Коттон, как известно, был оправдан и не вскоре лишился начальства, но потом переменен был, и место его заступил вице-адмирал Берклей; только лорды Адмиралтейства от 17 сентября н. с., вероятно, прежде его оправдания, дали ему на замечание, что по заключенной уже капитуляции не должно было ему подписывать две дополнительные статьи.
Вследствие Лиссабонского договора экипажи с кораблей «Ярослава» и «Рафаила» размещены были на прочие корабли. При съезде капитанов флаги и вымпелы были спущены с должной почестью. Для сдачи сих двух кораблей оставлены были содержатели материалов и ревизор с 30 человеками матросов. 31 августа российская эскадра оставила Лиссабон. На кораблях наших, проходя корабль английского адмирала, ставили людей по вантам, равномерно, и английские корабли отдавали такую же почесть нашему адмиралу. При устье Таго английская эскадра, бывшая под начальством контр-адмирала Тиллера и состоявшая из 7 кораблей, 2 фрегатов и 1 брига, соединилась с нами и построилась под ветром нашей эскадры в линию. В продолжение плавания на эскадре Сенявина развевал императорский флаг; английский адмирал уступал Сенявину старшинство и отдавал ему почести первый. 26 сентября, лавируя и подходя к Портсмуту, на кораблях наших подняли флаги. Эскадра Тиллера сделала то же; но на английских кораблях, стоявших на рейде, и на крепостях флаги спустили. На другой день поутру, следуя кораблю адмирала Монтегю, главного командира Портсмутского порта, и на нашей эскадре вместе с английскими кораблями подняты были флаги при барабанном бое. Необыкновенное зрелище видеть неприятельский флаг развевающим в своем порте не понравилось гордому английскому народу. Морские офицеры таковое уважение российскому флагу почитали уничижением могущества британского на морях. Правительство, дабы не раздражить народа, не публиковало последних статей, составляющих дополнительные пункты соглашения; но когда в Лондоне узнали о прибытии в Порт смут российской эскадры под своим флагом, то одни тому не верили, другие спешили видеть явление, какого никогда не бывало. Разглашение о сем и огорчительные толки произвели явный ропот, и король, по дошедшим ко нему неприятным слухам, чрез министра морских сил прислал Сенявину следующую ноту:
«Адмирал Коттон, по заключении первых двух статей Лиссабонского договора, не имел права подписывать две дополнительные к оному статьи. Его Британское Величество не признает двух сих статей действительными и не может позволить, чтобы в его гавани развевал неприятельский флаг; почему российская эскадра долженствует снять свои флаги и вместо оных, до отъезда в Россию, имеющего в скором времени последовать, никаких не поднимать. Ваше превосходительство приглашаетесь приехать в Лондон, капитаны же ваши имеют позволение сойти на берег или жить на кораблях до возвращения в Россию.
Сенявин не мог не догадаться, что правительство английское, отринув часть договора, имеет в виду воспользоваться самомалейшим его упорством и чрез то получить причину к уничтожению и всех статей оного; почему и отвечал лорду Мульграву в следующих выражениях: