораздо строже сохранялъ внѣшніе обряды своей церкви, нежели Шишковъ. Такъ, Голицынъ строго соблюдалъ всѣ установленные церковью посты, тогда какъ Шишковъ былъ въ этомъ отношеніи вольнодумцемъ.
Точно такъ же онъ самъ по себѣ снисходительно относился и къ піетизму, и къ мистицизму, доказательствомъ чему можетъ служить его отзывъ о радѣніяхъ баронесы Крюденеръ. о которыхъ мы уже упоминали прежде.
Собственно, Шишковъ былъ ярымъ фанатикомъ только тогда, когда затрогивали излюбленныя имъ воззрѣнія по филологіи. Такъ, онъ никогда не хотѣлъ признать, что церковно-славянскій языкъ для большинства славянъ сдѣлался непонятенъ. Онъ утверждалъ, что русскій языкъ совершенно тождественъ съ славянскимъ, который, въ свою очередь, составляетъ только торжественный слогъ перваго. Отсюда и проистекала его ненависть къ переводу св. писанія на русскій языкъ, какъ къ предпріятію совершенно излишнему и безполезному.
«Можно ли, наконецъ, винить Шишкова въ обскурантизмѣ?» — спрашиваетъ Гётце, — и на этотъ вопросъ даетъ слѣдующій отвѣтъ. Установленная имъ цензура была во многихъ отношеніяхъ болѣе снисходительна и менѣе придирчива, нежели существовавшая до него. Самъ Шишковъ, не обнаруживалъ ни малѣйшаго самохвальства, разсказывалъ Гётце. какъ онъ, нѣсколько лѣтъ тому назадъ, испросилъ у государя разрѣшеніе на напечатаніе «Записокъ» князя Шаховскаго, бывшаго синодскимъ оберъ-прокуроромъ при императрицѣ Елизаветѣ Петровнѣ, такъ какъ цензура не дозволяла печатать его «Записки» въ виду того, что «Записки» эти представляли печальное положеніе Россіи въ царствованіе Елизаветы и, кромѣ того, обнаруживали интриги высшаго православнаго клира.
Должно, однако, сказать, что Шишковъ, какъ и всѣ люди его званія и той поры, былъ противникъ уничтоженія крѣпостнаго права, хотя, по словамъ Гётце, лично онъ былъ добрый помѣщикъ.
Въ одномъ изъ своихъ докладовъ императору Александру онъ высказалъ мнѣніе, что главнымъ образомъ порча студентовъ происходитъ отъ того, что они готовятся по запискамъ профессоровъ. Когда же, однако, по доносу Магницкаго, онъ долженъ былъ обревизовать дерптскій университетъ, то, несмотря на то, что тамошніе профессоры читали лекціи также по своимъ запискамъ, онъ отдалъ полную справедливость тому благоустройству, въ какомъ онъ лично нашелъ этотъ университетъ. Кромѣ того, онъ никогда не старался распускать свои паруса по попутному вѣтру, но всегда — худо ли, хорошо ли — дѣйствовалъ по своему убѣжденію.
Онъ, судя по отзывамъ Гётце, оставался всегда вѣренъ доброму, примирительному началу. Извѣстно, что Павелъ Петровичъ приказалъ графу Алексѣю Орлову-Чесменскому выѣхать изъ Россіи за-границу. Когда, въ 1798 году, Шишковъ, уже въ званіи генералъ-адъютанта Павла, находился въ Карлсбадѣ, то Павелъ приказалъ ему наблюдать тайно за проживавшими тамъ Орловымъ и Зубовымъ. Тайная полиція была, однако, не въ духѣ Шишкова, и онъ, будучи знакомъ прежде съ Орловымъ, продолжалъ посѣщать его, больнаго, ежедневно, хотя и могъ подвергнуться за это грозной опалѣ. Когда же Орловъ, въ день имянинъ императора Павла, устроилъ въ Карлсбадѣ великолѣпное празднество, то Шишковъ написалъ объ этомъ Павлу, а также и о томъ тостѣ, какой Орловъ провозгласилъ, когда пили у него за здоровье государя. Это примирило Павла съ Орловымъ и онъ дозволилъ Чесменскому вернуться въ Россію въ его помѣстье.
Извѣстно, что Шишковъ, въ качествѣ статсъ-секретаря, сопровождалъ императора Александра Павловича въ походахъ 1812–1814 гг. По поводу этого, Гётце разсказываетъ нѣсколько молоизвѣстныхъ и даже, быть можетъ, еще вовсе неизвѣстныхъ подробностей. Императоръ отдать приказаніе, чтобы въ чрезвычайныхъ обстоятельствахъ Аракчеевъ, Шишковъ и генералъ Балашевъ собирались на совѣщанія, и о постановленіяхъ, принятыхъ на такихъ совѣщаніяхъ, доводили письменно до свѣдѣнія его величества. Между прочимъ, въ то время оказалось, что присутствіе государя въ арміи, шедшей противъ Наполеона, крайне стѣсняло главнокомандующаго ею, тогдашняго военнаго министра Барклая-де-Толли, но никто не рѣшался сказать объ этомъ государю. Шишковъ, съ своей стороны, отважился отъ имени упомянутаго совѣщанія представить на счетъ этого откровенный докладъ. Балашевъ безъ особаго отпора присталъ къ мнѣнію Шишкова, но чрезвычайно трудно было склонить Аракчеева къ подписи этой бумаги.