После ряда чудес, бывших у гроба преподобного Кирилла в присутствии Анны Годуновой, настоятель и братия Новоезерского монастыря донесли о происшедшем царю Михаилу Феодоровичу и патриарху Филарету. Царь и патриарх приказали митрополиту Ростовскому Варлааму произвести на месте расследование обстоятельств дела. Расследование было произведено по поручению митрополита игуменом Белозерского монастыря Филиппом и бывшим игуменом того же монастыря Никоном. При дознании присутствовали: белозерский протопоп, белозерские горожане, власти Белозерского уезда, священники и многие люди всяких чинов. Все присутствовавшие единогласно, на словах и письменно, засвидетельствовали справедливость донесения монастыря и кроме того сообщили и засвидетельствовали множество и других чудес. Донесение об этом было послано через митрополита Варлаама царю и патриарху. По неизвестным причинам дело остановилось на этом и ожидавшегося всеми церковного прославления преподобного Кирилла как угодника Божия на этот раз не последовало.
В то же царствование Михаила Феодоровича братия и вкладчики Новоезерского монастыря и почитатели преподобного в Москве и других городах предприняли постройку каменной церкви во славу преподобного Кирилла на его гробе. Но, быть может, вследствие того, что дознание о чудесах не имело дальнейшего движения, все дело ограничилось заготовлением небольшого количества кирпича и других материалов.
В царствование Алексия Михайловича, в мае 1648 года, в Москве вспыхнул народный мятеж против некоторых лиц, бывших в приближении царя. Начальник пушкарского приказа Петр Траханитов, дьяк Елеазар Чистой и многие другие были убиты и ограблены. Мятежная толпа приступила к Красному крыльцу и требовала выдачи боярина Бориса Ивановича Морозова, царского воспитателя и родственника, и уже разбила его дом и разграбила имущество.
Боярина с трудом успели укрыть от рук разъяренной толпы, и вскоре он тайно бежал в Кирилло-Белозерский монастырь. Игумен Новоезерского монастыря Амфилохий и братия, узнав о пребывании его в соседстве с ними, послали к нему монаха Иону с образом и житием преподобного Кирилла. Боярин с честью принял образ и с благоговением прочитал житие святого. После этого душа его наполнилась какой-то радостью и восторгом, мучившие его страхи и горе совершенно исчезли, и он возымел желание поклониться гробу преподобного Кирилла. Отслужив молебен на гробе и со слезами помолясь святому, боярин сказал игумену и братии: «Отцы святые, помолитесь о мне Господу Богу, Пречистой Его Богоматери и преподобному чудотворцу Кириллу. Если Бог умилосердится надо мною по молитвам преподобного Кирилла и возвращусь в царствующий град и великий Государь пожалует меня в свой царский синклит, в первый мой чин, то я построю на этом месте каменную церковь в честь и славу Воскресения Христова и в похвалу святого Кирилла».
Обрадованные игумен и братия отвечали ему горячими благопожеланиями. Раздав богатую милостыню, боярин возвратился в Кирилло-Белозерский монастырь. Спустя немного времени в Москве утихло волнение, боярин был позван к царю и занял свое прежнее положение. В следующем, 1649 году, Морозов приступил к исполнению своего обещания. 4 сентября по его приказу архимандрит Кирилло-Белозерского монастыря Афанасий и старец келарь Савватий Юшков были на основании каменного храма. В их присутствии начали копать рвы, и когда повели один ров близ того места, где была гробница преподобного Кирилла, под гробницей на глубине пол-аршина от поверхности земли среди древесных корней открылся совершенно неповрежденный гроб. Без патриаршего указа и митрополичьего приказания архимандрит и келарь не осмелились взять землю с гроба, открыть и освидетельствовать его. Гроб был до указа облажен кругом досками, а об открытии донесено митрополиту Ростовскому Варлааму, патриарху Иосифу и боярину Морозову. Морозов, получив извещение, рассказал царю все с ним бывшее и ознакомил его с житием и чудесами преподобного Кирилла. В октябре патриарх, по совету с царем, послал Вологодскому архиепископу Маркеллу грамоту с предписанием ехать на Новое озеро, осмотреть мощи святого, перенести их во временное помещение, устроить празднество и донести о всем царю и патриарху.
Архиепископ Маркелл прибыл в Новоезерский монастырь вместе с архимандритом Кирилло-Белозерского монастыря Афанасием и того же монастыря келарем Савватием и соборными старцами. 7 ноября при игумене новоезерском Амфилохии, монастырской братии и многочисленном стечении народа он велел очистить гроб от земли, открыть его и освидетельствовать мощи и одежды. По осмотре архиерей и священный собор переложили тело в новый гроб и перенесли его в деревянную церковь Воскресения Христова. В церкви праздновали Успению Пресвятой Богородицы, пели соборне вечерню, заутреню и перед литургией молебен Всемилостивейшему Спасу, Богородице и всем святым и святили воду. Многие из бывших на торжестве больных получили исцеление. Народ брал от ветхого гроба частицы дерева и уносил их с собою с верою в их целебную силу.