Рано утром 12 сентября Андроник прибыл в Большой дворец; но ситуация уже вышла из-под контроля, так как его приверженцам не удалось успокоить народ, и им самим пришлось искать убежища. Все больше и больше горожан собирались на Августионе у Святой Софии и на Ипподроме. Впервые стало появляться оружие – в основном дубинки и – редко – мечи. Двери в тюрьмах были взломаны, а преступники и политические заключенные – освобождены. Имя Исаака зазвучало с императорским титулом, а один из священнослужителей принес из алтаря корону Константина Великого. Когда Исаак, все еще пребывавший в смертельном страхе перед гневом Андроника, запротестовал против коронации, его дядя Иоанн Дука вышел вперед и предложил свою кандидатуру на императорский пурпур. Люди отказались принять его, говоря, что они уже устали жить под властью старого бородача и не хотят больше такого. Толпа вытащила из резиденции патриарха Василия Каматира и заставила его начать коронацию Исаака II. Благоприятное событие ознаменовало новое правление: одна из императорских лошадей, которых приказал провести шествием Андроник, убежала от своего конюха после высадки с корабля на сушу. Она бежала по улицам до тех пор, пока не была поймана и приведена к Исааку, чтобы он на ней поехал.
Нужно было что-то делать со старым императором, прежде чем новый сможет занять его место. Оказавшись во дворце, Андроник слышал и видел толпу и понимал, что только военные действия смогут сохранить ему трон. Он призвал к оружию гвардию, но гвардейцы были слишком напуганы, чтобы сопротивляться, так как многие из них видели константинопольскую толпу в действии, когда она обрушилась на купцов-латинян, и не хотели встретиться с ней сами. Очевидно, численность их была мала; многие гвардейские подразделения, вероятно, находились на поле боя и воевали с норманнами, а другие, возможно, были во Влахернах – императорской резиденции в дальнем конце города. Как сообщается, сам Андроник взял лук и стрелял в толпу с Кентенарионской башни, обращенной к Ипподрому. В конце концов, он отправил гонца с сообщением, что он оставит трон своему сыну Мануилу, но толпа лишь выкрикивала оскорбления. Вскоре после этого люди ворвались на территорию дворца через Карейские ворота. Андроник оставил всякую надежду, снял пурпур и в варварском платье взошел на императорскую галеру. Сначала он поплыл во дворец Мелудион, забрал оттуда свою жену Агнес-Анну и любимую наложницу. Зная о том, что правящие классы в византийских провинциях и соседних с империей странах его ненавидят, он принял решение бежать в Россию.
А Исаака толпа внесла во дворец на руках и заново провозгласила его «королем и самодержцем римлян». Узнав о том, что Андроник бежал, он отправил за ним погоню, чтобы схватить его. Тем временем население использовало эту возможность, чтобы разграбить императорский дворец, в котором хранились накопленные богатства Андроника и где целый век мирного правления Комнинов добавил великолепия к прошлому. В сокровищнице тысячи фунтов в золотых, серебряных и бронзовых монетах и слитках лежали наготове – только возьми. В других местах стояла мебель и всевозможные статуи, в том числе такие большие, что их можно было унести лишь совместными усилиями нескольких человек. Из арсеналов были украдены тысячи единиц оружия; любому будущему императору пришлось бы иметь дело с гораздо лучше вооруженным населением, чем то, которое свергло Андроника. Многочисленные храмы и часовни на территории дворца были разграблены: унесены драгоценные камни и золото, украшавшие святые образа, и многие чудотворные реликвии, хранившиеся там. Даже часть обертки, в которую Христос (согласно преданию, которому верили повсеместно) положил письмо к эдесскому королю Абгару, была снята. И в обстановке этой разнузданной ненасытности Исаак II жил несколько дней до переезда во Влахерны. Туда и прибыли его люди с докладом, что Андроник схвачен.
После того как спасавшийся бегством император взял на борт своих женщин из Мелидиона, он поплыл вверх по Босфору в Челу, что находится на берегу Черного моря, где потребовал корабль, чтобы отправиться на нем в Россию. Он и его люди отправились в путь, но неблагоприятные ветры вновь и вновь возвращали их к берегу; наконец прибыли преследователи, посланные Исааком. Каким-то образом Андроника схватили и затолкали связанного в маленькую лодку вместе с двумя женщинами. По его просьбе они вместе стали молить о пощаде, но пленившие их были неумолимы. Его привезли назад в Константинополь и заключили в башню Анемас возле Влахернского дворца, которая была излюбленной тюрьмой для высокопоставленных преступников.