Однако между имперской централизацией конца XVIII века и государственной централизацией конца XIX века прошел длинный промежуток времени. Установление унитарного правления в новых государствах было медленным и зачастую кровопролитным процессом. Пророк независимости Боливар не предвидел этого. На самом деле в своем полном разочарования прощальном слове при отказе от поста президента Великой Колумбии он предсказал будущее, в котором мелкие тираны «всех рас и цветов кожи» будут делить между собой континент. Хаос, сопровождавший первые три или четыре десятилетия независимости, возник не только из-за личного соперничества, местного сопротивления центральной власти, но и из-за неопределенности территориальных границ новых государств. На севере Южной Америки местные симпатии сосредоточились вокруг личностей заместителей Боливара, которые поделили между собой его Великую Колумбию. Объединенные провинции Центральной Америки, образовавшиеся в 1823 году под главенством Гватемалы, распались в 1838 году. В бассейне Ла-Платы споры по поводу государственных границ привели к многолетней войне между правительствами-преемниками. И лишь в 1830-х годах большинство государств, уже просто устав от распрей, все же вернулись в целом к старым колониальным границам – по принципу, неизвестному тогда в международном праве, uti possidetis
(поскольку владеете). Территории, которые стали национальными государствами и попытались применить этот принцип при решении споров между собой, были во многих случаях такими большими, что национальные чувства их жителей формировались очень медленно. Старые имперские провинции, разумеется, остро сознавали свое раздельное существование; но ощущение того, что ты отличаешься и, быть может, враждебен людям соседней провинции, не обязательно означает чувство единства и преданности своей провинции. Более того, некоторые государства-преемники включили в свой состав ряд различных провинций, связи с которыми в колониальные времена были условными. Их государственность не была неизбежной, ей нужно было научиться. Действительно, чувство принадлежности к государству во многих странах было следствием, а не причиной эффективного унитарного правления и полностью сформировалось лишь в конце XIX века. Именно тогда исторические книги стали писать для того, чтобы прославить национальное прошлое, поддержать культ национальных героев, а статуи освободителей начали ставить по всему континенту на местах, ранее занятых rollo и quemadero (средневековое религиозное сооружение для сожжения еретиков).Одной из наиболее трудноразрешимых проблем, вставших перед политическими лидерами 1820-х годов, пытавшихся добиться национального единства и порядка в провинциях, была позиция церкви. Трудности возникли из-за взаимопроникновения церкви и государства в Индиях под властью короны на протяжении трех веков имперского правления. При Габсбургах представители духовенства были незаменимыми представителями королевской власти не только косвенно, посредством их духовного авторитета, но и непосредственно, через их службу в колониальной администрации. Прелаты служили в качестве oidores
, губернаторов, советников по делам Индий и даже были вице-королями. Короли династии Бурбонов постепенно отошли от практики использования священнослужителей как гражданских служащих и разными способами пытались ограничить политическую и экономическую власть духовенства. Временами они поступали заметно сурово с некоторыми представителями церкви, особенно с монашескими орденами, доходя в случае с иезуитами до преследований и изгнания. С другой стороны, они в полной мере оценили огромную важность церкви и в плане ее духовной поддержки своей власти в Индиях, и в качестве жизненно важного инструмента поддержания общественного порядка. Духовенство играло соответствующую роль. В конце XVIII века церковь в Индиях за малым исключением была покладистой и почтительной, лишенной рвения, свойственного сторонникам абсолютного авторитета папы римского, больше известной соблюдением внешних приличий, чем силой и интенсивностью своей духовной жизни.