Через десять дней после возвращения Шарона на родину произошел теракт в израильском автобусе у поселения Эмануэль на Западном берегу реки Иордан, в результате которого десять человек погибли и тридцать получили ранения. На этот раз Шарон знал, что у него есть "зеленый свет" на применение массированной военной силы, но не на причинение вреда самому Арафату. ЦАХАЛ начал действовать, разбомбив штаб-квартиру Арафата в Газе и уничтожив весь его вертолетный парк. Еще со времен осады Бейрута в 1982 г. Шарон периодически подумывал об уничтожении Арафата, но американцы удержали его от выполнения данного обещания, и жизнь Арафата была сохранена. Однако теперь Арафата изолировали в Рамалле и не разрешали ему покидать город. Так началась осада Арафата, которая продолжалась с перерывами до самой его смерти в ноябре 2004 года. Кабинет министров решил, что "председатель Арафат потерял свою значимость... С ним не будет поддерживаться никаких контактов". Однако с палестинской стороны Арафат оставался не только значимым, но и ключевым игроком, и по мере того, как Израиль усиливал ответные меры на действия террористов-смертников, на него оказывалось давление внутри страны с целью остановить цикл насилия. 16 декабря Арафат выполнил одно из основных условий Израиля: он выступил по палестинскому телевидению с речью на арабском языке, в которой призвал прекратить интифаду и полностью отказаться от любых актов насилия. Он пообещал наказать всех, кто организует операции против Израиля, потребовал уважения к центральной власти и пригрозил ввести закон о запрете ХАМАС и "Исламского джихада". Эту речь нельзя было счесть рассчитанной только на внешнее потребление. Однако канцелярия премьер-министра отказалась реагировать на нее, сославшись на то, что Арафат "не имеет значения".
В тот момент, когда Арафат предпринимал серьезные шаги к прекращению огня, произошел инцидент, серьезно подорвавший его авторитет. 4 января 2002 года израильские морские десантники в Красном море перехватили судно Karin A, следовавшее из Ирана в Газу с полусотней тонн смертоносного оружия. Груз включал в себя ракеты малой дальности "Катюша", минометные и противотанковые снаряды, а также взрывчатку. Попытка провезти это оружие нарушила договоренности, в которых четко оговаривалось количество и тип оружия, разрешенного Палестинской автономии. Арафат отрицал, что оружие предназначалось для Палестинской автономии. Он направил письмо, в котором заявил о своей невиновности. "Контрабанда оружия полностью противоречит приверженности Палестинской автономии мирному процессу", - писал он. Однако израильтяне представили доказательства, которые убедили американцев в его личной причастности к сделке с оружием. Это поставило Арафата в жесткие рамки ситуации, сложившейся после 11 сентября: он стал рассматриваться как организатор террора. Президент Буш больше не доверял Арафату. Более того, он больше никогда его не видел. К весне 2002 года он пришел к выводу, что мир с Арафатом у власти невозможен. Для многих в администрации Буша, включая вице-президента Дика Чейни и министра обороны Дональда Рамсфелда, Карин А. собрала все кусочки воедино: "Мало того, что Арафат одобрял террор смертников, теперь он был в сговоре с Ираном, "Хезболлой" и Сирией". Карин А вполне могла нацелить администрацию на смену режима в Палестине". Для Чейни это было очень важно, так как показывало, что Арафат "был частью глобальной террористической сети" и что "если он станет главой государства, то это не будет отвечать американским интересам".
Эпизод с Карин А стал самым смертоносным оружием Израиля в кампании по делегитимации Арафата. Шарон считал, что держит Арафата "за яйца", и разыграл этот эпизод, чтобы выгодно позиционировать Израиль в политическом и дипломатическом плане для окончательного его уничтожения. Шарон был одержим Арафатом, возлагая на него всю ответственность за насилие, и все время персонифицировал конфликт. Считалось, что Израиль противостоит не палестинскому народу, а одному злому человеку, которого необходимо уничтожить. Стремясь уничтожить Арафата, Шарон сознательно проигнорировал важнейшую возможность мирных перемен. Речь Арафата и твердый приказ Маруана Баргути своим людям дали мгновенный результат. Количество столкновений между палестинцами и ЦАХАЛом резко сократилось. Вторая неделя января стала самой спокойной на оккупированных территориях с сентября 2000 года. Опрос общественного мнения показал, что 60% палестинцев поддержали призыв Арафата прекратить насилие, а 71% высказались за возвращение за стол переговоров.