Таким образом, в ПЧК Стасова не только проверяла списки арестованных. Ее работа продолжалась семь месяцев. В марте 1919 года Стасова переехала в Москву. Председателем Петроградской ЧК стал Семен Семенович Лобов.
Известный писатель Максим Горький, живший в то время в Петрограде, предпринимал активные меры для освобождения заключенных и арестованных во время красного террора. Он нередко обращался за содействием и к председателям ПЧК. В беседе с журналистом газеты «Речь» Фурсиным Горький охарактеризовал нового председателя Комиссии так: «Лобов — это животное. Я с ним никаких дел иметь не могу. Скороходов (он тоже некоторое время был председателем ПЧК —
Стоит проанализировать стожившуюся ситуацию. Вмешательство партийных комитетов в оперативную деятельность вплоть до определения меры наказания подозреваемым было абсолютным произволом. Вот что по этому поводу отмечал М. Н. Петров в своей работе «Проблемы истории Всероссийской Чрезвычайной Комиссии»: «Постижение азов специфики секретной службы исключительно на практике, без теоретической подготовки, при отсутствии кодифицированного законодательства и обилии правительственных декретов о местном нормотворчестве приводило к неквалифицированному расследованию и определению степени виновного». Многие члены РКП(б) не имели не то, что юридического образования (как обязательного условия при выполнении «судейских» обязанностей), но и какого-либо образования вообще. При этом получалось, что органы госбезопасности включались в систему управления страной.
Агентурная сеть была достаточно широко развита. Агенты не получали какой-либо зарплаты за свою работу. Считалось, что слежка за спекулянтами, доносы на организации эсеров, черносотенцев и других, сбор данных по бандитизму — прямое указание партии. В феврале 1919 года ЦК РКП(б) выступил с Обращением к коммунистам-чекистам: «ЧК созданы, существуют и работают лишь как прямые органы партии, под ее директивами и под ее контролем».
Елена Дмитриевна Стасова, работая в органах госбезопасности имела и другие обязанности. Ее всегда привлекала агитационная и просветительская работа. И поэтому агитаторский опыт, наработанный еще во времена преподавания в школе, пришелся как нельзя кстати.
До отъезда в Москву Стасова занималась политическим просвещением и устройством быта бывших военнопленных австрийцев, венгров, немцев. Результатом ее деятельности стало массовое вливание этих военнопленных в красноармейские отряды. Особое внимание Елены Дмитриевны привлекли финские красногвардейцы, оказавшиеся в Петрограде. Следует сказать, что попытка установить власть красных в Финляндии, ленинская авантюра, потерпела неудачу. Представители большевиков в этой стране были разгромлены войсками под командованием генерала Маннергейма. После поражения финские красногвардейцы перебрались в Петроград в надежде быть полезными советской власти. (Один из них — Отто Вильгельмович Куусинен. В 1939 году КПСС планировала выдвинуть его в президенты Финляндии, сняв с этой должности Маннергейма. Во время правления Хрущева Отто Куусинен работал в Политбюро ЦК КПСС).
1919 год для партии был очень тяжелым. Положение усугублялось наступлением четырнадцати держав на молодую Советскую республику. Создавалась угроза для власти, которая была бы вынуждена снова уйти в подполье. Большевики обезопасили себя: напечатали деньги царской России — сторублевки с портретом Екатерины. Яков Михайлович Свердлов позаботился о подготовке кадров для руководства партии на местах. На специальных курсах Елена Дмитриевна Стасова читала лекции о работе партии в подполье. В марте 1919 года она занялась подготовкой VIII съезда РКП(б). Как его делегат, Стасова (единственная женщина!) была избрана членом ЦК партии, вошедшим в Оргбюро. Елена Дмитриевна занималась переработкой партийного устава и кадровой работой. До апреля 1920 года Стасова находилась в Москве, принимая участие во всех кадровых изменениях ЦК. Затем она вернулась в Петроградский комитет на организационную работу.
В июне 1920 года Елену Дмитриевну назначили секретарем Кавказского бюро ЦК партии. Вместе с Орджоникидзе Стасова возглавила подготовку съезда народов Востока, состоявшегося в Баку в первых числах сентября того же года. Заседание Компартии Азербайджана не прошло без скандала. Накануне чекисты совершили ряд обысков в домах богатых людей с целью конфискации обуви для снабжения Красной Армии. Естественно, у многих это вызвало возмущение. Но руководящие работники партии вступились за чекистов, объясняя их действия необходимостью поддержки красноармейцев. А. И. Микоян выступил с речью, смысл которой заключался в том, что «советская власть должна покончить с азербайджанскими богатеями». Стасова одобрила его позицию. По собственному признанию, она являлась «сторонницей военного коммунизма».