Уже летом 1439 года казанский хан решил продемонстрировать свою силу и с большим войском направился к Москве. Василий II слишком поздно узнал о новом грозном противнике. Никто не пришел к нему на помощь, и он был вынужден с семьей бежать за Волгу в ту же Кострому. Столицу остался охранять Юрий Патрикеевич.
Престарелая Софья Витовтовна вновь пустилась в дальний путь, но о своей физической немощи она не думала. Следовало заботиться о двухлетнем внуке и невестке, которая снова ждала ребенка. Именно в них заключалось будущее семьи и надежда, что род не пресечется.
Десять дней казанцы разоряли окрестности столицы и даже сожгли Коломну, но Москву взять не смогли. Нагруженные богатой добычей, они вернулись домой. С этого времени казанские ханы стали совершать грабительские набеги на русские земли и на купцов, торгующих с восточными странами.
Вскоре великокняжеская семья вернулась домой. Вновь и вновь Софья Витовтовна молила Бога ниспослать мир на русские земли и дать ее семье успокоение. Теперь это оставалось ее единственной просьбой. Но была ли она услышана?
22 января 1440 года Мария Ярославна родила еще одного сына — Ивана, которому предстояло в будущем стать «государем всея Руси». В том же году первенец Юрий умер от какой-то болезни.
По сложившейся традиции игумен Троице-Сергиева монастыря Зиновий стал крестным отцом Ивана. Там его, как прежде и других великокняжеских сыновей, положили на раку святого Сергия и благословили.
И пяти лет не наслаждалась Софья Витовтовна мирной и относительно спокойной жизнью. В ее возрасте уже давно следовало думать о вечном и заботиться о спасении души. По примеру прежних вдов великих князей ей наверняка хотелось заняться церковным строительством, благотворительностью, поездить с богомольем по монастырям. Но сделать все это ей было не суждено.
В 1444 году казанцы вновь напали на нижегородские и муромские земли и начали их нещадно грабить. Возмужавший и набравшийся военного опыта Василий II решил сам повести полки и наказать врагов. Сперва успех был на его стороне. Удалось отогнать казанцев и отнять у них пленников и добычу. Утомленное войско расположилось для отдыха у стен Спасо-Евфимиевского монастыря в Суздале. Вместе с великим князем воины хорошо подкрепились, отоспались и расслабились. Весть о том. что казанцы уже переправились через Нерль и движутся к Суздалю, буквально застала их врасплох.
Василий Васильевич тут же облачился в латы, схватил оружие и выбежал из шатра. Его уже ждали остальные князья и простые воины. Под звуки труб с развернутыми знаменами, на которых были вышиты образы святых, все двинулись навстречу врагу.
Битва состоялась прямо у стен монастыря. Несмотря на численный перевес, а русских воинов было не больше полутора тысяч, казанцы вдруг побежали. Воодушевленные москвичи без всякого строя устремились за врагом, желая завладеть богатой добычей. Однако вскоре оказалось, что бегство — лишь хитрая уловка. Казанцы быстро перестроились и внезапно окружили москвичей. Вырваться удалось очень немногим. Оглушенного сильнейшим ударом Ивана Можайского спасли оруженосцы, Василий Ярославич, брат Марии Ярославны, ускакал. Василий II в число счастливчиков не попал. Он сражался, как лев, был ранен в руку и потерял несколько пальцев, получил много ударов по голове, плечам и груди. Наконец в тяжелейшем состоянии упал с коня и тут же был схвачен врагами.
В Москве известие о пленении великого князя восприняли как удар молнии. Едва оправившись от потрясения, Софья Витовтовна и Мария Ярославна заголосили так, что их рыдания были слышны на главных кремлевских площадях. Вместе с ними запричитала и вся многочисленная дворня. Никто не знал, что делать: ни войска, ни полководцев, способных его возглавить, не было. Казалось, отбить сына и мужа у врагов уже невозможно.
Москвичи, видя горе великих княгинь, также предались унынию. Кто их защитит от врагов, кто будет пастырем и господином? В довершение ко всем несчастьям 14 июля в Кремле внезапно начался пожар. Возможно, любители легкой наживы совершили поджог, чтобы во время всеобщей паники обогатиться. Вскоре жара и сухость, из-за которых огонь распространялся очень быстро, привели к тому, что в городе не осталось ни одного деревянного здания, стояли лишь обугленные остовы каменных церквей. 3000 человек погибли, спасая свое имущество.
Великокняжеская семья оказалась на Воробьевых горах. Взирая на пепелище, Софья, ставшая главой семьи, приняла единственно верное решение — вместе с невесткой и двумя внуками переехать в Ростов (в январе 1441 года Мария Ярославна родила еще одного сына, названного в честь умершего первенца Юрием). Снова жизнь не позволяла ей отдохнуть от Мирских дел и заняться только духовным. В семьдесят лет приходилось думать, как спасти сына, как защитить невестку и малолетних внуков во время стихийного бедствия.