Советская контрразведка арестовала Пеньковского 22 октября 1962 года в день апогея Карибского кризиса и начала блокады Кубы. А спустя 3 месяца — 2 февраля — даже не дожидаясь завершения следствия, Серов был снят с поста начальника ГРУ. «За потерю политической бдительности и недостойные поступки» он будет понижен на 3 звания — до генерал-майора — и лишен звезды Героя Советского Союза. Уже в апреле его выставят вон из Москвы. В 1965-м — исключат из партии, по болезни уволят из армии…
Из-за дела Пеньковского пострадал не один Серов. Вместе с ним был наказан и главком ракетных войск и артиллерии главный маршал артиллерии Сергей Варенцов. Так же, как и Серова, его сняли с должности, разжаловали в генерал-майоры, отобрали звезду Героя. Наказание — равнозначное, а вот — вина?..
Грехи Варенцова сомнения как раз не вызывают: Пеньковский был на фронте его адъютантом, до последнего дня пользовался поддержкой и покровительством. Именно Варенцову он обязан всей послевоенной карьерой, в том числе службой в ГРУ.
Ровно те же претензии пытаются предъявлять и генералу Серову. Они фигурируют и в материалах партийных проверок, и в тысячах публикаций о деле Пеньковского: якобы Серов восстановил предателя на службе, всячески продвигал и чуть ли не дружил домами. Во многих исследованиях и источниках упоминается даже совместный вояж Пеньковского с женой и дочерью Серова в Лондон, где полковник днями любезно выгуливал дам по Пикадилли, а вечерами спешил на явку к кураторам из МИ-6 и ЦРУ.
В своих записях и бумагах, однако, сам Серов полностью опровергает эти обвинения, давно уже обретшие форму исторического факта. Он не только отрицает какую-либо связь с Пеньковским, но и, вообще, утверждает, что своего подчиненного видел только мельком. Что же до совместного лондонского вояжа, то Серов объясняет и это и множество других странностей очень просто: по его версии, Пеньковский был агентом КГБ, подставленным англичанам и американцам.
Пеньковского не зря именовали супершпионом: с его помощью убивалось сразу несколько зайцев. Во-первых, дезинформация ЦРУ и МИ-6, что в условиях Карибского кризиса имело огромное значение. А во-вторых, дискредитация Серова, чьи влиятельные противники давно искали повода для его устранения.