Из всего сказанного вовсе не следует, что в рассматриваемый период магия и наука противостояли друг другу. Современная наука — ее образ, представленный Галилеем и укрепленный Ньютоном, — результат научной революции, в ходе которой, по мере того как набирает силу новая форма знания — современная наука, старая форма знания — магия — постепенно отделяется и порицается как псевдонаука и ложное знание. Неоплатоновская философия, герметизм, каббалистическая традиция, магия, астрология и алхимия, с одной стороны, и эмпирические теории и новые идеи знаний, которые прокладывают себе дорогу в этой культурной среде — с другой имеют такую связь, узлы которой развязываются медленно и с трудом. Идеи неоплатонизма лежат в основе революции в области астрономии, а магико-герметическая мысль оказала существенное влияние на выдающихся представителей научной революции. Коперник был не только астрономом, но и занимался медициной, используя теорию влияния звезд. И невозможно отделить Коперника-медика и астролога от Коперника-астронома, действовавшего как истинный ученый. Отстаивая центральное положение Солнца во Вселенной, Коперник прибегает к авторитету Гермеса Трисмегиста, который называет Солнце «видимым Богом». В свою очередь Кеплер прекрасно знал Corpus Hermeticum;
значительная часть труда ученого компилировала теорию эфемеридов. Перед второй женитьбой он не только прислушался к советам друзей, но и предварительно сверился со звездами. Его идея гармонии сфер пронизана неопифагорейским мистицизмом. В работе «Космографическая тайна» по поводу своего исследования «Числа, протяжения и периоды сфер» он пишет: «Удивительная гармония Солнца, неподвижных звезд и пространства, которые соответствуют Троице: Бога Отца, Бога Сына и Святого Духа — воодушевила меня на эту попытку». Учитель Кеплера Тихо Браге был убежден в том, что звезды оказывают влияние на ход вещей и на события человеческой жизни; как провозвестие мира и богатства он воспринимает появление новой звезды в 1572 г. Гороскопы Кеплера пользовались большой популярностью; Галилей также должен был составлять гороскопы для двора Медичи. Уильям Гарвей — ученый, открывший кровообращение, — во «Вступлении» к своему большому труду «О движении сердца» с жаром опровергает идею существования духов, которые руководят деятельностью организма («Обычно случается, что, когда глупые и невежественные люди не знают, как объяснить тот или иной факт, они тут же обращаются к духам, считая их причиной и творцами всего и выводя на сцену в заключение всех странных историй, как Deus ex machina у рифмоплетов»). Но в то же время, в подражание солярной концепции неоплатоновской и герметической традиции, пишет, что «сердце может... быть названо основой жизни и Солнцем микрокосма, подобно тому, как Солнце может быть названо сердцем мира». Герметизм и алхимия получили отражение и в размышлениях Ньютона.