В 1937 году лейтенанта Маринеско направляют в Учебный отряд подводного плавания на учебу, но в самый разгар занятий (16 июля 1938 г.) отчисляют и увольняют с флота. Это было первое его испытание на прочность… В стране уже шли репрессии, аресты, и свою роль сыграла анкета лейтенанта. Как пишет Лев Санин, «его отец – Иона Маринеску, румын, уроженец города Галац – красивый и гордый человек, служил на румынском флоте. Там дисциплина была строгой, а души и думы простых матросов нисколько не интересовали офицеров – боярских сынков. До тех пор, пока Иона Маринеску не столкнулся с одним из офицеров, которому не понравилось, как матрос при встрече с ним вроде бы не очень быстро отступил в сторону, и глаза его «изволили смеяться»… Офицер дал кочегару пощечину и тут же получил ответный удар. Маринеску посадили в карцер. Трибунал должен был быть скорым и беспощадным, но друзья-матросы помогли Ионе совершить побег. Скрываясь от стражи и посторонних глаз, он сумел переплыть Дунай и добраться в Одессу. Изменил фамилию: на молдавский манер – вместо «у» в ее конце стал писать «о» – Маринеско, а имя и отчество «русифицировал» – Иван Алексеевич. В Одессе женился на украинке, которая родила ему сына Александра…
От отца Александр перенял смелость и прямоту. С детства был приучен говорить правду, какой бы неприятной для него она ни была. Довод отца был прост: «Близкие люди за правду не убьют, а только накажут. А чужим не ври, чтобы не подумали, что Маринеско – трусы!» По решимости, удали и бесстрашию Александр Иванович – в отца. Самолюбивый и гордый, он не написал ни единой просьбы разобраться. Однако несправедливость по отношению к нему была столь очевидна, что все сами восстановили».
7 августа Маринеско восстанавливают на службе, не хватало командиров-подводников, а в ноябре 1938-го присваивают очередное звание – старший лейтенант. По окончании обучения его назначают сначала помощником командира подводной лодки «Л-1», а спустя полгода – командиром лодки «М-96», так называемой «малютки».
Из аттестации на командира подводной лодки старшего лейтенанта А.И. Маринеско:
«Дисциплинированный, к подчиненным требователен. К себе требователен недостаточно. Решителен, но малоинициативен… О подчиненных заботлив, но иногда бывает груб в обращении…»
Как свидетельствует В. Геманов, «одним из достижений команды и командира было срочное погружение лодки – всего за 19,5 секунды, тогда как по нормам полагалось 35. Иные командиры не верили этому! За счет чего же были сокращены бесценные секунды? Прежде всего, Маринеско стал плавать с открытым лючком носовой системы плавучести. Обычно эта система предохраняла лодку от «зарывания носом» в волну на ходу. Перед погружением люк открывали вручную, чтобы носовая система плавучести быстро заполнилась водой. Этим ускорялось погружение. Однако открытая носовая система на ходу – это опасно. Заполнившись шальной волной, она могла потянуть лодку на погружение независимо от желания командира. Поэтому Маринеско сначала ругали, предупреждали. Но жизнь заставила начальников изменить взгляд на существовавшие правила; строгие обстоятельства требовали одного – при открытии емкости усилить контроль, внимание командира на мостике. Надо ли говорить, как уверились после этого подчиненные, что их командир – личность творческая, ищущая, рисковая».
Кроме этого достижения, «М-96» на «отлично» выполнила текущие и призовые стрельбы, заняв первое место в бригаде, за что командующий флотом издал приказ о выделении экипажу премии в 3900 рублей, а нарком ВМФ наградил командира подводной лодки именными золотыми часами.
В связи с этими успехами характерна и очередная аттестация на Маринеско:
«…Энергичен. Обладает хорошими волевыми качествами. Решительный и смелый. Сообразителен и находчив. Умеет быстро ориентироваться и принимать правильные решения в простой и сложной обстановке… Способен пренебрегать личными интересами для пользы службы. Во взаимоотношениях с начальниками, подчиненными и сослуживцами тактичен и выдержан. Заботится о подчиненных… Боевая и политическая подготовка личного состава хорошая. Корабль находится в высокой боевой готовности (1-я линия)… В кампанию 1940 года подлодка заняла первое место по КБФ (приказ командующего КБФ № 06968). Является первым заместителем командира дивизиона подводных лодок.
Выводы:
1. Должности командира подводной лодки соответствует.
2. Достоин назначения на подлодку типа С.
3. После Кампании 1941 года может быть назначен комдивом подлодок М XII серии».
Кроме всего прочего, что подчеркивает особые успехи командира подводной лодки, в марте 1940 года Маринеско принимают кандидатом в члены партии, а в ноябре присваивают очередное воинское звание – капитан-лейтенант.