Увидев, что от Годунова ждать правды и государству защиты не приходится, ополчились на него митрополит Дионисий, бывший примирителем в деле между Шуйскими и Борисом Федоровичем, и архиепископ Крутицкий Варлаам. Они обратились прямо к царю Федору, прося у него защиты для невиновных бояр, но тот если и слушал кого, то только правителя Бориса Годунова: по оговору его пастыри были отправлены в отдаленные монастыри, а на место митрополичье Борис Годунов посадил своего человека, ростовского архиепископа Иова. Теперь царский конюший и ближний великий боярин, наместник царства Казанского и Астраханского Годунов обрел полновластие: к нему обращались посольства иноземные, а богатства его семьи были поистине огромны (до 93 тысяч годового дохода!).
Пришло время Годунову остановиться и подумать: власть его была велика, превыше государевой, но не имела продолжения. После смерти Федора Ивановича власть должна была бы перейти к его потомству, и тогда при сыне Федора и сестры своей Ирины он мог остаться регентом и не терять завоеванного положения. Но, к несчастью для Бориса Федоровича, сына у нынешнего царя не было, поэтому единственным наследником престола оставался сводный брат царя Дмитрий, живший в своем уделе, в Угличе. При нем власть в стране захватил бы клан бояр Нагих, родственников Дмитрия по матери, и лучшее, что ждало бы Бориса Годунова, участвовавшего в ссылке царевича в отдаленный уезд, — это опала. Мы предположительно можем себе представить, какие мысли поселились в голове Годунова, и слух о гибели Дмитрия от убийц является логическим и вполне ожидаемым.
Эта горькая весть распространилась по Руси в мае 1591 г. Виновником смерти царевича досужие языки сразу сделали Годунова. Говорили, что он подсылал к юному Дмитрию Ивановичу отравителей, но это не подействовало. Тогда он собрал совет из своих приближенных, где решили: нужно подослать наемных убийц. Назывались и их имена — Владимир Загряжский и Никифор Чепчюгов, которые, как говорила молва, не пошли на такой грех, как убийство отрока, да еще и брата царева; отказались. Тогда отыскался рьяный исполнитель задуманного — дьяк Михаил Битяговский, который и отправился в Углич. Царица Мария словно почувствовала, что сыну грозит злая беда; как только Битяговский и компания прибыли в Углич, она ни на шаг не отпускала от себя Дмитрия. Может, и уберегла бы царевича, но в заговоре с подосланными убийцами была нянька Дмитрия Василиса Волохова; 15 мая пополудни она вывела Дмитрия во двор терема погулять, где ждали тати. Один из них, Осип Волохов, заговорил с царевичем и вынул нож, но не успел перерезать горло: ребенок вывернулся от него и убежал бы, но упал. Кормилица пыталась его защитить, закрыв собой, но Битяговский отнял Дмитрия (кормилицу убийцы забили почти до смерти) и заколол кинжалом. Звонарь, с колокольни видевший преступление, начал созывать народ колокольным звоном. Убийц захватили на месте и покарали разгневанные люди, а к царю Федору послали вестника. Борис Годунов перехватил его и подменил грамоты: вроде бы царевич не убит был, а сам порезался ножиком во время игры. В подменном письме Борис пытался скинуть вину на Нагих, которые не усмотрели за царевичем: по их оплошке погиб царский наследник. Царь же очень горевал о брате и плакал.
Поскольку Борис был фактическим правителем при безвольном Федоре Ивановиче, ему ничего не стоило подделать и результаты проведенного следствия: среди следователей были его приближенные и те, кто так или иначе зависел от его власти. Первым, кого следователи расспросили по приезде в Углич, был сторонник Бориса Русин Раков, по должности городовой приказчик. Тот и обвинил Нагих в смерти Дмитрия Ивановича, а уж потом на основе его слов следователи допрашивали Нагих, считая, очевидно, что вина их доказана. Поговаривали, что Дмитрий страдал приступами падучей, т. е. эпилепсии; тогда вины ничьей в его смерти нет, кроме ближних родичей, кормилицы да нянек, которые не уберегли: мальчик играл с дворней в ножички и упал на острие во время припадка. Так говорил Андрей Нагой, брат царицы. По ходу следствия выяснилось, что первой об убийстве крик подняла царица Мария, которая звала братьев на помощь и обвиняла Битяговского со товарищи. Никто не видел, как зарезали Дмитрия. Следователи расспросили всех, кого отыскали: тот, кто звонил в колокол, пономарь по прозванию Огурец, тоже ничего не видел и не со страху звонить кинулся, увидев убийство, а по приказу царицы Марии. Следствие зашло в тупик и не собиралось из него выбираться; ему, очевидно, нужны были сведения, подтверждавшие, что смерть царевича была случайностью, а уж Нагие виновны в этой случайности и в том, что желали на царского великого боярина Бориса Годунова все списать. Они записывали показания, которые тут же опровергались другими, и не искали проверки и подтверждения сомнительным словам допрашиваемых.