Вскоре возможность более быстрой переправы войск и грузов через замерзший Байкал была найдена: за 16 дней (со 2 по 17 февраля) по льду озера проложили железную дорогу. Учитывая толщину льда (около 1,4 м), предполагали, что поезд сможет по рельсам спуститься на лед и самостоятельно пересечь озеро. Но лед на Байкале оказался недостаточно прочным. Расчеты показали, что по проложенному пути можно перекатывать лишь отдельные вагоны конной тягой на расстоянии не менее 100 м один от другого. Целый месяц действовала эта переправа по льду, но 15 марта она была демонтирована. Всего по рельсовой переправе на восточный берег перевезли 2285 товарных, 25 пассажирских вагонов и 65 паровозов. Дорога вокруг Байкала протяженностью 263 км была замкнута в сентябре 1904 г. и по ней сначала открыли рабочее движение поездов, а 16 октября 1905 г. она была сдана в постоянную эксплуатацию.
Для организации воинских перевозок 10 февраля 1904 г. был образован особый орган – Исполнительный комитет по управлению железнодорожными перевозками на Дальний Восток, который координировал деятельность по перевозкам управления военных сообщении (ВОСО) Главного штаба и МПС. Комитет должен был не только регулировать все перевозки, но и принимать меры для поддержания бесперебойной работы железных дорог и повышения их пропускной и провозной способности. Комитет нес ответственность за эксплуатацию железных дорог на участке между станциями Сызрань и Харбин. От Харбина до театра военных действий за работу железной дороги отвечало управление ВОСО Маньчжурской полевой армии. По требованию органов ВОСО на магистрали были дополнительно открыты разъезды, построены новые станционные и служебные здания, произведено усиление средств связи, водоснабжения, проведены и другие технические мероприятия.
С увеличением воинских перевозок по всей Транссибирской железнодорожной магистрали возникли большие затруднения в движении поездов, что привело к ограничению объемов перевозок коммерческих грузов.
Испытания, выпавшие на долю России во время Русско-японской и в годы Первой мировой войны, накопление критического опыта во всех областях, в том числе и в области транспорта, дали много больше, чем десятилетия устоявшейся рутинной жизни. Если Россия оказалась в целом недостаточно подготовленной к войне, то ее транспортные системы – особенно железнодорожная – были одним из наиболее слабых звеньев военной экономики.
С началом Первой мировой войны выяснилось, что решающие направления железнодорожной сети России не имеют достаточную пропускную способность. Это создало большие затруднения в пропуске поездопотоков уже в первые месяцы войны, хотя железнодорожное строительство и велось с учетом стратегических требований военного ведомства. Концессионная горячка 60-70-х гг. XIX в. привела к одностороннему развитию железнодорожной сети преимущественно в тех направлениях, которые давали наибольшую коммерческую выгоду. Почти весь восток Европейской части России и вся Азиатская часть оставались по существу без железных дорог, что отрицательно сказалось на планах мобилизационного развертывания вооруженных сил и их стратегическом сосредоточении.
Курс на казенное строительство железных дорог, начатый в 1880-е гг., сделал развитие сети более планомерным и учитывающим военно-стратегические интересы государства; но и здесь они не всегда совпадали с экономическими интересами торгово-промышленных кругов. Образовавшиеся «ножницы» удорожали транспортное обеспечение и замедляли темпы строительства путей сообщения. В Привислинском районе (к западу от линии Белосток – Брест – Литовск – Ровно) за 1882–1902 гг. было построено всего 3 тыс. км железных дорог, из них 1,8 тыс. км – исключительно для военных целей.
Однако за 1898–1902 гг. железнодорожная сеть Европейской части России развивалась довольно высокими темпами. Прирост ее протяженности составил 23 %. Почти на 30 % увеличилась длина двухпутных линий. Парк паровозов вырос до 12,5 тыс. ед. (прирост – 30,7 %), классных вагонов – почти до 15 тыс. (на 36,1 %) и товарных вагонов (с платформами) – до 284 тыс. ед. (на 33,1 %).
Следует, однако, отметить, что согласно мобилизационному расписанию № 18 для покрытия дефицита в подвижном составе необходимо было передать с восточных дорог на западные более 850 паровозов и свыше 20 тыс. вагонов в период Первой мировой войны. В отношении быстроты мобилизации железных дорог Россия значительно уступала Германии. Русские железные дороги смогли перейти полностью на воинский график лишь в конце десятого дня мобилизации, а германские – уже на третий день. Этот разрыв сразу сказался на темпах мобилизационного развертывания русской армии в начале Первой мировой войны.