В январе 1940 года в Прокуратуре Союза ССР состоялось первое Всесоюзное совещание прокуроров по общему надзору. Выступая на нем, М. И. Панкратьев, в частности, отметил: «Чем дальше, тем сильнее будут требования стабильности наших законов, тем более суровой будет борьба со всеми теми, кто полагает, что законы для них не писаны. Следовательно, от органов прокуратуры требуется такая организация общего надзора, чтобы он не отставал от современных политических требований…»
Оценивая с этих позиций состояние общего надзора, М. И. Панкратьев сказал, что он «в очень сильной степени отстает и находится на таком уровне, который нас никак удовлетворить не может». Затем он проиллюстрировал недостатки конкретными примерами «отставания прокуроров» при проведении посевных кампаний, хлебозаготовках, выполнении плановых заданий. По его мнению, прокуратура еще не шла «в ногу с важнейшими хозяйственно-политическими задачами».
Другой серьезный недостаток общего надзора, по словам М. И. Панкратьева, – это его «пассивный, созерцательный» характер. «Наш прокурор действует иногда как посторонний наблюдатель, не горит, не волнуется, не беспокоится, когда он видит то или иное нарушение закона. Этим объясняется недостаточная действенность общего надзора», – сказал он.
Панкратьев подверг серьезной критике практику участия прокуроров в заседаниях исполкомов и других представительных органов. Нередко они приходили на заседания неподготовленными, не зная повестки, часто принимались незаконные постановления и решения. Прокурор Союза сказал, что пора «всерьез поставить во главу угла общего надзора знание обстановки». Он потребовал от прокуроров «резко улучшить качество надзора», чаще опираться в своей деятельности на помощь общественности, активнее пропагандировать законы.
Вскоре после этого, 25–26 марта 1940 года, М. И. Панкратьев провел еще одно крупное мероприятие – первое Всесоюзное совещание прокуроров морского и речного флота, на котором выступил с большой речью.
С 10 по 13 мая 1940 года в Прокуратуре Союза ССР также впервые проводилось Всесоюзное совещание прокуроров уголовно-судебных отделов. В нем приняли участие Прокурор Союза ССР Панкратьев, его заместители Сафонов и Симонов, Прокурор РСФСР Волин, начальники управлений и отделов Прокуратуры СССР, уголовно-судебных отделов союзных и автономных республик, краев и областей.
Панкратьев подготовил также Всесоюзное совещание прокуроров гражданско-судебного надзора, но провести его не успел, так как был освобожден от занимаемой должности. Оно проходило 25–27 июля 1940 года под руководством заместителя Прокурора Союза ССР Сафонова.
За время руководства Прокуратурой Союза ССР Панкратьев подписал целый ряд приказов и директив по вопросам организации следственной работы. Многие из них носили явно конъюнктурный характер и касались выполнения важнейших постановлений партии и правительства. Так, 9 июня 1939 года, в связи с постановлением СНК СССР, ЦК ВКП(б) и ВЦСПС, Панкратьев издал приказ, в котором предложил «безоговорочно привлекать к ответственности» всех лиц, допустивших нарушения закона при выплате пособий рабочим и служащим по временной нетрудоспособности. Расследование по таким делам предписывалось производить «в самом строгом порядке». Прокуроры республик, краев и областей должны были держать эти дела на особом контроле.
15 августа 1939 года Совнарком СССР принял постановление «О порядке контроля за расходованием фондов заработной платы по бюджетным и хозяйственным организациям». Спустя неделю М. И. Панкратьев направил на места приказ, в котором потребовал от своих подчиненных привлекать к уголовной ответственности руководителей и главных бухгалтеров учреждений и организаций за предоставление Госбанку заведомо неправильных сведений о расходовании фондов зарплаты, а также за выплату зарплаты сверх сумм, выданных банком для этих целей, за повышение зарплаты вследствие неукомплектованности штатов и другие финансовые нарушения. Такие дела он предложил расследовать в течение пяти дней.
В конце 1939-го – начале 1940 года М. И. Панкратьев подписывает самые различные приказы – о возбуждении уголовных дел по фактам «массового истребления колхозниками и единоличниками скота, находящегося в их личном пользовании», небрежного хранения шерсти в Наркомтекстиле или недостаточной экономии никеля, вольфрама, молибдена и ванадия на предприятиях. Многие приказы Панкратьева касались вопросов уголовно-судебного, гражданско-судебного и общего надзора органов прокуратуры, а также организационных вопросов. В целях развития соревнования между коллективами отделов и управлений и поощрения кадровых работников Панкратьев учредил переходящее знамя лучшего отдела (управления) и выделил деньги для премирования наиболее отличившихся работников.