«Сейчас видел я царя, — сказал Кирилл, — на престоле сидящего и пред ним стоящих двух храбрых отроков, имеющих на главах царские венцы. И дал им Господь в руки оружие на супротивных, и побеждены будут враги их, и поклонятся все народы, и будет царство наше умирено Богом и устроено. Вы же, братия и отцы, молитесь со слезами Богу и Пречистой Его Богоматери о державе царства Российской земли».
Затем святой снова наставлял братию, особенно предостерегал от пьянства, и закончил завещанием похоронить его посреди острова, на месте, затопляемом водою, и в той одежде, в какой он был. Братия приступили к нему и стали прощаться. Причастившись Святых Таин, преподобный Кирилл сказал: «Слава Богу за все», оградил себя крестным знамением, прочитал молитву и скончался. Это было 4 февраля 1532 г. Лицо умершего просияло чудесным светом, как бы указывая на его душевную чистоту. Безутешно горевавшая братия вынесли тело в церковь и совершили обычное отпевание. На погребении святого присутствовало множество окрестных жителей, которые по собственному побуждению пришли в монастырь отдать последний долг великому подвижнику.
Вскоре после кончины преподобного Кирилла начались чудеса при его гробе. Старец Кириак, ученик преподобного и монастырский рыболов, будучи тяжко болен, не мог присутствовать при последних часах своего учителя и много скорбел об этом, преподобный Кирилл явился ему во сне с двумя юношами в белых одеждах, державшими в руках горящие свечи, оградил его крестным знамением и сказал: «Зачем ты, брат Кириак, столь долго страждешь? Встань и иди лови рыбу на потребу братии».
Пробудившись от сна, расслабленный Кириак почувствовал, что он владеет руками и ногами. По его просьбе его привели ко гробу преподобного, и он стал исповедывать свои грехи преподобному Кириллу как живому. Получив совершенное исцеление у гроба, Кириак поведал чудо собравшейся братии, а на другой день по повелению чудотворца отправился на рыбную ловлю и наловил такое множество рыбы, что ее хватило на день памяти преподобного, когда в обитель собиралось очень много народа.
Слуга князя Феодора Чеснока-Вадбольского Григорий, потерявший зрение и испытывавший мучительную боль в глазах, получил исцеление от прикосновения ко гробу преподобного и окропления головы освященной самим преподобным Кириллом водой.
Жена белозерского жителя Елена Текутова долгое время безуспешно лечилась от своей тяжкой болезни. Однажды ночью она подумала о поездке к мощам преподобного Кирилла, но после забыла об этом. Когда болезнь ее усилилась и она ожидала уже смерти, преподобный явился ей во сне, благословил ее святым крестом, окропил водою и сказал: «Встань, чадо, иди в монастырь мой и у церкви Воскресения помолись Богу и Пречистой Его Богоматери, и получишь исцеление у гроба моего».
Исполнив волю святого, она выздоровела.
Скоморох Стефан, живший в городе Белозерске, два года лежал расслабленный. Слыша о чудесах преподобного Кирилла, он, подобно другим, пожелал прибегнуть к его помощи. Не дойдя до обители всего 12 верст, он впал в совершенное изнеможение и стал просить угодника Божия исцелить его, давая обет постричься в его монастыре. Тотчас ему явился преподобный и велел идти в монастырь, помолиться в храме Воскресения и приложиться к цельбоносному гробу. Сделав по указанию святого и получив исцеление, Стефан принял пострижение с именем Сергия и жил в обители преподобного до своей смерти.
Сын белозерского жителя Даниила Текутова Симеон имел горб. Отец привез его в монастырь и положил его на гроб святого. После молебна отрок стал укрепляться и по окроплении святою водою совершенно исцелел. Другой раз заболел сам Даниил. Он также был привезен своими родителями в обитель и выздоровел по прикосновении ко гробу преподобного и по окроплении святою водою.
Инок Новоезерской обители Мартиниан совершенно изнемог от зубной боли. Узнав, что иноки Тихон, Иоанникий и Геронтий получили исцеление у гроба преподобного, он пошел ко гробу, помолился пред ним и, взяв в рот святой воды, получил исцеление.
Старец Макарий из Карельской стороны, постриженник Сенного монастыря, пришел жить в обитель преподобного, но, имея сварливый и своевольный характер, скоро начал тяготиться строгим строем жизни в обители и перешел в Белозерский монастырь. Здесь он впал в тяжкую болезнь, много страдал и, придя в раскаяние, стал молиться преподобному Кириллу. Получив после молитвы облегчение, он прибыл в монастырь преподобного и едва приблизился к его гробу, как был повержен невидимой силой на землю и лежал целый день без движения. Когда он пришел в себя, братия приложили его ко гробу и он получил исцеление. Сев у гроба, Макарий рассказал братии что он видел бесов, которые повергли его на землю и мучили, пока явившийся благообразный седой старец с блистающим челом и с жезлом в руке не разогнал их. Старец дал ему четки и сказал: «Восстань, брат, будь здоров и не греши более».