Мануил потребовал, чтобы раскаявшийся Андроник дал клятву верности правящей ветви Комнинов. Он должен был поклясться в том, что, если ему станет известно о каком-либо плане причинить вред императору или его сыну, он уведомит их об этом и приложит все возможные усилия к тому, чтобы предотвратить преступление. Таким образом, точно так же, как Мануил искал гарантий безопасности Алексея II за границей, он потребовал клятву от самого опасного из внутренних соперников. В обмен на свою капитуляцию и обещание хранить верность Андронику была возвращена Феодора, и он получил во владение огромную территорию, так как стал правителем Понта. Доходы с этой территории оказались в распоряжении Андроника, как будто это была большая прония (Ренье-Иоанн Монферратский, вероятно, владел Фессалониками на таких же условиях). Андроник поселился в Унье, где наслаждался тихой жизнью и ожидал развития событий в столице; но для того, чтобы обеспечить его правильное поведение, трое его законнорожденных детей – Мануил, Иоанн и Мария – находились в Константинополе. Старый император сделал все, что мог, чтобы утихомирить Андроника.
Никита Хониат утверждает, что Мануил, отказавшись признать приближавшуюся смерть, не назначил регентов, которые правили бы империей до достижения его сыном совершеннолетия. Михаил Сириец десятилетием позже писал, что Мануил сделал главным опекуном сына и правительницей империи свою жену Марию-Зену и назначил двенадцать людей знатного происхождения ей в помощь. Между этими двумя крайними заявлениями находится отчет Евстафия Солунского о том, что ребенок был оставлен на попечение своей матери, но и другие люди были назначены регентами. Он называет только патриарха Феодосия, чьи святость и высокие нравственные качества завоевали ему всеобщее уважение. Мы можем лишь гадать, кто были другими членами опекунского совета, но, безусловно, в нем преобладали Комнины и люди, связанные с ними. Более поздние события наводят на мысль, что в него входили Алексей Комнин протостратор – незаконнорожденный сын Мануила вместе с его любимым племянником Алексеем Комнином протосевастом. Едва ли могли быть забыты Мария Порфирородная и ее муж – кесарь Ренье-Иоанн; возможно, были и другие.
В последние месяцы своей жизни Мануил, очевидно, энергично трудился. Он предчувствовал свою смерть, наверное, еще в 1178 г., когда начал устраивать браки своих детей, – и уж точно к апрелю 1180 г. Не оставаясь праздным, он предпринимал все возможные меры к тому, чтобы подготовить вступление на престол своего сына; он лично отразил нападение турок в Вифинии и разработал стратегию, которая заставила Андроника сдаться. Он стремился навязать свою волю церкви в вопросе, связанном с новообращенными в христианство мусульманами. Но больше всего он был занят дипломатией с целью обеспечить мирное вступление на престол и продолжительное правление своего сына. Эти факты разрушают нарисованную Никитой Хониатом картину умирающего безвольного человека, находящегося под влиянием астрологов.
О болезни Мануила нам рассказывает в основном Никита Хониат. Его недуг, характер которого не указывается, начался до марта 1180 г., когда бушевал религиозный диспут. Мануил встал с постели, чтобы изгнать напавших турок. Когда его состояние ухудшилось, он перебрался во дворец Скутари в Дамалисе, где был чище воздух и меньше людей. В мае он имел там беседу с патриархом и заключил соглашения, которые положили конец спору. В июле ему, вероятно, стало чуть лучше, так как он смог дать аудиенцию смиренному Андронику. Возможно, именно к этому периоду явного улучшения относится картина, нарисованная Никитой Хониатом, если в ней вообще есть сколько-нибудь правды. Тогда Мануил мог с пренебрежением отнестись к патриарху и тем, кто делал мрачные пророчества. Позднее болезнь вернулась, Мануил признал, что его конец близок, и, если верить Никите Хониату, заговорил со своими придворными о возможной судьбе Алексея II. Он также дал патриарху письменное заявление, в котором он отрекся от прежней веры в астрологию.
24 сентября император пощупал свой пульс и понял, что конец совсем близко, после чего он удивил своих придворных, потребовав монашеское одеяние. В результате лихорадочных поисков был найден черный плащ; мягкие королевские одежды были сняты, и умирающий император был обернут в грубую одежду для царствия небесного. По словам Никиты Хониата, никто не мог глядеть на него без жалости. Как монах он получил имя Матвей. Вскоре он умер и был погребен в монастыре Христа Пантократора (Вседержителя) на берегу Золотого Рога. На его могилу была положена каменная плита, на которой покоилось тело Христа; эту реликвию Мануил повелел привезти из Эфеса и принес ее на своей собственной спине в монастырь Пантократора.