Аракчеевъ взялъ его съ собою для представленія государю. Такъ какъ въ этотъ день у Александра Павловича былъ цесаревичъ Константинъ и оставался у него цѣлый день, и онъ самъ былъ въ печальномъ настроеніи духа, то Аракчеевъ не хотѣлъ еще болѣе разстроить его представленіемъ доклада и положилъ его въ спальнѣ государя на письменный столъ. Когда, на другой день утромъ, Аракчеевъ явился къ государю, то этотъ послѣдній сказалъ ему: «я прочелъ вашу бумагу» — и болѣе не прибавилъ ни слова. Точно такъ же, когда пришелъ съ бумагами Балашевъ, то и онъ не узналъ, какъ былъ принятъ государемъ представленный ему докладъ. Шишковъ, хотя и былъ еще нездоровъ, но собрался съ силами, и съ портфелемъ отправился къ государю въ надеждѣ узнать что нибудь о послѣдстіяхъ вчерашняго доклада. Шишковъ былъ очень милостиво принятъ государемъ, выразившимъ участіе на счетъ состоянія его здоровья и совѣтовавшимъ ему беречь себя, но и здѣсь о докладѣ не было и помину. Изъ пріема, сдѣланнаго ему государемъ, онъ могъ заключить, что Александръ Павловичъ не гнѣвался на него; и его тѣмъ болѣе еще мучила неизвѣстность на счетъ того, послѣдуетъ ли императоръ внушенію преданныхъ ему лицъ.
Въ надеждѣ поразвѣдать хотя кое-что, Шишковъ и на слѣдующій день отправился къ государю, но не засталъ его дома, и Шишкову сказали, что императоръ поѣхалъ въ главную квартиру къ Барклаю-де-Толли. Въ это время оберъ-гофмаршалъ, графъ Толстой, отозвалъ въ сторону Шишкова и сказалъ ему на ухо, что государь приказалъ приготовить дорожные экипажи, и что онъ, вѣроятно, отправится въ Москву.
Такимъ образомъ, опасенія Шишкова разсѣялись. Ночью онъ получилъ приказаніе заготовить воззваніе къ жителямъ Москвы и манифестъ о вторженіи непріятеля въ предѣлы Россіи. Тогда-то и былъ написанъ Шишковымъ тотъ извѣстный манифестъ, въ которомъ говорилось, что врагъ встрѣтитъ: въ каждомъ дворянинѣ — Пожарскаго, въ каждомъ духовномъ лицѣ — Палицына, и въ каждомъ гражданинѣ — Минина.
Но этимъ дѣло о докладѣ, въ сущности крайне непріятномъ для Александра Павловича, не кончилось.
Разумѣется, что три лица — Аракчеевъ, Шишковъ и Валашевъ сохранили относительно этого доклада полную тайну, Неизвѣстно, при какомъ, именно случаѣ проговорился о немъ императоръ своей любимой сестрѣ, великой княгинѣ Екатеринѣ Павловнѣ. Когда же, въ 1813 году, Шишковъ встрѣтился съ нею въ Карлсбадѣ, то она, подъ обѣщаніемъ ненарушимаго молчанія, стала его просить, чтобы онъ сообщилъ ей этотъ докладъ. Тщетны были всѣ отговорки Шишкова. Онъ не могъ противиться настояніямъ великой княгини, которая, выслушавъ докладъ, залилась слезами. Послѣ того, она снова приступила къ Шишкову съ просьбою дозволить ей собственноручно списать этотъ докладъ, разумѣется, сохранивъ его въ безусловной тайнѣ. Неизвѣстно, сдержала ли она вполнѣ свое обѣщаніе, но, по крайней мѣрѣ, при жизни ея о докладѣ не было никакого слуха. Когда же, въ 1819 году, она скончалась въ Штутгартѣ и оставшіяся послѣ нея бумаги были пересланы въ Петербургъ, то между ними нашелся списокъ съ упомянутаго доклада. Императоръ былъ чрезвычайно недоволенъ нескромностью своего статсъ-секретаря. Самъ же Шишковъ, когда онъ разсказывалъ Гётце объ этомъ случаѣ, былъ сильно растроганъ и сознавалъ всю неумѣстность своей уступчивости на просьбу обворожившей его прелестной женщины. Обстоятельство это вызвало въ императорѣ охлажденіе къ Шишкову, и онъ не встрѣчалъ уже адмирала съ прежнею привѣтливостью до самаго назначенія Шишкова министромъ народнаго просвѣщенія.
Въ 1828 году, Шишковъ оставилъ министерство народнаго просвѣщенія и преемникомъ ему былъ назначенъ князь Карлъ Ливенъ, занимавшій до этого времени должность попечителя дерптскаго учебнаго округа.
По поводу увольненія Шишкова отъ должности министра, Гётце разсказываетъ, что — это, впрочемъ, всегда такъ ведется — пока Шишковъ занималъ самостоятельную должность, множество разныхъ лицъ заискивали его благосклонность и вниманіе; когда же мѣсто его заступилъ князь Ливенъ, то изъ гостепріимнаго салона почтеннаго адмирала исчезло немало первостепенныхъ чиновниковъ его прежняго министерства. Жена Шишкова, смѣясь, разсказывала объ этомъ Гётце и добавляла, что, встрѣтясь съ однимъ изъ этихъ лицъ въ чужомъ домѣ, она ради шутки сказала этому господину, какъ новость, что мужъ ея будетъ опять назначенъ министромъ. Тогда онъ разсыпался въ любезностяхъ, а она, съ своей стороны, любезно замѣтила ему: «Я надѣюсь, что тогда мы будемъ имѣть удовольствіе снова видѣть ваше превосходительство въ нашемъ домѣ».