Василий Васильевич ничего пока не знал о московских событиях и спокойно молился у гроба святого Сергия Радонежского. Вдруг церковную тишину нарушил взволнованный голос дворянина Бунко, спешно прискакавшего из столицы: «Княже! Твой дворец захватили враги, Дмитрий Шемяка и Иван Можайский, казна ограблена, великие княгини в плену». Но великий князь не поверил гонцу, решив, что тот умышленно хочет рассорить его с родственниками, и выгнал Бунко. Вскоре он одумался и на всякий случай выставил на московской дороге дозор. А по ней уже приближались к монастырю отряды Ивана Можайского. Издали заметив воинов, они пошли на хитрость — наняли пятьдесят крестьянских саней и спрятались в них под рогожами. Васильевы стражники не обратили внимания на мирный обоз. Только, когда сани поравнялись с ними и рогожи были скинуты, они поняли свою ошибку, но было уже поздно.
Вскоре и сам Василий увидел мчавшихся к монастырю вооруженных всадников. Он бросился на конюшню и хотел ускакать в другую сторону, однако кругом лежали высокие непроходимые снега. Тогда князь решил найти убежище в Троицком соборе, но, услышав знакомый голос друга — Ивана Можайского, вышел к приезжим. Обращаясь к родственнику, Василий Васильевич напомнил ему о том, что они на кресте клялись жить в любви и верности, так что же теперь происходит? Коварный Иван заверил великого князя, что не собирается причинять ему зла и хочет лишь прогнать татар из его окружения. Сам же, пока Василий молился, покинул церковь и приказал слугам схватить великого князя. Так несчастный государь вновь стал пленником своих алчных и властолюбивых родственников. В Москве его бросили в темницу и через несколько дней ослепили. При этом предъявили следующее обвинение: «Слишком любишь татар, даешь им русские города в кормление, осыпаешь неверных серебром христианским, народ изнуряешь податями, ослепил нашего брата Василия Юрьевича». Последнее обвинение и было главным, а вовсе не забота о простых людях. Дмитрий Шемяка не собирался снижать налоги, он хотел лишь положить их в свой карман. Он присвоил великокняжескую казну и разрешил своим приспешникам ограбить московских бояр и выгнать их из Кремля.
Василия Васильевича под стражей отправили в Углич. Сопровождать его позволили только жене, Марии Ярославне, которая вскоре должна была родить и ни для кого не представляла опасности. Больше всего Дмитрий Шемяка ненавидел и боялся Софью Витовтовну. Ее-то и отправили в далекую Чухлому на окраине Галицкого княжества.
Для старой великой княгини это стало последним самым тяжким испытанием. Как она его выдержала, удивительно. Ведь одна лишь поездка в морозную зиму, по бездорожью и снегам в далекую крепостицу могла ее погубить или навсегда подорвать здоровье. Много тяжелее физических страданий были муки душевные: тягостные мысли о страшной участи слепого сына, разлука с близкими, боязнь за судьбу маленьких внуков (в Троице-Сергиевом монастыре Иван и Юрий сумели спрятаться, а потом князья Ря-половские отвезли их в Муром).
Одиночество и бессилие терзали великую княгиню. Ей оставалось только молиться и надеяться на помощь свыше. Вероятно, именно в пору недолгого изгнания Софья Витовтовна стала особенно богомольной. В постоянных обращениях к Богу она находила утешение и спасение от тоски, силы пережить все невзгоды и дождаться победы над врагом.
Совсем недолго наслаждался властью Дмитрий Шемяка. Его злодеяние и самоуправство вызвали возмущение у многих князей, бояр и воевод, не желавших служить под началом узурпатора.
Новый великий князь метался и не знал, как управлять большой державой и не растерять немногих союзников. Сначала Дмитрий Юрьевич решил особо отблагодарить Ивана Можайского и даже отписал ему в удел Суздаль. Потом пришел к мысли, что следует приобрести новых союзников, и, восстановив самостоятельность Суздальско-Нижегородского княжества, отдал его потомкам Дмитрия Константиновича. Себя он провозгласил не государем, а лишь старейшим великим князем среди остальных князей.
Многим русским людям, мечтавшим о возрождении единого Русского государства, действия Дмитрия Шемяки показались бессмысленными и даже вредными. Особенно страдал от правления Юрьевича простой народ, пытавшийся найти в Москве закон и справедливость. Именно в этой среде появилась поговорка о Шемякином суде, дошедшая до наших дней. Она свидетельствовала о том, что новый великий князь творил самоуправство, отвергал законы и был совершенно неспособен управлять страной. Более того, своей жестокостью и бесчестием он умудрился настроить против себя знать и духовенство. Произошло это так.
Дмитрию Шемяке не понравилось, что маленьким племянникам удалось укрыться в Муроме. Идти войной на этот город было опасно, поскольку рядом находился казанский хан, поддерживавший Василия Васильевича. Тогда коварный дядюшка решил выманить княжичей с помощью авторитетного посредника.