Между тем в Женеве за это время, когда Кальвин стал уже забывать нанесенные ему оскорбления, произошел переворот в настроении жителей. После изгнания женевского реформатора гражданская власть совершенно свободно распоряжалась церковными делами, не встречая ни малейшего сопротивления со стороны угодливых пасторов, преемников Кальвина. Но скоро почувствовались и результаты удаления такого организаторского таланта, каким обладал Кальвин. Дисциплина упала, и весь церковный порядок без энергичного руководителя ослабел, потому что проповедники не пользовались уважением народа. Что важнее всего, Женева почувствовала, что без Кальвина упала ее репутация в глазах остального протестантского мира. Деятельность Кальвина уже успела привлечь широкое внимание к великому протестантскому вождю. В Малом совете взяла верх партия сторонников Кальвина, поставившая целью устроение церковных дел. Нужда в способном деятеле тотчас же почувствовалась. И вот среди почитателей Кальвина возникает мысль пригласить его снова, чтобы привести в порядок церковную жизнь, – мысль, постепенно приобретшая себе сторонников. В Страсбург было отправлено посольство с этой целью. Кальвин, уже привыкший к новому месту деятельности, не хотел возвращаться в город, о котором сохранил горькие воспоминания. Но уступая убеждениям Буцера и Фареля, которые опять сумели внушить ему, что это голос Божий призывает его на служение и что преступно, подобно Ионе, бежать от него, причем между прочим поставили ему на вид, что, утвердив Церковь в Женеве, он сможет оттуда оказывать влияние на протестантов Франции и Голландии, почему особенно важно устроить в таком центральном месте образцовую общину.
В сентябре 1541 г. Кальвин въехал в Женеву и на этот раз не расставался с ней до конца жизни, целиком посвятив себя работе над созиданием ее духовного и отчасти материального благосостояния. Он остался непоколебимым в своих убеждениях и, как и в первый раз, начал свою деятельность опять с введения церковной дисциплины, при каковом условии только и согласился на возвращение. Кальвин опять позаботился о том, чтобы был выработан план церковного устройства, который хотел положить в основу своей работы, на этот раз план очень обстоятельный, разработанный с учетом предыдущего опыта. Для составления проекта плана Совет назначил комиссию из шести членов, которые должны были заняться этим делом вместе с Кальвином и другими проповедниками. Затем проект рассматривался и подвергался изменениям последовательно в Малом совете, Великом совете и на общем собрании. Если Кальвин остался верен себе в своих главных требованиях – в защите самостоятельности Церкви, то и Совет также настойчиво старался оградить свои права, свой контроль и влияние в Церкви и в этом смысле изменял проект устава, нередко очень значительно ограничивая самостоятельность церковных учреждений. 20 ноября 1541 г. ордонансы были утверждены общим собранием граждан и легли в основу церковной работы Кальвина во второй период его пребывания в Женеве. Главная цель этого подробного и разработанного устава осталась та же, что и в первоначальном кратком плане, – в артиклях, а именно, обеспечить для Церкви известную самостоятельность и самоуправление, в отличие от установившейся системы, пользуясь в то же время помощью государства, и провести в жизнь дисциплину, которая помогла бы Церкви выполнить ее главную цель – укрепление правого учения и правой жизни.