На присоединенных территориях Русская Православная Церковь стремилась подчинить себе приходы, входившие ранее в Польскую Автокефальную Православную Церковь. В Жировичском монастыре находился на покое архиепископ Пантелеймон Рожновский, не признававший образованной в 1924 г ПАПЦ, юрисдикция которой распространялась на Западную Белоруссию. Архиепископ Пантелеймон, узнав об отъезде епископа Саввы, сообщил духовенству Гродненской епархии о том, что он принимает на себя управление епархией. Гродненская консистория ожидала прибытия на гродненскую кафедру епископа Острожского Симона Ивановского, но тот отказался от поездки в Гродно. После этого консистория и духовенство Гродненской епархии подчинилось архиепископу Пантелеймону. В начале октября 1939 г. он написал в Московскую Патриархию письмо, в котором он просил присоединить его к РПЦ и назначить епископом Пинско-Новогрудским[504]
. Митрополит Сергий ответил письмом от 22 декабря 1939 г. следующее: «Митрополит Елевферий пишет мне, что Вы не получили ни моего письма, ни указа от 17 октября за № 613. Мы Вас утвердили епископом Пинско-Новогрудским с присвоением Вам ношения на клобуке бриллиантового креста, а также звания экзарха Патриархии в виду поручения Вам принять в общение с Патриархией и в свое ведение всех тех областей вновь присоединенных территорий, кто пожелает от автокефалии войти в сношение с Патриархией». Заканчивалось письмо предложением прибыть в Московскую Патриархию.Вскоре после присоединения Западной Белоруссии советское правительство отдало Вильно Литовской республике. Вследствие такого положения Виленская епархия лишилась своего епархиального центра, который остался за границей. Митрополит Сергий указом от 24 июня 1940 г. утвердил Пантелеймона архиепископом Гродненским и Вилейским. Таким образом, архиепископ Пантелеймон объединил две епархии Западной Белоруссии в одну, исключая г. Вильно.
Архиепископ Пантелеймон разослал епископату Западной Украины и Западной Белоруссии письма, в которых уведомлял архиереев о своем вступлении в должность экзарха и запретил за богослужением поминать имя митрополита Варшавского Дионисия. Необходимо было поминать местоблюстителя патриаршего престола митрополита Сергия и его экзарха архиепископа Пантелеймона. Экзарх предложил архипастырям выслать ему декларации о признании за Московской Патриархией канонической власти. Декларацию выслал лишь епископ Острожский Симон.
Создавшееся церковное управление не удовлетворяло архиепископа Александра. 1 ноября он и епископ Волынский и Кременецкий Алексий Громадский создали Священный Синод Православной Церкви в границах Западной Украины и Западной Белоруссии. В состав Синода был включен и епископ Острожский Симон.
Указом Священного Синода Православной Церкви в Польше от 1 января 1939 г. в состав Варшавско-Холмской епархии включался Брестский повет. В сентябре 1939 г. Брестчина оказалась в составе СССР. Учитывая это, Священный Синод Православной Церкви в границах Западной Украины и Западной Белоруссии постановлением от 15 декабря 1939 г. возвратил приходы Брестского повета в ведение архиепископа Александра. Действия Синода вносили раскол в церковное управление на Полесье. Синод архиепископа Александра и епископа Алексия не признавался ни экзархом архиепископом Пантелеймоном, ни митрополитом Сергием.
В связи с нежеланием части духовенства Брестской области поступать в подчинение архиепископу Александру, оно обратилось с соответствующим ходатайством в Патриархию. Ее указом № 161 от 28 марта 1941 г. Брестская область в церковном отношении передавалась из Полесской епархии в Гродненскую, с учреждением кафедры епископа Брестского, викария Гродненской епархии. В епископа Брестского был хиротонисан архимандрит Венедикт Бобковский, настоятель Свято-Успенского Жировичского монастыря.
Летом 1940 г. епископат западных областей Украины и Белоруссии был вызван в Патриархию для оформления присоединения к РПЦ. Акт присоединения включал покаяние бывших автокефальных архиереев, исповедь и совместную службу с митрополитом Сергием. 25 июня в Москву прибыл викарий Полесской епархии епископ Камень-Каширский Антоний Марценко, 10 июля — архиепископ Пантелеймон.
Архиепископ Александр был вызван в Патриархию письмом № 319 от 7 июня. Он должен был прибыть в Патриархию к 20 июня, но в Москву Полесский архипастырь не поехал, сославшись на болезнь. Действительно, в 1940 г., после того, как у верующих Пинска была отобрано помещение Духовной консистории, в которой власти устроили школу милиции, архиепископ Александр находился в подавленном состоянии и ожидал своего ареста. Формально, таким образом, он отказался присоединиться к РПЦ, за что был митрополитом Сергием уволен на покой. На его кафедру в Пинске был посвящен архимандрит Почаевской Лавры Вениамин Новицкий. Посвящение состоялось в Луцке в первой половине июня 1941 г.