Вторым пунктом программы было стремление определить границы Церкви путем произнесения исповедания веры, чтобы было ясно видно, кто хочет быть в согласии с Евангелием, а кто с папой. Эта мера, прибавляли составители проекта, применяется только в начале, потому что еще не определилось, кто какого учения держится, а между тем в нем заключается начало Церкви.
Третий пункт программы касался средства духовного воспитания Церкви, а именно – христианского обучения юношества по краткому и общедоступному наставлению в вере христианской.
Для организации реформатского богослужения вводилось пение псалмов.
Таков план, с которым Кальвин приступил к созиданию христианского общества. Женевский совет принял в январе 1537 г. вышеозначенную программу с незначительными изменениями, например с заменой ежемесячного совершения Евхаристии совершением ее четыре раза в год.
Вскоре вышло в свет на латинском и французском языках «Краткое изложение веры», или катехизис Кальвина, очень близкое по содержанию к «Наставлению» и представлявшее резюме этого догматического труда. Первоначальное «Краткое исповедание веры» предназначалось для детей, но оно было слишком пространным и оказалось пригодным только для учителей. В связи с этим появилось «Исповедание веры», составленное как простое извлечение из катехизиса, возможно, даже не самим Кальвином, и предназначенное для обучения юношества.
Требование от населения исповедания веры или присяги было встречено населением недоброжелательно. Появились партии «присяжников» и «неприсяжников», а вместе с ними и церковный раскол. Многие тяготились строгой дисциплиной, тем более что адептами ее были чужеземцы – французы Фарель, Кальвин и Коро. Против поддержавшей Кальвина партии образовалась сильная оппозиция. На выборах 1538 г. она взяла верх, и магистрат стал жестоко осуществлять свое право надзора над церковными делами и контроля над проповедниками. Когда последние пытались критиковать действие власти, им было приказано «не вмешиваться в политику и проповедовать Евангелие, как повелел Бог». Отношения становились все более натянутыми, и весной 1538 г. дело дошло до открытого разрыва.
Поводом к нему послужило желание Берна, которому Женева обязана своей независимостью и своим протестантством, навязать свои обряды, особенность которых заключалась в том, что они не были резко радикальными в разрушении старого культа и удержали кое-какие остатки последнего: употребление купелей, опресноки, праздничные наряды для невест и соблюдение, кроме воскресных дней, четырех праздников: Рождества Христова, Пасхи, Вознесения и Пятидесятницы. Великий Совет постановил соблюдать бернские обряды, чем страшно были возмущены Кальвин и Фарель. Перед Пасхой совет потребовал, чтобы Евхаристия в этот день совершалась на опресноках. Проповедники отказались. Им запретили проповедь и заявили, что вместо них найдут других. Кальвин и Фарель, не обращая внимание на запрещение, говорили в Пасху проповеди, а причащать отказались совсем, по какому бы то ни было обряду, ввиду возбужденного состояния народа и смуты. Великий совет приказал им оставить город в течение трех дней. Так прервана была в самом начале реформаторская деятельность Кальвина. Он стал жертвой столкновения двух систем церковно-государственного управления – цвинглианской, состоявшей в полной зависимости Церкви от государства, и своей, отстаивавшей самостоятельность церковного управления. Его позиция ослаблялась тем, что принцип верховенства государства признавал и он, пока власть действовала согласно его желаниям. По своей неопытности в политических делах он не сумел смягчить или предотвратить конфликт.
После кратковременного пребывания в Берне и безуспешных попыток примириться с женевскими протестантами при сохранении своих прежних позиций Кальвин по приглашению Буцера поселился в Страсбурге, где руководил небольшой общиной французских беженцев, которую в скором времени довел до высшей степени благоустройства, не будучи стесняем в своих действиях немецкими властями. Здесь он ближе познакомился с немецкой Реформацией и сам, как член общей протестантской семьи, принимает близкое участие в церковных делах лютеран, присутствуя на их съездах, диспутах, конференциях, что значительно расширило его церковный кругозор. Он близко к сердцу принимал гонения, воздвигаемые королем на французских протестантов, и пытался использовать связи с немецкими князьями для прекращения гонения. В этот период времени он завязал дружеские отношения с Меланхтоном, который чувствовал к суровому женевскому реформатору большую привязанность; успел он здесь заслужить и похвалу самого Лютера своим трактатом об Евхаристии. В Страсбурге Кальвин женился на Иделетте Бюр, вдове обращенного им анабаптиста.