Глиэр вернулся в Москву в 1920 году и сразу активно приступил к преподавательской деятельности. Он выполнял обязанности профессора по классу композиции в Московской консерватории и Гнесинском училище. В Москве развернулась многосторонняя просветительская деятельность Глиэра. Он возглавил организацию общедоступных концертов, взял шефство над детской колонией, где учил воспитанников хоровому пению, устраивал с ними спектакли или просто рассказывал сказки, импровизируя на рояле. Одновременно в течение ряда лет Глиэр руководил студенческими хоровыми кружками в Коммунистическом университете трудящихся Востока, что принесло ему как композитору немало ярких впечатлений. Педагогом он был замечательным — его обожали такие разные ученики, как А. Давиденко, А. Новиков, Н.Раков, Л. Книппер, Л. Половинкин, А. Хачатурян, Б. Александров, Н. Иванов — Радкевич, З. Компанеец, Г. Литинский, А. Мосолов. «Как-то так выходит», — писал Прокофьев, — «что кого из композиторов ни спросишь, он оказывается учеником Глиэра — или прямым, или внучатым».
Значительны заслуги Глиэра в формировании советского балета. Выдающимся событием советского искусства явился балет «Красный мак», поставленный в Большом театре в 1927 г. Это был первый советский балет на современную тему, рассказывающий о дружбе советского и китайского народов. Другим значительным произведением в этом жанре стал балет «Медный всадник» по поэме А. Пушкина, поставленный в 1949 г. в Ленинграде.
В 1923 г. Глиэр получил приглашение Наркомпроса Азербайджана приехать в Баку и написать оперу на национальный сюжет. Творческим итогом этой поездки стала опера «Шахсенем». Именно тогда замечательный поэт Серебряного века Вяч. Иванов, живший в то время в Баку, написал:
Глиэр! Семь роз моих фарсийских,
Семь одалиск моих садов,
Волшебств владыка мусикийских
Ты превратил в семь соловьев.
А ныне трели тар-алмей
И хроматические слезы
Ты в гармонические розы
Преображаешь, чародей!
Велик вклад Глиэра и в становление профессиональной музыкальной культуры Узбекистана. Итогом стали оперы «Лейли и Меджнун» и «Гюльсара», а также увертюра «Ферганский праздник». Вообще, идея о необходимости сохранять своеобразие национальных традиций, искать пути их слияния, нашла свое воплощение в «Торжественной увертюре» (1937), построенной на русской, украинской, азербайджанской, узбекской мелодиях, в увертюрах «На славянские народные темы» и «Дружба народов».
В 1938 году Глиэр возглавил Союз советских композиторов. Рейнгольд Морицевич был очень отзывчивым человеком. На этом посту он помог многим, но особенно помог своему ученику и коллеге Александру Мосолову, который за неосмотрительное высказывание был осуждён и попал в лагерь. Глиэр употребил все свои связи, прошёл много инстанций и добился освобождения Мосолова.
Во второй половине 30-х годов Глиэр впервые обратился к жанру концерта. В его концертах для арфы, для виолончели, для валторны широко трактуются лирические возможности солиста и вместе с тем сохраняется присущая жанру виртуозность и праздничное воодушевление. Но истинным шедевром является Концерт для голоса (колоратурное сопрано) с оркестром — самое искреннее, задушевное и обаятельное сочинение композитора. Оно было написано уже в годы Великой Отечественной.
В военные годы тяжелейших испытаний Глиэр продолжал много работать. Когда композитор сочинял свои произведения, он настолько погружался в работу, что не мог от неё оторваться. Во время вражеских налётов все бежали в бомбоубежище, а он всегда оставался дома, продолжая сочинять свои произведения.
После войны образ жизни Глиэра фактически не изменился: он так же много сочинял и концертировал. Последнее выступление композитора состоялась в Доме учителя 30 мая 1956 года, а менее чем через месяц, 23 июня, выдающийся маэстро ушёл из жизни. Он похоронен рядом с женой, скончавшейся на шесть лет позднее, на Новодевичьем кладбище.
При жизни Глиэра называли счастливчиком, баловнем судьбы. Его музыка постоянно звучала, а сам он был обласкан и любим многими. В наше время положение круто изменилось. Исполняются его немногие произведения — периодически звучит «Концерт для голоса», ставится балет «Медный всадник» (последняя постановка в 2016 в Мариинском). В 2010 году в Римской опере был поставлен «Красный мак». Постоянно имеют дело с музыкой Глиэра ученики музыкальных школ, играющие его детские пьесы. Вот, пожалуй, и всё.
Впрочем, нет. Одно произведение Глиэра стало поистине культовым. Это «Гимн великому городу» из балета «Медный всадник», утвержденный в 2003 году (на слова петербургского поэта Олега Чупрова) в качестве официального гимна нашей северной столицы.