Еще когда Кастамонит умирал, император назначил нового руководителя гражданской администрации – молодого человека, едва закончившего образование. Его соперник Никита Хониат сначала отказывается назвать его, но позднее указывает, что это был Константин Месопотамский. Его гражданская должность называлась «хранитель пурпурных чернил императора», благодаря которой к нему прислушивался император. На этих личных отношениях он основал свою власть, сочетая ловкость и хитрость с реальными управленческими способностями. Ему даже удалось изолировать императора от влияния других людей: выход Исаака из военных кампаний в 1193 и 1194 гг., возможно, связан с вступлением в должность Месопотамского. Как бы ни была велика власть Кастамонита, власть его преемника (если верить Никите Хониату) превзошла ее. Благодаря в основном этим двум министрам придворной знати не удавалось влиять на Исаака.
Еще одной важной персоной в администрации Исаака был Димитрий Торник, карьерный путь которого был весьма разнообразным. При Андронике I его чуть не убила толпа за то, что осмелился возражать императору. При восшествии на престол Исаака он стал чиновником казначейства и на короткое время даже логофетом казначейства. Но приблизительно в 1188 г. он потерял все свои должности, о чем сильно сокрушался его друг Михаил Хониат. Однако к сентябрю 1191 г. (вслед за Василием Каматиром [не бывшим патриархом, а его тезкой], Иоанном Дука Каматиром и Константином Торником) Димитрий стал логофетом дрома – пост, который он занимал все оставшееся время правления Исаака. Отличившись в ряде успешных переговоров, Димитрий, вероятно, нес ответственность за более реалистичный курс имперской политики, который был взят в 1191 г. и завершился ликвидацией разрыва отношений, последовавшего за геноцидом латинян. В длинном списке других управленцев при Исааке Ангеле значится много имен, но лишь малая их часть достойна упоминания. Димитрий Дримис, который правил Элладой при Андронике I, продолжил служить государству, но на относительно малой должности судьи велума и протасикрита (начальник императорской канцелярии. –
Посланцы императора за границей были разнообразными: от чиновников, стоявших на вершине служебной лестницы, до латинян, проживающих в империи или просто путешествующих по ней. Для важных переговоров с Барбароссой перед Третьим крестовым походом в Нюрнберг поехал сам логофет дрома Иоанн Каматир Дука. Еще до того, как Константин Месопотамский достиг сколько-нибудь реальной власти, он был отправлен посланником в Геную, где поставил своего хозяина в неловкое положение, выйдя за границы своего поручения. В 1195 г. эпарх Константинополя Евматий Филокал был послан на Сицилию, чтобы задобрить Генриха VI. На другом конце этой шкалы находятся такие личности, как вассальный рыцарь империи Пипино Пизанец и брат Хью Испанец, которые в 1192 г. вместе с не названным по имени византийским чиновником выступали в роли посланников на Кипре. Якоб Пизанец, Питер Англичанин и Петр Пандоло из Генуи возили сообщения соответственно в Пизу, Геную и Венецию.