Вскоре Зарубина стала начальником 1-го отделения 8-го отдела ПГУ МГБ, то есть возглавила всю информационную службу по американскому направлению. Для многих сотрудников это было несколько удивительно: иностранка (напомним, что Елизавета Юльевна — уроженка Австро-Венгрии) заняла такой высокий пост в советском политическом ведомстве! Однако работу Зарубиной вышестоящее руководство оценило: 22 октября 1944 года за участие в «атомном» проекте отважную разведчицу наградили орденом Красной Звезды.
На новом месте работы Елизавета Юльевна занималась обработкой поступающей информации, касавшейся научно-технических вопросов по созданию атомной бомбы. Зарубина была переводчицей на Ялтинской и Потсдамской конференциях.
Но вдруг ее уволили! 14 сентября 1946 года Зарубину вынудили уйти в отставку из МГБ. Причину в постановлении написали такую: «За невозможностью дальнейшего использования». Суть дела заключалась в том, что новый министр МГБ Абакумов решил обновить кадры для последующей реорганизации разведывательного управления, которое в 1947 году слилось с ГРУ Генштаба, образовав новый Комитет информации.
Муж разведчицы, Василий Михайлович, не сомневался в истинной причине ее увольнения, заявляя новому руководству внешней разведки: «Когда моя жена и спутница жизни выполняла оперативные задания наравне со мной, она была вам нужна, и тогда вы не обращали внимания на ее биографию и национальность».
Василий Михайлович тяжело переживал несправедливое увольнение супруги. В 1948 году, в возрасте 54 лет он вышел в запас «по состоянию здоровья с правом ношения военной формы».
Но судьба на некоторое время вновь улыбнулась Зарубиной! После смерти Сталина Елизавета Юльевна работала в 9-ом отделе МВД (разведка и диверсии) под руководством Павла Анатольевича Судоплатова. Но период деятельности был недолгий: май — август 1953 года. Подполковник Зарубина была окончательно уволена из органов госбезопасности.
После долгой и опасной службы в советской внешней разведке Елизавета Юльевна Зарубина приступила к более спокойной работе. Ведь среди качеств, высоко оцененных прежним руководством, было такое, которое вполне соответствовало другой деятельности — превосходное знание нескольких иностранных языков. Зарубина поступила на работу в Московский институт иностранных языков, где вскоре стала деканом одного из факультетов. Эта должность стала последней в ее жизни.
Василий Михайлович снова вернулся на работу в органы в мае 1953 года. Павел Анатольевич Судоплатов назначил его оперработником 1-й категории негласного штата 9-го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР. 8 июля 1953 года Зарубин был уволен из органов МВД с переводом в запас Министерства обороны.
А Василий Михайлович Зарубин, выйдя на пенсию, возглавил федерацию тенниса спортивного общества «Динамо». Действительно, он отличался выдающимися способностями теннисиста. (Этот факт был отражен кинематографистами в образе Штирлица. Вспомним личное дело штандартенфюрера СС. Среди прочих общих фраз, характеризующих «истинного арийца», значится следующая: «Теннисист»). Известно, что в своей первой спецкомандировке в Дании Зарубин обыграл на корте датского короля. На все укоры в недипломатичности Василий Михайлович отвечал: «В спорте, как и в жизни, побеждает сильнейший!»
Кроме того, после смерти Сталина и расстрела Берии Зарубина приглашали в ЦК КПСС. Василий Михайлович писал объективные характеристики на сотрудников разведки, арестованных в период репрессий, проведших много лет в лагерях и некоторых даже расстрелянных. Благодаря оценкам Зарубина очень многие несправедливо осужденные были освобождены и полностью реабилитированы.
Занимался Василий Михайлович и педагогической деятельностью — читал лекции по нелегальной работе и писал учебник для специального учебного заведения ПГУ КГБ — то есть принимал активное участие в подготовке кадров для разведки.
О последнем этапе жизни Зарубина материалы отдела расследований рассказывают следующее:
«В 1967 году в связи с 50-летием органов государственной безопасности было принято решение о награждении наиболее заслуженных сотрудников разведки орденами, а некоторым из них планировалось присвоить звание Героя Советского Союза. В подготовленном списке первой стояла фамилия Василия Михайловича Зарубина. Однако когда список попал на утверждение к тогдашнему идеологу КПСС Михаилу Андреевичу Суслову, тот вычеркнул фамилию Зарубина, мотивируя это следующим образом: «Как человек такого возраста может быть Героем Советского Союза?» Василию Михайловичу в ту пору исполнилось семьдесят два года. (Кстати, сам Суслов был дважды удостоен звания Героя Социалистического Труда соответственно в возрасте шестидесяти и семидесяти лет).