Стремительную атаку индейцев удалось отразить сравнительно легко. Тлинкиты потеряли 10 воинов убитыми. Партия лишилась одного коняга и одного чугача, ещё 4 были ранены. Хотя поле боя осталось за ним, Кусков решил перебраться на небольшой островок у побережья, менее уязвимый для огня противника. У него осталось слишком мало пороху для продолжительной перестрелки. При переезде на остров партовщиков-туземцев внезапно охватила паника, перешедшая в позорное бегство. Их отход прикрывали 20 русских промышленника, растянувшиеся редкой линией, но и они вскоре были вынуждены, бросив всё, бежать к своим байдаркам. Не смотря на это эвакуация на островок прошла без потерь. Там, окопавшись, партия выдержала несколько обстрелов приезжавших на каноэ индейцев. В конце концов они расстреляли свои запасы пороха и предложили мир. Кусков согласился и стороны обменялись аманатами: колоши дали двух сыновей своих вождей в замен на двух конягов. Кроме того, было возвращено часть имущества, брошенного в лагере во время бегства. Кусков мог гордиться, обмен был явно в его пользу, а значит и войнушку выиграл он.
Для пополнения запасов партия была вынуждена идти в Якутат, где и была 30 мая. Там Иван Александрович застал большое число колошей, прибывших с юга якобы для торговли и рыбалки. Как выяснилось позже приезжие намеревались напасть на крепость. Однако неожиданное возвращение 900 охотников спутало их планы.
Кусков вскоре узнал о планах нападения и отправил в Михайловскую крепость 2 байдарки с предупреждением, но они прибыли на Ситху 17 июня, когда крепость уже была в осаде.
16 июня ничто не предвещало нападения. Незадолго до того на промысел ушла партия из 96 байдарок во главе с Иваном Урбановым и тремя промышленными. В крепости остались 25 русских, 6 китайских рабочих, около 30 партовщиков и каюров, в большинстве больные, оставленные для работ, а так же женщины и дети. Штурм начался совершенно неожиданно в середине дня. Около 600 воинов одетых в лосиные плащи поверх деревянных доспехов, с лицами, раскрашенными в красный и чёрный цвета, стреляя на бегу из ружей и луков, бросилось к воротам. Тут же по сигналу из-за мыса вылетела флотилия боевых каноэ (по счёту Медведникова 62, значит не менее 1000 воинов). В то же время загорелась казарма, её подожгли две каюрки-колошенки. Но год службы под руководством Пола Джонса не прошли даром. Правитель крепости, Медведников, после смерти адмирала сумел удержать дисциплину на должном уровне. Поэтому часовые оказались на местах, заряженные на картечь пушки в привратных бастионах встретили атакующую волну слаженным залпом, занявшийся было пожар загасили, между делом убив обеих женщин.
Проведя под перекрёстным огнём пушек несколько минут и потеряв около 20 человек большинство индейцев отступило. Те же, кто оказался в мёртвой зоне, прикрываясь непрерывным огнём, старались выбить топорами полотнища ворот. Стрелять вниз было нельзя из-за непрерывного потока стрел и пуль. Бомбы, бутылки и кожаные мешочки, набитые порохом вперемешку со щебёнкой, взрывались бесполезно. Щебёнка застревала в шлемах и куяках хорошо защищённых воинов.
Неокованные железом полотнища стали сдавать и тогда Медведников не пожалел двух бочонков пороху и, снабдив их короткими фитилями, приказал сбросить саженях в трёх от ворот. Оба взрыва прогремели почти одновременно. Ещё дым не рассеялся, как северные ворота распахнулись и 20 промышленных, во главе с комендантом, пошли на вылазку. Переколов штыками десятка полтора ошеломлённых взрывом индейцев отступили к воротам и затащили в крепость дюжину воинов, что во время взрыва стояли прямо в створе и менее других пострадали, половина из них была ещё жива. Затем встретили набежавшую толпу индейцев дружным залпом и закрыли ворота.
Весь остаток дня и часть ночи индейцы под огнём вытаскивали своих и потеряли ещё около 10. Всего же их потери превышали 100 человек убитыми и жестоко покалеченными. Убыль гарнизона крепости состояла из двух промышленных, что в момент нападения были за стенами, помощник канонира Бабыкин был покалечен по неосторожности в южной башне (взорвался картуз пороху) и там же погибли двое китайцев, что накатывали его пушку. Половина защитников крепости была поранена, но тяжёло лишь трое.
Следующая атака началась перед зарёй. В самое тёмное время, укрытые предутренним туманом, две группы индейцев прокрались к воротам и обложили их пропитанными салом связками хвороста. Залив дополнительно полотнища ворот ворванью, их подожгли. Опомнившихся часовых и проснувшихся промышленных, которые стали заливать огонь, встретил ружейный и лучной бой из темноты.
Южные ворота удалось отстоять, они выходили к морю и стрелкам там негде было укрыться да и огонь был не сильный. Но северные занялись так яро, что опасаясь за пушки в привратных бастионов, комендант приказал снять их.