Во время противостояния с тестем Василий Дмитриевич, видимо, не прислушивался к советам жены. Он сошелся с Владимиром Андреевичем Серпуховским и по рекомендации его жены взял на службу ее брата, литовского князя Свидригайло Ольгердовича. Тот обещал помощь в борьбе с Витовтом. Заранее благодарный Василий Дмитриевич дал ему для кормления Владимир и ряд других крупных городов. Однако Свидригайло не оправдал надежд великого князя.
После трехлетней борьбы Василия I и Витовта, изрядно утомившей обе стороны, Едигей решил нанести удар по Москве. Коварство его замысла состояло в том, что московскому князю он сказал, будто идет воевать с Литвой для отмщения за его обиды. Сам же вторгся на русскую территорию и быстрыми темпами направился в столице.
Василий Дмитриевич слишком поздно узнал об ордынском набеге. Вместе с Софьей Витовтовной и детьми он был вынужден бежать в Кострому, а Москву остался охранять Владимир Андреевич Серпуховской, старый и опытный полководец, закаленный в совместных походах с Дмитрием Донским. Он надеялся также на помощь шурина, Свидригайло Ольгердовича, находившегося во Владимире.
После отъезда великокняжеской семьи в столице началась паника. Многие горожане, бросив свое имущество, отправились вслед за государем. До их добра тут же нашлись охотники. Паника и отчаяние охватили многих. Владимир Андреевич как мог старался навести порядок и приготовился к обороне.
По приказу князя вокруг Кремля были сожжены все строения. Разросшийся посад горел как свеча, усиливая всеобщее смятение.
Первые полки ордынцев появились к вечеру одной из пятниц декабря 1408 года. Увидев, что никто с ними не воюет, они стали грабить окрестные села и города. Сначала были взяты Переяславль, Ростов, потом Нижний Новгород, Городец и другие богатые торговые города. Ордынцам помогали литовцы во главе со Свидригайло, решившие «под шумок» обогатиться.
Много простых русских людей было посечено, взято в плен, оставшиеся замерзли в лесах, где они пытались спрятаться от безжалостного врага.
20 дней Едигей безрезультатно осаждал Москву. На помощь ему никто не пришел, хотя он рассчитывал на подвоз стенобитных орудий из Твери. Очевидно, время распрей и междоусобиц среди русских князей миновало, все признавали старшинство московского князя и содействовать его врагам не желали.
Видя, что взять каменную, хорошо укрепленную крепость не удастся, Едигей вступил в переговоры с москвичами. За мир он запросил три тысячи серебряных монет. Уже давно пребывавшие в смертельном страхе горожане с радостью заплатили выкуп.
Возвращение великокняженской семьи оказалось не столь печальным, как после набега Тохтамыша. Конечно, по дороге из Костромы встречалось много разоренных и сожженных городов и сел, но столица уцелела. Княжеский дом был невредим, казна почти не опустела, соборы по-прежнему сияли белизной и красотой.
Набег Едигея показал Василию Дмитриевичу, что с родственниками надо жить в мире и дружбе, а распри внутри семьи лишь на руку врагам. Вновь он стал прислушиваться к советам жены, а не посторонних «доброхотов». Свидригайло было предложено покинуть русские земли, и тот на пути в Литву разграбил Серпухов, где жила его сестра и племянники. Владимир Андреевич не смог защитить свои владения — после обороны Москвы он тяжело заболел и умер.
Софье Витовтовне вновь была поручена роль главного дипломата. Съездив в Смоленск, она и на этот раз помирила отца с мужем.
После смерти Киприана Русская Церковь несколько лет вдовствовала. Только в 1410 году из Константинополя прибыл новый митрополит Фотий, которого ожидало глубокое разочарование — казна и все имущество Церкви были разграблены. Этот год оказался трудным для многих. Из-за неурожая на рынках возникла страшная дороговизна. Немало людей голодало...
Когда Софье Витовтовне было уже за сорок, она вдруг почувствовала, что скоро станет матерью. Великокняжеская семья восприняла это известие как приятный подарок. Старшие дети стали совсем взрослыми, наследнику Ивану было больше двадцати лет, и он во всех делах помогал отцу. Дочь Анна вышла замуж за византийского императора Иоанна VIII Палеолога (правда, в 1417 году она умрет во время эпидемии, не оставив наследника); Анастасия — за киевского князя Александра, Василиса — за суздальского князя Александра Ивановича, Мария — за литовского князя Юрия Патрикеевича, служившего в Москве. Будущий ребенок становился главной отрадой стареющих родителей. Летописцы подробно рассказали о его появлении на свет.