Все свои сочинения Гольбах издавал анонимно, тщательно конспирируя даже в отношении своих ближайших друзей. Обычно Гольбах переправлял свои трактаты (через Нэжона или через какого-нибудь иного испытанного человека) в Голландию к Марку-Михаилу Рею, который и печатал их либо без имени, либо под именем Мирабо, Бернье, покойного Фрере и так далее. Наиболее близкие единомышленники, разумеется, догадывались об истинном авторе этих ниспровергательных сочинений. «Многие из нас, – говорит Морелле, – знали с полной уверенностью, что эти труды исходят от барона, так как мы обнаруживали в них его идеи и его манеру речи. Я могу утверждать это по крайней мере относительно Мармонтеля, Гельвеция, Рейналя, Дареэ, Ру, Сен-Ламбера и Сюара. Это обнаружилось из наших бесед спустя долгое время после смерти барона. Мы жили всегда вместе, и до смерти барона никто из нас не делился своими догадками с другими, хотя каждый из нас знал, что секрет авторства известен им не меньше, чем ему». Конспирация Гольбаха имела достаточно веские основания. Хотя некоторые коронованные представители «просвещенного абсолютизма» заигрывали с вольнодумцами XVIII в. (сам Гольбах был избран членом академий Петербурга, Маннгейма и Берлина), однако реакция, возглавляемая церковниками, бешено травила наиболее ярких и непримиримых атеистов, не останавливаясь перед заключением строптивых авторов в тюрьму и сожжением их сочинений рукой палача. Дидро пришлось отведать прелестей Бастилии, Энциклопедия была 3 декабря 1759 г. осуждена папской буллой, а какие неприятности ожидали Гольбаха в случае, если бы его авторство оказалось разоблаченным, показывает судьба его «Системы природы».
Едва лишь «Система природы», опубликованная в 1770 г. в Амстердаме, прибыла в Париж, как Парижский парламент счел необходимым принять меры к изъятию этого «разрушительного» сочинения. В заседании его от 18 августа 1770 г. прокурор произнес громовую речь, выразившую отношение реакции к пропаганде атеистического материализма. «Восстала новая секта свободных мыслителей, голос которых гремит от одного края света до другого. Одной рукой они стремятся низвергнуть трон, другой сокрушить алтари. Все эти мнимые философы – открытые враги религии… Служители государства обязаны вступить в союз с духовенством против этой банды… Распространение свободных идей не ограничивается одним Парижем. Вся провинция находится в их власти. Народ был беден, но у него оставалось утешение религии, теперь он изнемогает от труда, но сверх того он обуреваем сомнениями… Автор „Системы природы“ подтачивает основы религии, государства, морали и идеализма. Он в своем отрицании превзошел всех атеистов предшествующих веков, даже Эпикура и Спинозу. Последние высказывали только сомнение в существовании высшего существа, тогда как автор „Системы природы“ без всяких обиняков и со всей решительностью заявляет: никакого бога нет и быть не может… Безбожие ввергает общество в пропасть анархии… Эти люди не успокоятся до тех пор, пока законодательная власть не перейдет в руки толпы, пока они не разрушат необходимого неравенства сословий, не разделят с королем его власть и не подчинят ее капризам слепой толпы. Злоупотребление свободой принесло неисчислимые бедствия Англии, вызвав к жизни множество сект и партий, дух независимости и проклятую революцию. Во Франции это движение вызовет еще более страшные последствия, еще более страшную революцию». После такой речи прокурора «Система природы» была наряду с «Разоблаченным христианством» и другими сочинениями «неизвестного автора» присуждена к сожжению.
Необходимость издавать атеистические работы анонимно привела к тому, что точное установление списка сочинений Гольбаха – дело очень трудное. Ряд книг Гольбаха выпущен под чужим именем. Так, «Священная зараза» издана как якобы перевод английской книги Джона Тренгарда. «Разоблаченное христианство» считалось (и сам Гольбах поддерживал это заблуждение) сочинением Буланже и т. п. С другой стороны, исследователи отвергают подлинность некоторых менее значительных сочинений, приписываемых Гольбаху, а некоторые сочинения считаются спорными. Так, в каталоге Национальной библиотеки в Париже «Поверженный ад», «Критическая проверка мифографов христианской религии», «Рассуждение о евангелиях» числятся произведениями «Гольбаха либо Фрерэ».