Император Александр Второй внимательно слушал всех выступавших, в том числе и Дмитрия Алексеевича, и трагически переживал, кого же бросить в Польшу чуть ли не на съедение рассерженным полякам. Брата великого князя Михаила Николаевича? Но справится ли? Или брата великого князя Константина Николаевича, умного, дельного, авторитетного? Но этот мучительный вопрос так и не был решен… Вскоре после этих обсуждений император Александр Второй назначил наместником царства Польского и главнокомандующим 1-й армией престарелого графа генерал-адъютанта Александра Николаевича Лидерса, служившего в Одессе.
12 ноября 1861 года император утвердил Совет министров, то, что возникло в 1857 году как совещательный орган под руководством царя, сейчас приобрело значение закона, по которому Совет министров должен принимать важнейшие законопроекты и самые значительные административные меры.
В эти же дни Дмитрий Алексеевич получил два письма профессора Константина Дмитриевича Кавелина, с которым давно дружил, «человека высоких чувств и в высшей степени чистой души». Пять профессоров ушли из университета в знак протеста против административной глупости министра Путятина. 20 октября Кавелин писал: «Волнения произошли не вследствие политических причин, а вследствие совершенной неспособности и безумной крутости министра Путятина, который разве мертвых не выведет из терпения и не взбунтует… Министр Путятин не понимает, что, кроме обязанности исполнять его приказания, профессора имеют обязанность беречь юношей и хранить свою честь, чтоб сохранить свой авторитет над студентами, если не для чего другого, так именно для того, чтобы иметь возможность, когда Путятина не будет, сохранять в университете мир и порядок, так глубоко им потрясенный. Профессора борются и будут бороться до последней крайности против мер министра, а не против повелений Государя, хотя бы им пришлось поплатиться за это своими местами и куском хлеба, а может быть, судом и крепостью… Надобно, чтобы правила были пересмотрены в университете профессорами, а не канцеляристами…» Через несколько дней, 24 октября, Кавелин писал Милютину, уточняя и углубляя свои впечатления от своего ухода из университета: «Перенести горе опустения моей аудитории я не в состоянии. Связь, соединявшая меня со слушателями, которая доставляла мне столько утешения и радости, порвана; лучшие из наших студентов бедствуют и будут еще бедствовать. Как же мне оставаться на кафедре и даром получать жалованье? Следовало только выбрать время, когда выйти, и мне казалось всего удобнее сделать это теперь. Университет на факте уже не существует… После открытия университета я читал лекцию, глотая слезы, в злосчастное 12 октября… Читать лекции в несуществующем университете я не в состоянии; это свыше моих сил. Начальство на меня дуется; студенты озлоблены; они находят, что профессора ничего не сделали для их защиты. Быть полезным университету при таких обстоятельствах я не могу, – и потому ухожу прочь, в частную жизнь, измученный, изверившись во все, в том числе и в самого себя. 1861 год доконал меня совсем. Мысль о какой бы то ни было демонстрации так же далека от меня, как надежды и мечты, которые похоронил с летами…»
Путятин оставался все еще министром народного просвещения после всех этих забастовок, демонстраций, протестов профессоров университета. Более того в его министерстве сочинили всеподданнейший доклад от 20 декабря 1861 года, в котором говорилось, что необходимо Петербургский университет закрыть и открыть после сочинения нового устава, всех студентов и профессоров уволить, открыть университет по новым правилам и заново поступать и студентам, и профессорам. Император полностью согласился с докладом и написал резолюцию: «Исполнить».
Но через несколько дней император уволил Путятина и назначил министром народного просвещения статс-секретаря тайного советника Александра Васильевича Головнина, близкого сотрудника великого князя Константина Николаевича, изменилось и штатное расписание в Министерстве народного просвещения.
А чуть раньше, 9 ноября 1861 года, состоялся действительно самый настоящий праздник для Военного министерства: Николай Онуфриевич Сухозанет, генерал-адъютант, граф, праздновал свою пятидесятилетнюю службу в армии, а Дмитрий Алексеевич Милютин назначение на должность военного министра, Сухозанет получил отставку, а Милютин назначение.
В этот день на Миллионную, в здание Военного министерства, приехал император с великими князьями, придворные, министры, чиновники департаментов вручили юбиляру благодарственный рескрипт и портрет императора, украшенный алмазами, для ношения на груди, бывший военный министр получил новое назначение, он стал членом Государственного совета. В этот день и Милютин, и Валуев, утвержденный в должности министра внутренних дел, тоже много раз получали поздравления и пожелания успехов.