Но наиболее ценным информатором оказался Георгий Антонович Гамов, самый молодой член-корреспондент Академии наук СССР, бежавший в США в 1934 году. В США Гамов прославился как автор теории альфа-распада, как ученый, выдвинувший знаменитую гипотезу «горячей Вселенной» и как первый человек, рассчитавший генетический код. Карьера Георгия Антоновича складывалась весьма успешно. Он преподавал в Джорджтаунском университете (Вашингтон) и руководил ежегодными семинарами по теоретической физике. Ведущие ученые консультировались у Гамова по научным вопросам, он вместе с ними обсуждал различные проекты. Именно от этого человека Зарубиной удалось получить характеристики американских ученых, узнать их политические взгляды и отношение к созданию атомной бомбы.
Кроме того, в резидентуре была создана специальная группа под руководством Квасникова, которая целенаправленно работала по добыванию информации об американской атомной бомбе. К 1944 году внешняя разведка имела нескольких агентов, передававших материалы по «Манхэттенскому проекту». Это, прежде всего, Клаус Фукс, Теодор Холл, Сэвил Сакс, Бруно Понтекорво, Дэвид Грингласс и супруги Юлиус и Этель Розенберги. Кроме того, необходимо упомянуть Мориса и Леонтину Коэн и Гарри Голда, исполнявших роль связников.
Однако работу над этим, так называемым «Манхэттенским проектом», супругам Зарубиным не удалось довести до конца. В декабре 1944 года их неожиданно вызвали в Москву. По материалам отдела расследований значится три версии этого срочного вызова:
«Во-первых, как нередко бывает у талантливых людей, их недостатки являются продолжением их достоинств. По мнению некоторых бывших сотрудников нью-йоркской резидентуры военной поры, Василию Михайловичу, привыкшему к более активному поведению, было трудно сдерживать свою неуемную энергию. Дело доходило до того, что он сам начинал выполнять задания, с которыми вполне справились бы и рядовые сотрудники легальной резидентуры. Так, например, когда в Вашингтон прилетал нарком иностранных дел СССР Вячеслав Михайлович Молотов, Зарубин, будучи великолепным водителем, всегда сам садился за руль и возил главу советского внешнеполитического ведомства, как простой шофер (хотя в таком положении были и свои выгоды: можно было беседовать с наркомом с глазу на глаз). В результате деятельность Зарубина стала известна ФБР.
Во-вторых, как отмечают исследователи истории советской разведки военных лет, Зарубиных срочно отозвали в Москву для того, чтобы проверить выдвинутые в их адрес обвинения. Сверхбдительный сотрудник нью-йоркской резидентуры подполковник Миронов написал в Центр письмо, в котором утверждал, что Василий Зарубин и его жена завербованы агентами ФБР. Такой вывод подполковник сделал на основе негласного наблюдения, которое он вел за своим начальником, когда тот встречался с агентами и источниками информации. Более того, Миронов направил письмо не только в Центр, но и директору ФБР Эдгару Гуверу. Последнему были предоставлены сведения обо всех резидентах советской разведки на территории США! Проверка Зарубиных в Москве заняла полгода, и все обвинения, выдвинутые Мироновым, были отметены. Миронов же предстал перед судом за злостную клевету, и от тюрьмы его спасло лишь заключение судебно-психиатрической экспертизы, признавшей его невменяемым. Однако Александр Колпакиди и Дмитрий Прохоров в книге «Все о внешней разведке» утверждают, что Миронова арестовали и расстреляли.
Наконец, в-третьих, в середине 40-х годов в разведке уже наступал новый этап — время охоты за атомными секретами, и на посту американской резидентуры нужен был человек, имеющий достаточно глубокие представления о проблемах современной науки и техники. Как говорится, требовалась «смена караула».
После проверок, устроенных по милости Миронова, Василий Михайлович был назначен заместителем начальника внешней разведки. В сентябре 1944 года он получил звание комиссара государственной безопасности 3-го ранга, а в июле 1945 года — звание генерал-майора государственной безопасности. Подобные почести были весьма редки в то время, а потому следует признать, что заслуги перед Родиной у Зарубина были громадные. Кроме того, Василий Михайлович Зарубин был награжден тремя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды, орденом Октябрьской революции, серебряными часами от ПП ОГПУ ДВО, серебряным портсигаром от Коллегии ОПТУ, знаком «Почетный сотрудник органов государственной безопасности» и другими медалями.
Что касается его супруги, то Елизавета Юльевна по возвращении из США была назначена начальником 3-го отделения 8-го отдела внешней разведки НКГБ.