Действия пизанцев были немедленно признаны наносящими вред их городу. Император Алексей отправил сообщение правительству Пизы с Бененато – приором пизанских церквей в Константинополе, но, когда стало известно о роли города в бегстве князя Алексея, приор понял, что его миссия бесполезна. До времени почти перед самым Четвертым крестовым походом он не осмеливался возвращаться в Константинополь, где тем временем Алексей III перенес свое покровительство на более достойного получателя – Геную.
Генуэзцы, с недоверием относившиеся к дружбе с императором, неспешно готовили посольство в ответ на просьбу Алексея, высказанную в марте 1199 г. В мае 1201 г. были составлены инструкции для посланника Оттобоно делла Кроче, который по прибытии обнаружил императора в благоприятном расположении духа. К октябрю 1201 г. проблемы, которые существовали со времени начала пиратских налетов Гаффорио, были решены. Посланник получил указания: 1) обеспечить выполнение договора, заключенного в 1192 г. Исааком II и генуэзскими переговорщиками Гульельмо Торнелло и Гвидо Спинулой, особенно тех его положений, по которым император брал на себя обязательство не захватывать собственность генуэзцев в Константинополе без предварительного обращения к коммуне; 2) добиться возвращения генуэзцам частей генуэзского квартала, включая конфискованный дворец Каламанос, а также расширения квартала; 3) попросить императора по возможности сократить пошлину до двух или хотя бы трех процентов; 4) добиться восстановления ежегодных подарков Генуе, не выплаченных с 1195 г.; 5) получить компенсацию многочисленного ущерба, причиненного отдельным генуэзцам или коммуне. Очевидно, император принял эти просьбы благосклонно: изданная им булла потеряна, но землемерная съемка квартала, заказанная в это время, указывает на то, что император выполнил требования генуэзцев в отношении него. Дворец Каламанос, отданный германским наемникам во времена нападений Гаффорио, был возвращен; и, возможно, беспорядок, оставленный после себя солдатами, как было упомянуто в инструкции Оттобоно, был убран. Новая пристань стоимостью 72 иперпера в год была подарена колонии вместе с домами, принадлежавшими Ипсильскому монастырю. Больше ничего не известно относительно уступок Алексея III. Генуэзцы и пизанцы продолжали торговать в Константинополе до Четвертого крестового похода. Пизанцы воевали за Алексея III в 1203 г. во время первой осады города крестоносцами, но перед нападением в 1204 г. они присоединились к венецианцам. Их квартал продолжал существовать в Латинской империи.