У Зинина были все основания ревновать своего ученика. Николай Николаевич предоставил в пользование Бородина академическую лабораторию, куда допускались лишь немногие. Но заходя в лабораторию, Зинин все чаще убеждался, что Александра нет на месте. Бородин с виолончелью на спине и флейтой в руках в это время шагал пешком через весь город — с Выборгской стороны в Коломну, чтобы на квартире у своего приятеля Миши Щиглева поиграть ансамбли — трио, квартеты. Щиглев вспоминает, как однажды ночью, в кромешной мгле они возвращались после такого музыкального вечера у общего знакомого. Бородин оступился и полетел в подвал лавки. Друг забеспокоился, но неожиданно из подвала раздались звуки флейты — это Бородин проверял, не сломал ли он при падении инструмент.
К годам учебы относятся и первые серьезные произведения, созданные Бородиным: несколько романсов, камерных ансамблей, фортепианных пьес.
Один из бородинских шедевров — романс «Для берегов отчизны дальной». Мое мнение — такого проникновения в пушкинские стихи — голова в голову, не достиг ни один композитор.
Своим чередом шли и занятия наукой. Еще в студенческие годы Зинин сделал Бородина своим ассистентом. В это время Александр Порфирьевич выдвинул несколько интересных идей, связанных с органической химией. Правда, идеи в академии выдвигались самые разные. Во время эпидемии холеры, например, в академию было представлено сочинение, в котором доказывалось, что холеру вызвали, с одной стороны, политические события в Европе, а с другой — влияние на нервную систему людей какого-то необычного сочетания Луны и Марса. Читатель, вам это ничего не напоминает?
Кроме занятий химией, Бородин очень основательно изучал медицину. По окончании академии в марте 1856 года он начал работать врачом-ординатором Второго военно-сухопутного госпиталя. В марте 1858-го стал доктором медицинских наук, защитив диссертацию с темой на стыке химии и медицины — «Об аналогии мышьяковой кислоты с фосфорною в химическом и токсикологическом отношениях». Лето того же года Бородин провёл в Солигаличе Костромской губернии, где изучал состав минеральных вод местной водолечебницы. Результаты изучения, опубликованные им в 1859 году в газете «Московские ведомости», а затем переизданные в виде отдельной книги, послужили открытию лечебного курорта, который существует поныне.
В октябре 1856 г. Бородин впервые встретился с Мусоргским, который был шестью годами моложе. Вот как он сам об этом рассказывает:
Не правда ли, мало напоминает знакомый нам портрет Мусоргского.