Оказавшись на троне случайно, Исаак должен был укреплять свое положение и расчищать обломки режима Андроника. Семья бывшего правителя могла стать центром, объединяющим противников Исаака: младший сын Андроника Иоанн, командовавший войсками в Филиппополе (современный город Пловдив. –
Трудности представлял вопрос о том, как быть с назначенным Андроником на патриарший престол Василием II Каматиром. В начале переворота Василий под давлением согласился принять участие в коронации Исаака. Как только он увидел, какой оборот принимает ситуация, он стал рьяным сторонником нового императора. Ему было позволено пока оставаться на престоле, но давление на Исаака с целью убрать всех людей, связанных с ненавистным тираном, было слишком велико, чтобы его можно было игнорировать. В начале 1186 г. Василий был смещен под тем предлогом, что он позволил женщинам, насильно постриженным в монахини при Андронике, покинуть монастыри. Новым патриархом стал Никита Мунтан, бывший сакелларий (казначей) Святой Софии и, по словам Никиты Хониата, простой и святой старец. Но победителей не удовлетворило смещение Василия, и они стали настаивать на официальном суде. Иоанн Апокавк, который делал свои записи после 1204 г., предоставляет нам живую картину предъявления обвинения, свидетелем которого он, возможно, был. В присутствии нового патриарха и синода Василию был задан вопрос: на каком основании он одобрил брак двух незаконнорожденных детей Андроника и Мануила, которые состояли в запрещенной степени родства. Обвинители утверждали, что Василий соединил их своей властью, чтобы остаться на патриаршем престоле. Василий отказался говорить и стоял безмолвный: «…устремив взгляд в пол в палате совета, он казался одной из икон из-за своего долгого молчания». После других неотвеченных вопросов патриарх сказал ему: «Мы расторгаем этот союз и осуждаем того, кто его скрепил». И этот старик был изгнан из синода.
Принесение Исааком в жертву Василия Каматира показывает степень, в которой новый император был зависим от желаний своих приверженцев в начале своего правления. Он был коронован под шумные требования жителей Константинополя, что получило неохотное одобрение немногих представителей придворной знати, возглавляемых Иоанном (Ангелом) Дукой, который присутствовал тогда в Святой Софии. К злорадству толпы, Исаак принес живое тело Андроника в качестве человеческой жертвы, и на время город был доволен. Исаак позаботился о том, чтобы умиротворить толпу щедрыми подношениями, и она оставалась верной ему; но, подобно своему предшественнику, он много времени проводил вне столицы, чтобы избежать давления со стороны населения. Представители знати, особенно пострадавшие при Андронике, приветствовали восхождение на трон одного из своих рядов. Исаак поспешил укрепить свою связь с ними, выдав замуж свою сестру Ирину за Иоанна Кантакузина, который теперь стал кесарем (хотя он и был ослеплен Андроником). Для заключения этого союза Исаак приостановил действие правила о запрещении браков в пределах седьмой степени родства, и это было одобрено тогдашним патриархом Василием Каматиром. Дядя Исаака Иоанн (Ангел) Дука теперь получил титул севастократора и женил одного из своих сыновей на дочери успешного полководца Алексея Врана. Другие аристократы были освобождены из заключения и увенчаны новыми титулами и значимыми военными постами.
Исаак мог с большей степенью уверенности полагаться на чиновничество, нежели знать. Его мать Ефросинья Кастамонитисса была родом из семьи чиновника. Исаак поспешил поставить ее брата Феодора Кастамонита ответственным за финансовые дела империи. Все посты гражданской администрации были переданы представителям чиновнического класса, доказавшим свою преданность режиму.