Переход в начале 1921 г. к новой экономической политике (НЭП) оказал огромное влияние на восстановление промышленности и транспорта. Для улучшения планирования была создана Государственная плановая комиссия (Госплан), а для конкретного руководства промышленностью – Высший Совет Народного Хозяйства (ВСНХ).
В апреле 1921 г. народным комиссаром путей сообщения был назначен Ф.Э. Дзержинский, остававшийся при этом председателем ВЧК и наркомом внутренних дел. К этому периоду относится зарождение коллегиальной формы управления транспортом страны как межотраслевым комплексом.
В 1921 г. было принято решение об объединении всех железнодорожных, внутренних водных и морских путей сообщения на территории РСФСР в общую всероссийскую сеть путей сообщения и создании единого Народного комиссариата путей сообщения (НКПС). В состав НКПС вошли: центральное управление железнодорожного транспорта; центральное управление речного транспорта; центральное управление морского транспорта; центральное управление местного транспорта, ведающее автомобильным, гужевым и трамвайным транспортом, а также всеми погрузочно-разгрузочными работами и экспедиционным обслуживанием.
В 1922 г. Совнарком принял специальное постановление, которое знаменовало собой целенаправленное применение на транспорте начал хозяйственного расчета. В том же году для разработки плана перевозок как части общегосударственного плана при НКПС был учрежден постоянный совещательный орган, состоящий из членов коллегии НКПС, – Транспортная плановая комиссия (Трансплан). В задачи этой комиссии входила подготовка текущих планов перевозок и предварительная увязка их с техническими возможностями транспорта, а также подготовка перспективного плана восстановления и развития всех видов транспорта, участие в работах Госплана.
Для улучшения перевозочной работы и достижения более тесного контакта между транспортом и клиентурой по инициативе Ф.Э. Дзержинского было организовано акционерное общество «Транспорт». Формулируя его задачи, Феликс Эдмундович указывал, что оно организовано в целях борьбы со взяточничеством и хищениями, с частными конторами и должно вести к уменьшению расходов на перевозки, увеличению грузооборота и повышению четкости работы железных дорог.
Децентрализация в регулировании хозяйственной жизни в связи с переходом к новой экономической политике внесла собственные изменения в организацию управления транспортом страны. Именно в децентрализации управления перевозками на транспорте проявились особенности НЭП, пришедшей на смену военному коммунизму. На транспорте эта перемена экономического курса выразилась в создании правлений железных дорог, призванных руководить перевозками на местах. Правление являлось органом коллегиальным, имевшим целью введение на транспорте хозрасчета, упорядочение эксплуатации, улучшение коммерческой и финансовой работы. НКПС имел право решать, по своему усмотрению, вопрос об участии в правлениях представителей других ведомств и организаций с правом совещательного голоса.
Правления должны были стать центрами дорог, обеспечивающими развитие транспортного хозяйства на собственной экономической основе и его более эффективное использование. Транспортную политику по-прежнему направлял государственный орган – НКПС, однако дороги получили возможность самостоятельно вести хозяйство с учетом местных особенностей каждой из них. Дороги, таким образом, становились самостоятельными хозяйственными единицами, владеющими собственными основными фондами и оборотными средствами в виде запасов топлива и материалов, денежных и материальных ресурсов. Большую самостоятельность, в расчете на быстрое возрождение транспорта, правления дорог получили в вопросах эксплуатации, снабжения и финансовых операций. Положение о правлениях железных дорог, впервые изданное 31 мая 1922 г., уже через год было изменено и в окончательном виде утверждено 10 августа 1925 г. Советом труда и обороны (СТО).
Значительные трудности возникали по вопросу распределения функций между правлением дороги – с одной стороны и управлением и начальником дороги – с другой. Широкому внедрению хозяйственного расчета и хозяйственной самостоятельности препятствовали особенности правового положения железных дорог – невозможность в полной мере воспользоваться правами юридического лица и тесная связь государственного транспорта с финансовым ведомством, заинтересованным в достаточно жесткой регламентации расходования дорогами денежных средств. Правления, формально наделенные правами юридического лица, оставались во многих отношениях типичными госбюджетными учреждениями.
Исполнительным органом правления было управление дороги, выполнявшее функцию административного и технического руководства эксплуатационной деятельностью. На начальника дороги как члена правления, ведающего технической эксплуатацией, возлагалось также выполнение правительственных распоряжений по вопросам технического содержания дороги и ее сооружений, безопасности движения и т. п.