Я заставил его молчать и, когда все уже разошлись, высказал генералу Гильдебрандту, что я подобных ему лиц, во вверенном мне крае, оставлять не могу, что жандармерия должна мне помогать, а не противодействовать и, еще менее, ободрять поляков и обвинять русских за то, что они исполняли обязанности верноподданных; что за сим я с ним служить не буду и прошу отправиться в Петербург к шефу жандармов, которому напишу о нем для доклада Государю, с просьбою о замене его другим. Гильдебрандт был удивлен моей решительностью, ибо он привык по своему произволу распоряжать действиями главного местного начальства. Через неделю Гильдебрандта уже не было в Вильне, и Долгоруков, хотя с видимым неудовольствием, вынужден был его уволить от занимаемой должности».
В первые недели своего пребывания в Вильне Муравьев напрямую использовал гвардейцев 2-й гвардейской дивизии, которые с полуслова поняли жесткую позицию руководителя края и нигде не упускали возможности достойным образом ответить полякам, продолжавшим хамски грубить, выражая свою ненависть против русских.
Муравьев составил инструкцию правил для управления на местах, подробно изложил обязанности военных и гражданских начальников. Разделил весь край на участки, все уезды также были разделены на соответствующие участки, повсюду были военные отделы, которые по цепочке все подчинялись главному лицу. Инструкция так и называлась – Инструкция военного полицейского управления; в ней Муравьев изложил свою систему, которую излагал и императору, и всем министрам, с которыми успел встретиться. Инструкцию разослал во все участки 24 мая 1863 года, и она, по словам Муравьева, послужила краеугольным камнем всех дальнейших распоряжений по укрощению мятежа и устройству края.
В Вильне не было даже полиции, полицмейстер каждый день докладывал Муравьеву, что еще сорок – пятьдесят человек горожан ушли в бандитские шайки. Так что Муравьеву пришлось налаживать и полицейское дело. Повсюду продолжалась агитация в пользу Польского мятежа. Муравьев арестовал самых ожесточенных ораторов, двух ксендзов судили и расстреляли как самых главных деятелей мятежа. В городе почувствовали страх, некоторые бежали из города, епископ Красинский поддерживал якобы нейтралитет, но Муравьеву стало известны его тайные мысли и замыслы, и он выслал его в Вятку. В плену оказались капитан Генерального штаба Сераковский, командовавший большим отрядом мятежников, и начальник другого разбитого отряда Колышко. Военный суд приговорил их к смертной казни, Муравьев утвердил приговор, и их публично повесили.
Четыре смертных приговора подействовали на поляков, некоторые поляки стали искать покровительства у русских, не обращая внимания на то, что совсем недавно презирали и ненавидели их. «Таков обычный польский характер, – сокрушенно думал Муравьев, узнав об этих фактах. – Таковы гонители москалей и монголов…»